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- PDB-1p49: Structure of Human Placental Estrone/DHEA Sulfatase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1p49
タイトルStructure of Human Placental Estrone/DHEA Sulfatase
要素STERYL-SULFATASE
キーワードHYDROLASE / steroid biosynthesis / steroid sulfatase / estrone sulfate / dehydroepiandrosterone sulfate / human placental enzyme / endoplasmic reticulum membrane-bound
機能・相同性
機能・相同性情報


steryl-sulfatase / steryl-sulfatase activity / Metabolism of steroid hormones / The activation of arylsulfatases / arylsulfatase activity / sulfuric ester hydrolase activity / Glycosphingolipid catabolism / steroid catabolic process / epidermis development / female pregnancy ...steryl-sulfatase / steryl-sulfatase activity / Metabolism of steroid hormones / The activation of arylsulfatases / arylsulfatase activity / sulfuric ester hydrolase activity / Glycosphingolipid catabolism / steroid catabolic process / epidermis development / female pregnancy / lysosome / endosome / endoplasmic reticulum lumen / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Helix hairpin bin / C-terminal region of aryl-sulfatase / Arylsulfatase, C-terminal domain - #10 / Sulfatases signature 2. / Sulfatases signature 1. / Sulfatase, conserved site / Arylsulfatase, C-terminal domain / Sulfatase, N-terminal / Sulfatase / Alkaline Phosphatase, subunit A ...Helix hairpin bin / C-terminal region of aryl-sulfatase / Arylsulfatase, C-terminal domain - #10 / Sulfatases signature 2. / Sulfatases signature 1. / Sulfatase, conserved site / Arylsulfatase, C-terminal domain / Sulfatase, N-terminal / Sulfatase / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / Helix Hairpins / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Steryl-sulfatase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Hernandez-Guzman, F.G. / Higashiyama, T. / Pangborn, W. / Osawa, Y. / Ghosh, D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Structure of Human Estrone Sulfatase Suggests Functional Roles of Membrane Association
著者: Hernandez-Guzman, F.G. / Higashiyama, T. / Pangborn, W. / Osawa, Y. / Ghosh, D.
履歴
登録2003年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32015年12月2日Group: Non-polymer description
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
Remark 600HETEROGEN 2-AMINO-3-OXO-4-SULFO-BUTYRIC ACID, ALS75, is a post-translationally modified Cys75. ALS ...HETEROGEN 2-AMINO-3-OXO-4-SULFO-BUTYRIC ACID, ALS75, is a post-translationally modified Cys75. ALS Is referred to as hydroxyformylglycine (FGS75) in the related publication.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: STERYL-SULFATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,2147
ポリマ－63,0521
非ポリマー1,1626
水2,342130
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
A: STERYL-SULFATASE
ヘテロ分子

A: STERYL-SULFATASE
ヘテロ分子

A: STERYL-SULFATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,64221
ポリマ－189,1553
非ポリマー3,48718
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area9040 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area62970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.980, 116.980, 102.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-606-

PO4

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 STERYL-SULFATASE / STEROID SULFATASE / STERYL-SULFATE SULFOHYDROLASE / ARYLSULFATASE C / ASC


分子量: 63051.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 器官: placenta / 参照: UniProt: P08842, steryl-sulfatase

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糖 , 2種, 4分子

#2: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 132分子

#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.73 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 45-50% MPD, 0.10M ammonium phosphate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
145-50 %MPD1reservoir
2100 mMTris-HCl1reservoirpH8.5
30.10-0.20 Mammonium phosphate1reservoir
40.3 %n-octyl-beta-D-glukopyranoside1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.948
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年5月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.948 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→60 Å / Num. obs: 24534 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 62.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.239 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 3482 / % possible all: 96.2
反射
*PLUS
最低解像度: 60 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.2 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASES位相決定
CNS1精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 2.6→60 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.301 1183 -RANDOM
Rwork0.254 ---
obs0.254 24533 96.7 %-
all-24533 --
原子変位パラメータBiso mean: 58.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→60 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4337 0 72 130 4539
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.354
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0072
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 23350 / % reflection Rfree: 4.7 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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