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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1p4y | ||||||||||||||||||
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タイトル | Effect of Sequence on the Conformational Geometry of DNA Holliday Junctions | ||||||||||||||||||
![]() | 5'-D(*![]() DNA / Holliday Junction / DNA Four-Way Junction | 機能・相同性 | DNA | ![]() 手法 | ![]() ![]() ![]() Hays, F.A. / Vargason, J.M. / Ho, P.S. | ![]() ![]() タイトル: Effect of Sequence on the Conformation of DNA Holliday Junctions 著者: Hays, F.A. / Vargason, J.M. / Ho, P.S. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 21.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 14.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 383.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 384.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF TWO CHAINS A AND B. THE FULL FOUR STRANDED HOLLIDAY JUNCTION STRUCTURE CAN BE GENERATED BY THE FOLLOWING: matrix= ( -1.00000 -0.00046 -0.00015 ) ( -0.00046 1.00000 0.00072 ) ( 0.00015 0.00072 -1.00000 ) translation= (-12.65734 -0.02663 34.77174) |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3046.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: DNA was synthesized on an Applied Biosystems DNA synthesizer using phosphoramidite chemistry, with the trityl-protecting group left intact at the 5-terminal nucleotide, FOR SUBSEQUENT HPLC ...詳細: DNA was synthesized on an Applied Biosystems DNA synthesizer using phosphoramidite chemistry, with the trityl-protecting group left intact at the 5-terminal nucleotide, FOR SUBSEQUENT HPLC PURIFICATION, THEN DEPROTECTED BY TREATMENT WITH 3% ACETIC ACID FOR FIFTEEN MINUTES, NEUTRALIZED WITH AMMONIUM HYDROXIDE, AND DESALTED ON A SIGMA G-25 SEPHADEX COLUMN. #2: 化合物 | ChemComp-NA / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.95 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / pH: 7 詳細: 0.5mM DNA, 25mM sodium cacodylate, 7.5mM CaCl2, 0.1mM SPERMINE TETRAHYDROCHLORIDE, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K, pH 7.00 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 25 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 103 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年1月24日 |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.542 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→22.55 Å / Num. obs: 4940 / % possible obs: 74 % / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 1.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.71 Å / Rmerge(I) obs: 0.279 / Mean I/σ(I) obs: 2.14 / % possible all: 21.7 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 5137 / % possible obs: 78.7 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Num. measured all: 50581 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 48 % / Rmerge(I) obs: 0.278 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: UD0008 解像度: 1.7→22.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 8.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→22.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.046 / Total num. of bins used: 6
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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