PDB-1oxx: Crystal structure of GlcV, the ABC-ATPase of the glucose ABC tran...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1oxx

タイトル

Crystal structure of GlcV, the ABC-ATPase of the glucose ABC transporter from Sulfolobus solfataricus

要素

ABC transporter, ATP binding protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / ABC-ATPase / ATP-binding cassette / ATPase / GlcV / Sulfolobus solfataricus

機能・相同性

機能・相同性情報

ABC-type ferric iron transporter activity / トランスロカーゼ; 炭水化物とその誘導体の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解を伴う / : / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfolobus solfataricus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Verdon, G. / Albers, S.-V. / van Oosterwijk, N. / Dijkstra, B.W. / Driessen, A.J.M. / Thunnissen, A.M.W.H.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Formation of the productive ATP-Mg2+-bound dimer of GlcV, an ABC-ATPase from Sulfolobus solfataricus
著者: Verdon, G. / Albers, S.-V. / van Oosterwijk, N. / Dijkstra, B.W. / Driessen, A.J.M. / Thunnissen, A.M.W.H.

履歴

登録	2003年4月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年9月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2021年10月27日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1oxx.cif.gz	101.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1oxx.ent.gz	76.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1oxx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1oxx_validation.pdf.gz	439.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1oxx_full_validation.pdf.gz	447.4 KB	表示
XML形式データ	1oxx_validation.xml.gz	24.7 KB	表示
CIF形式データ	1oxx_validation.cif.gz	39 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/1oxx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/1oxx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1oxv-2 1oxv-1 1oxu-3 1oxu-1 1oxu-2 1oxt-3 1oxt-2 1v43-d 5dmd-d 1oxv-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#123 - 2010年3月 P-糖タンパク質 (P-glycoprotein) 類似性 (5) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (5)

登録構造単位

K: ABC transporter, ATP binding protein

ヘテロ分子

43.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.282, 48.427, 183.533
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	ABC transporter, ATP binding protein / GlcV / Glucose 分子量: 39181.375 Da / 分子数: 1 / 変異: G144A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: glcV / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43(DE3) / 参照: UniProt: Q97UY8
#2: 化合物	... ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 694 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.25 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: PEG 3350, PEG 400, Tris, NaI, glycerol, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

結晶化

*PLUS

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Verdon, G., (2002) Acta Crystallogr., D58, 362.

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	4.25 mg/ml	protein	1	drop
2	15 %	PEG3350	1	reservoir
3	15 %	PEG400	1	reservoir
4	0.1 M	Tris	1	reservoir	pH8.3
5	0.5 M		1	reservoir		NaCl
6	5 %	glycerol	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年9月5日
放射	モノクロメーター: Diamond (111), Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→33.5 Å / Num. all: 62479 / Num. obs: 62479 / % possible obs: 80 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / R_sym value: 0.075 / Net I/σ(I): 14.3
反射シェル	解像度: 1.45→1.5 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / R_sym value: 0.373 / % possible all: 31.2
反射	PLUS 冗長度: 2.93 % / R_merge(I) obs*: 0.075
反射シェル	PLUS 最低解像度: 1.5 Å / % possible obs: 31.2 % / R_merge(I) obs*: 0.373

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.45→33.52 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 1.953 / SU ML: 0.073 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.077 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21297	3100	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17239	-	-	-
obs	0.17449	57516	100 %	-
all	-	57516	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.859 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→33.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2707	0	32	694	3433

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	2797
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	2725
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.37	1.977	3780
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.587	3	6338
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.425	3	351
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	16.231	15	550
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	446
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3048
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	535
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.244	0.3	590
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.223	0.3	2675
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.112	0.5	2
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.325	0.5	485
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.222	0.5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.16	0.3	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.211	0.3	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.505	0.5	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.481	1.5	1748
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.777	2	2849
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.097	3	1049
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.584	4.5	931
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.45→1.501 Å / Total num. of bins used: 15 /

	R_factor	反射数
R_free	0.259	135
R_work	0.236	2372

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1716	-0.2073	-0.6751	0.3422	0.0235	0.7654	-0.0201	0.0336	-0.0188	0.0188	-0.0318	0.0098	-0.0767	-0.056	0.052	0.0504	-0.0087	-0.0052	0.0713	-0.0359	0.0199	11.669	18.086	17.734
2	129.3291	81.6285	-12.3967	21.697	13.9701	-4.8759	0.5348	-5.2579	-3.217	0.364	-4.7872	-0.124	1.6318	-1.8838	4.2525	0.1675	-0.2218	0.1383	0.4724	-0.1026	0.3917	12.323	10.966	27.489
3	0.2648	-0.0448	0.0176	1.0191	0.4019	0.1757	-0.0027	-0.0168	-0.0473	0.0773	-0.0096	-0.0154	-0.008	-0.0231	0.0123	0.0417	-0.0026	-0.0055	0.061	-0.0069	0.0235	17.668	2.634	11.917
4	0.7526	0.2646	0.1962	0.6226	-0.0644	0.8291	-0.0042	-0.0574	0.0161	0.0238	-0.0239	0.0297	-0.0129	-0.007	0.0281	0.0587	0.0114	-0.0115	0.0399	-0.0124	0.0217	37.258	22.507	40.542

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	K	A	1 - 39	1 - 39
2	X-RAY DIFFRACTION	2	K	A	40 - 43	40 - 43
3	X-RAY DIFFRACTION	3	K	A	44 - 223	44 - 223
4	X-RAY DIFFRACTION	4	K	A	224 - 352	224 - 352

ソフトウェア

*PLUS

バージョン: 5 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 33.5 Å / R_factor R_free: 0.212 / R_factor R_work: 0.172

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.009
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.4

LS精密化シェル

*PLUS

最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 1.55 Å / R_factor R_free: 0.257 / R_factor R_work: 0.206

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