[日本語] English
万見
- PDB-1oz3: Crystal Structure of 3-MBT repeats of lethal (3) malignant Brain ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1oz3
タイトルCrystal Structure of 3-MBT repeats of lethal (3) malignant Brain Tumor (Native-I) at 1.85 angstrom
要素Lethal(3)malignant brain tumor-like protein
キーワードTRANSCRIPTION / Propeller / three malignant brain tumor
機能・相同性
機能・相同性情報


SAM domain binding / chromatin lock complex / regulation of megakaryocyte differentiation / regulation of mitotic nuclear division / hemopoiesis / nucleosome binding / condensed chromosome / : / Regulation of TP53 Activity through Methylation / heterochromatin formation ...SAM domain binding / chromatin lock complex / regulation of megakaryocyte differentiation / regulation of mitotic nuclear division / hemopoiesis / nucleosome binding / condensed chromosome / : / Regulation of TP53 Activity through Methylation / heterochromatin formation / chromatin organization / histone binding / regulation of cell cycle / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / chromatin / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / : / Zinc finger, C2H2C-type superfamily / Zinc finger, C2HC type / Zinc finger, C2H2C-type / Zinc finger CCHHC-type profile. / Mbt repeat / MBT repeat profile. / Present in Drosophila Scm, l(3)mbt, and vertebrate SCML2 / : ...: / : / Zinc finger, C2H2C-type superfamily / Zinc finger, C2HC type / Zinc finger, C2H2C-type / Zinc finger CCHHC-type profile. / Mbt repeat / MBT repeat profile. / Present in Drosophila Scm, l(3)mbt, and vertebrate SCML2 / : / mbt repeat / SH3 type barrels. - #140 / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Lethal(3)malignant brain tumor-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Wang, W.K. / Tereshko, V. / Boccuni, P. / MacGrogan, D. / Nimer, S.D. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2003
タイトル: Malignant brain tumor repeats: a three-leaved propeller architecture with ligand/peptide binding pockets.
著者: Wang, W.K. / Tereshko, V. / Boccuni, P. / MacGrogan, D. / Nimer, S.D. / Patel, D.J.
履歴
登録2003年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Refinement description / Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE These sequence conflicts (L320, R321 --> M320, C321) and (L332 --> M332) are noted in the ...SEQUENCE These sequence conflicts (L320, R321 --> M320, C321) and (L332 --> M332) are noted in the Swiss-Prot database entry (accession Q9Y468).

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Lethal(3)malignant brain tumor-like protein
B: Lethal(3)malignant brain tumor-like protein
C: Lethal(3)malignant brain tumor-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,26319
ポリマ－114,1313
非ポリマー2,13216
水8,557475
1
A: Lethal(3)malignant brain tumor-like protein
B: Lethal(3)malignant brain tumor-like protein
C: Lethal(3)malignant brain tumor-like protein
ヘテロ分子

A: Lethal(3)malignant brain tumor-like protein
B: Lethal(3)malignant brain tumor-like protein
C: Lethal(3)malignant brain tumor-like protein
ヘテロ分子

A: Lethal(3)malignant brain tumor-like protein
B: Lethal(3)malignant brain tumor-like protein
C: Lethal(3)malignant brain tumor-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)348,79057
ポリマ－342,3949
非ポリマー6,39648
水1629
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z+2/31
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z+1/31
単位格子
Length a, b, c (Å)105.255, 105.255, 90.486
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

-
要素

#1: タンパク質 Lethal(3)malignant brain tumor-like protein / L3 / mbt-like / L3 / mbt protein homolog / H-l3 / mbt protein / H-L3 / MBT


分子量: 38043.758 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 197-527 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: brain / 遺伝子: L3MBTL OR L3MBT OR KIAA0681 / プラスミド: pGEX-4T-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE(3)RP / 参照: UniProt: Q9Y468
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 475 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG MME 5000, MES, DTT, ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
1100 mMdithiothreitol1drop
2100 mMMES1reservoirpH6.5
30.15 mMammonium sulfate1reservoir
420 %PEG5000 MME1reservoir
510 mMdithiothreitol1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年10月25日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→20 Å / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.055
反射 シェル解像度: 1.85→1.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.478 / Num. unique all: 8263
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. obs: 112768 / % possible obs: 99.9 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / Num. unique obs: 8263

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.13精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OYX

1oyx


解像度: 1.85→19.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 3.239 / SU ML: 0.099 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24494 4822 5 %RANDOM
Rwork0.21086 ---
obs0.21255 90778 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.243 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→19.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7635 0 122 475 8232
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0218043
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.026717
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8151.92310995
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.978315765
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4955936
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.21086
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.028892
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021662
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.21552
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2640.27511
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.090.24093
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1670.2350
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3830.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3720.2153
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3590.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8841.54731
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.627686
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.67733312
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8394.53309
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.335 350
Rwork0.261 6620
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 5.764 Å / Origin y: 31.465 Å / Origin z: 7.715 Å
111213212223313233
T0.0177 Å2-0.0156 Å20.0009 Å2-0.0203 Å20.0103 Å2--0.019 Å2
L0.2407 °2-0.0858 °2-0.0225 °2-0.1148 °20.0362 °2--0.0101 °2
S-0.0024 Å °-0.0121 Å °-0.0219 Å °0.0221 Å °-0.0074 Å °0.0585 Å °0.011 Å °-0.0362 Å °0.0097 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B1023 - 1211
2X-RAY DIFFRACTION1C1013 - 1126
3X-RAY DIFFRACTION1A1033 - 1204
4X-RAY DIFFRACTION1B1001 - 1022
5X-RAY DIFFRACTION1C1004 - 1012
6X-RAY DIFFRACTION1A1002 - 1032
7X-RAY DIFFRACTION1B206 - 518
8X-RAY DIFFRACTION1C206 - 518
9X-RAY DIFFRACTION1A206 - 518
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.245 / Rfactor Rwork: 0.211
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.85 Å / 最低解像度: 1.9 Å

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る