[日本語] English
万見
- PDB-1p3y: MrsD from Bacillus sp. HIL-Y85/54728 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1p3y
タイトルMrsD from Bacillus sp. HIL-Y85/54728
要素MrsD protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / flavoprotein / FMN / Rossmann fold / HFCD family / oxdidative decarboxylation / cystein / lantibiotics / mersacidin
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphopantothenoylcysteine decarboxylase complex / phosphopantothenoylcysteine decarboxylase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; カルボキシル基の付加脱離 / coenzyme A biosynthetic process / antibiotic biosynthetic process / FMN binding / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Flavin prenyltransferase-like / Flavoprotein / Flavin prenyltransferase-like / Flavoprotein / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Mersacidin decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.54 Å
データ登録者Blaesse, M. / Kupke, T. / Huber, R. / Steinbacher, S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Structure of MrsD, an FAD-binding protein of the HFCD family.
著者: Blaesse, M. / Kupke, T. / Huber, R. / Steinbacher, S.
履歴
登録2003年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
1: MrsD protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4942
ポリマ－21,7081
非ポリマー7861
水1,15364
1
1: MrsD protein
ヘテロ分子
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)269,92624
ポリマ－260,49912
非ポリマー9,42712
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation28_555x,-y+1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation30_555z,-x+1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation35_555y,-z+1/2,-x+1/21
crystal symmetry operation51_555-x+1/2,y,-z+1/21
crystal symmetry operation56_555-z+1/2,x,-y+1/21
crystal symmetry operation58_555-y+1/2,z,-x+1/21
crystal symmetry operation74_555-x+1/2,-y+1/2,z1
crystal symmetry operation79_555-z+1/2,-x+1/2,y1
crystal symmetry operation84_555-y+1/2,-z+1/2,x1
Buried area45080 Å2
ΔGint-268 kcal/mol
Surface area70500 Å2
手法PISA, PQS
2
1: MrsD protein
ヘテロ分子
x 24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)539,85148
ポリマ－520,99824
非ポリマー18,85324
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
crystal symmetry operation13_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation14_556-y,-x,-z+11
crystal symmetry operation15_555y,-x,z1
crystal symmetry operation16_555-y,x,z1
crystal symmetry operation33_545y,z-1/2,x+1/21
crystal symmetry operation34_545-y,z-1/2,-x+1/21
crystal symmetry operation35_555y,-z+1/2,-x+1/21
crystal symmetry operation36_555-y,-z+1/2,x+1/21
crystal symmetry operation41_545x,z-1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation42_545-x,z-1/2,y+1/21
crystal symmetry operation43_555-x,-z+1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation44_555x,-z+1/2,y+1/21
crystal symmetry operation53_455z-1/2,x,y+1/21
crystal symmetry operation54_455z-1/2,-x,-y+1/21
crystal symmetry operation55_555-z+1/2,-x,y+1/21
crystal symmetry operation56_555-z+1/2,x,-y+1/21
crystal symmetry operation69_455z-1/2,y,-x+1/21
crystal symmetry operation70_455z-1/2,-y,x+1/21
crystal symmetry operation71_555-z+1/2,y,x+1/21
crystal symmetry operation72_555-z+1/2,-y,-x+1/21
Buried area81330 Å2
ΔGint-556 kcal/mol
Surface area149850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)191.769, 191.769, 191.769
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number209
Space group name H-MF432

-
要素

#1: タンパク質 MrsD protein


分子量: 21708.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus sp. (バクテリア) / 株: HIL-Y85/54728 / 遺伝子: mrsD / プラスミド: pQE12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: Q9RC23
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.1
詳細: KNa tartrate, pH 9.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
150 mM1dropNaCl
220 mMTris-HCl1droppH8.0
310 mg/mlprotein1drop
41.2 Mpotassium/sodium tartrate tetrahydrate1reservoir
50.1 MTris-HCl1reservoirpH9.1

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.54→20 Å / Num. all: 10384 / Num. obs: 10384 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 24.2
反射 シェル解像度: 2.54→2.68 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.325 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / % possible all: 99.5
反射
*PLUS
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.5 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MAINモデル構築
CNS1.1精密化
MAIN位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1G5Q

1g5q


解像度: 2.54→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 529 -random
Rwork0.2213 ---
obs0.222 10344 99.4 %-
all-10344 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.54→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1344 0 53 64 1461
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0105
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.19
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5.1 % / Rfactor Rwork: 0.222
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る