PDB-1p31: Crystal Structure of UDP-N-acetylmuramic acid:L-alanine Ligase (M...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1p31

タイトル

Crystal Structure of UDP-N-acetylmuramic acid:L-alanine Ligase (MurC) from Haemophilus influenzae

要素

UDP-N-acetylmuramate--alanine ligase

キーワード

LIGASE / alpha/beta protein

機能・相同性

機能・相同性情報

UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase / UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell cycle / cell division / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Mol, C.D. / Brooun, A. / Dougan, D.R. / Hilgers, M.T. / Tari, L.W. / Wijnands, R.A. / Knuth, M.W. / McRee, D.E. / Swanson, R.V.

引用

ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2003
タイトル: Crystal Structures of Active Fully Assembled Substrate- and Product-Bound Complexes of UDP-N-Acetylmuramic Acid:L-Alanine Ligase (MurC) from Haemophilus influenzae.
著者: Mol, C.D. / Brooun, A. / Dougan, D.R. / Hilgers, M.T. / Tari, L.W. / Wijnands, R.A. / Knuth, M.W. / McRee, D.E. / Swanson, R.V.

履歴

登録	2003年4月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年7月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1p31.cif.gz	201.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1p31.ent.gz	169.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1p31.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1p31_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1p31_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	1p31_validation.xml.gz	41.6 KB	表示
CIF形式データ	1p31_validation.cif.gz	61.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/1p31 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/1p31	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1p3dC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1p3d-1 5rhk-d 6dwm-2 5rhj-d 3mvr-2 4xa9-6 5rhm-d 5m15-2 2fdv-4 5rhy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: UDP-N-acetylmuramate--alanine ligase

B: UDP-N-acetylmuramate--alanine ligase

ヘテロ分子

107 kDa, 2 ポリマー
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1

A: UDP-N-acetylmuramate--alanine ligase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
53.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: UDP-N-acetylmuramate--alanine ligase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
53.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	91.523, 92.274, 118.174
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	UDP-N-acetylmuramate--alanine ligase / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine synthetase 分子量: 52760.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) 遺伝子: MURC / プラスミド: pSX29 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DL41 参照: UniProt: P45066, UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-EPU / URIDINE-DIPHOSPHATE-2(N-ACETYLGLUCOSAMINYL) BUTYRIC ACID / ENOLPYRUVYL-URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE / N-アセチル-1-O-[(5′-ウリジリルオキシ)ヒドロキシホスフィニル]-3-O-(1-カルボキシエテニル)-α-D(以下略) 分子量: 677.400 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₉N₃O₁₉P₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 700 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.96 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: nanovolume / pH: 8.1
詳細: PEG 4000, glycerol, magnesium chloride, Tris, pH 8.1, nanovolume, temperature 277K

結晶化

*PLUS

温度: 4 ℃ / pH: 7.9 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	14 mg/ml	protein	1	drop
2	25 mM	Tris	1	drop	pH7.9
3	150 mM		1	drop		NaCl
4	5 mM	dithiothreitol	1	drop
5	5 mM	UNAM substrate	1	drop
6	24 %	PEG4000	1	reservoir
7	20 %	glycerol	1	reservoir
8	160 mM		1	reservoir		MgCl2
9	100 mM	Tris	1	reservoir	pH8.1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月31日
放射	モノクロメーター: Si crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→25 Å / Num. all: 86600 / Num. obs: 77944 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.45 % / B_iso Wilson estimate: 13.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 1.85→1.89 Å / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 5314 / % possible all: 93
反射	PLUS % possible obs: 90 % / Num. measured all*: 347154
反射シェル	PLUS % possible obs*: 93 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.19	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELXS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.85→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 2.59 / SU ML: 0.08 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20836	3868	5 %	RANDOM
R_work	0.16938	-	-	-
all	0.17135	73241	-	-
obs	0.17135	73241	89.79 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.859 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.08 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.65 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7115	0	92	700	7907

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.021	7357
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.112	1.964	9973
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.523	5	927
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	1137
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	5530
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	3669
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.119	0.2	657
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.177	0.2	83
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.164	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.443	1.5	4593
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.885	2	7384
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.879	3	2764
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.96	4.5	2587

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.249	269
R_work	0.198	5507

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0053	0.0342	-0.1149	4.8587	-0.5648	2.1914	-0.1041	0.3078	0.1276	-0.4966	0.0208	0.0498	0.0947	-0.0817	0.0833	0.1005	-0.0348	-0.0027	0.1441	0.011	0.0768	59.195	52.987	-12.931
2	0.7107	0.0138	-0.1401	2.0815	0.5063	2.3653	-0.0634	0.0024	-0.0615	0.1591	-0.045	0.2166	0.1826	-0.1814	0.1085	0.012	-0.0054	0.0245	0.0749	-0.004	0.0714	52.883	49.201	13.92
3	1.3473	-0.1875	0.4376	2.1784	-0.0802	1.2051	-0.0269	0.0186	-0.0505	0.0576	0.0344	0.1621	-0.0642	-0.0363	-0.0075	0.0089	0.0029	0.0118	0.0782	0.0148	0.1048	45.568	76.093	9.604
4	1.3951	-0.7964	0.4196	3.6552	-1.1018	1.8738	0.0806	0.089	0.0574	-0.3875	-0.034	0.0096	0.1686	-0.0157	-0.0465	0.1127	0.0133	-0.0239	0.0817	0.0087	0.072	9.298	29.207	-9.285
5	0.8037	0.0004	0.4505	1.4113	-0.3642	1.5481	-0.0082	-0.032	0.0121	0.0668	-0.0052	-0.0107	0.0702	-0.0196	0.0135	0.0207	0.0213	-0.0281	0.0632	-0.0004	0.0581	14.579	25.16	17.667
6	1.342	-0.0947	0.306	2.7388	-0.0695	1.5094	-0.0598	-0.0488	0.0626	0.2333	0.0775	-0.1448	-0.1012	-0.0858	-0.0177	0.0593	0.0289	-0.016	0.1013	-0.0075	0.0786	5.844	50.94	16.85

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	12 - 118	12 - 118
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	119 - 324	119 - 324
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	325 - 473	325 - 473
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	12 - 118	12 - 118
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	119 - 324	119 - 324
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	325 - 473	325 - 473

精密化

*PLUS

最低解像度: 25 Å / R_factor R_free: 0.208 / R_factor R_work: 0.169

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.008
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.11

LS精密化シェル

*PLUS

最高解像度: 1.85 Å / 最低解像度: 1.9 Å

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