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万見
- PDB-1p1a: NMR structure of ubiquitin-like domain of hHR23B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1p1a
タイトルNMR structure of ubiquitin-like domain of hHR23B
要素UV excision repair protein RAD23 homolog B
キーワードDNA BINDING PROTEIN / UBIQUITIN-LIKE
機能・相同性
機能・相同性情報


XPC complex / DNA damage sensor activity / regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / cellular response to interleukin-7 / proteasome binding / polyubiquitin modification-dependent protein binding / proteasome complex / Josephin domain DUBs / ubiquitin binding / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle ...XPC complex / DNA damage sensor activity / regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / cellular response to interleukin-7 / proteasome binding / polyubiquitin modification-dependent protein binding / proteasome complex / Josephin domain DUBs / ubiquitin binding / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / nucleotide-excision repair / DNA Damage Recognition in GG-NER / Formation of Incision Complex in GG-NER / single-stranded DNA binding / spermatogenesis / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / damaged DNA binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
RAD23A/RAD23B, UBA1 domain / UV excision repair protein Rad23 / XPC-binding domain / XPC-binding domain superfamily / XPC-binding domain / Heat shock chaperonin-binding / Heat shock chaperonin-binding motif. / UBA/TS-N domain / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain ...RAD23A/RAD23B, UBA1 domain / UV excision repair protein Rad23 / XPC-binding domain / XPC-binding domain superfamily / XPC-binding domain / Heat shock chaperonin-binding / Heat shock chaperonin-binding motif. / UBA/TS-N domain / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / UBA-like superfamily / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
UV excision repair protein RAD23 homolog B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / Cyana-Automated NOE assignment, Torsion angle dynamics; Amber-Simulated annealing, Cyana output is the initial structure
データ登録者Ryu, K.S. / Lee, K.J. / Bae, S.H. / Kim, B.K. / Kim, K.A. / Choi, B.S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Binding surface mapping of intra- and interdomain interactions among hHR23B, ubiquitin, and polyubiquitin binding site 2 of S5a
著者: Ryu, K.S. / Lee, K.J. / Bae, S.H. / Kim, B.K. / Kim, K.A. / Choi, B.S.
履歴
登録2003年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UV excision repair protein RAD23 homolog B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5241
ポリマ－9,5241
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)14 / 60structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 UV excision repair protein RAD23 homolog B / RAD23 / hHR23B


分子量: 9524.032 Da / 分子数: 1 / 断片: Ubiquitin-like domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: hHR23B / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: P54727

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111CBCA(CO)NH, HN(CA)CB, CCC-TOC-NNH, HCC-TOC-NNH, HNCO
1223D 15N-separated TOCSY, Intensity-MODULATED 15N HSQC
1332D NOESY
NMR実験の詳細Text: Distance Restraints From 2D D2O-NOESY, 3D 15N-NOESY-HSQC, Angle Restaints From Intensity-modulated 15N HSQC and Talos Chemical shift analysis

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12mM UbL domain 15N,13C; 50mM Sodium Phosphate Buffer with 100mM NaCl92.5% H2O, 7.5% D2O
22mM UbL domain 15N; 50mM Sodium Phosphate Buffer with 100mM NaCl92.5% H2O, 7.5% D2O
32mM UbL domain non-labeled; 50mM Sodium Phosphate Buffer with 100mM NaCl100% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
150mM sodium phosphate + 100mM sodium chloride 6ambient 303 K
250mM sodium phosphate + 100mM sodium chloride 6ambient 303 K
350mM sodium phosphate + 100mM sodium chloride 6ambient 303 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン分類
CYANA1.0.6構造決定
Amber7精密化
精密化手法: Cyana-Automated NOE assignment, Torsion angle dynamics; Amber-Simulated annealing, Cyana output is the initial structure
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 60 / 登録したコンフォーマーの数: 14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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