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- PDB-1oxk: Complex between YPD1 and SLN1 response regulator domain in space ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1oxk
タイトルComplex between YPD1 and SLN1 response regulator domain in space group P3(2)
要素
  • SLN1
  • Ypd1p
キーワードSIGNALING PROTEIN / phosphorelay protein / two-component signaling protein / response regulator / HPt domain / histidine-containing phosphotransfer protein / Ypd1p / Sln1p
機能・相同性
機能・相同性情報


transferase activity, transferring phosphorus-containing groups / protein histidine kinase binding / osmosensor activity / protein histidine kinase activity / histidine phosphotransfer kinase activity / osmosensory signaling via phosphorelay pathway / histidine kinase / phosphorelay signal transduction system / phosphorelay sensor kinase activity / cell periphery ...transferase activity, transferring phosphorus-containing groups / protein histidine kinase binding / osmosensor activity / protein histidine kinase activity / histidine phosphotransfer kinase activity / osmosensory signaling via phosphorelay pathway / histidine kinase / phosphorelay signal transduction system / phosphorelay sensor kinase activity / cell periphery / ATP binding / metal ion binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Histidine-containing phosphotransfer protein 1-5/Phosphorelay intermediate protein YPD1 / HPT domain / Histidine Phosphotransfer domain / Hpt domain / Histidine-containing phosphotransfer (HPt) domain profile. / Signal transduction histidine kinase, phosphotransfer (Hpt) domain / HPT domain superfamily / HAMP domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain ...Histidine-containing phosphotransfer protein 1-5/Phosphorelay intermediate protein YPD1 / HPT domain / Histidine Phosphotransfer domain / Hpt domain / Histidine-containing phosphotransfer (HPt) domain profile. / Signal transduction histidine kinase, phosphotransfer (Hpt) domain / HPT domain superfamily / HAMP domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Osmosensing histidine protein kinase SLN1 / Phosphorelay intermediate protein YPD1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Xu, Q. / Porter, S.W. / West, A.H.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2003
タイトル: The Yeast YPD1/SLN1 Complex. Insights into Molecular Recognition in Two-Component Signaling Systems.
著者: Xu, Q. / Porter, S.W. / West, A.H.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Co-Crystallization of the Yeast Phosphorelay Protein YPD1 with the SLN1 Response-Regulator Domain and Preliminary X-ray Diffraction Analysis
著者: Chooback, L. / West, A.H.
履歴
登録2003年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ypd1p
B: SLN1
C: Ypd1p
D: SLN1
E: Ypd1p
F: SLN1
G: Ypd1p
H: SLN1
I: Ypd1p
J: SLN1
K: Ypd1p
L: SLN1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,62330
ポリマ－204,89412
非ポリマー1,72918
水3,729207
1
A: Ypd1p
B: SLN1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4375
ポリマ－34,1492
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2000 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area12990 Å2
手法PISA, PQS
2
C: Ypd1p
D: SLN1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4375
ポリマ－34,1492
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1850 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area13060 Å2
手法PISA, PQS
3
E: Ypd1p
F: SLN1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4375
ポリマ－34,1492
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2180 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area13140 Å2
手法PISA, PQS
4
G: Ypd1p
H: SLN1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4375
ポリマ－34,1492
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1860 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area13050 Å2
手法PISA, PQS
5
I: Ypd1p
J: SLN1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4375
ポリマ－34,1492
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2010 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area13100 Å2
手法PISA, PQS
6
K: Ypd1p
L: SLN1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4375
ポリマ－34,1492
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2090 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area13300 Å2
手法PISA, PQS
7
I: Ypd1p
J: SLN1
ヘテロ分子

A: Ypd1p
B: SLN1
C: Ypd1p
D: SLN1
E: Ypd1p
F: SLN1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,74920
ポリマ－136,5968
非ポリマー1,15312
水1448
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation2_664-y+1,x-y+1,z-1/31
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28200 Å2
ΔGint-444 kcal/mol
Surface area62450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.300, 91.300, 200.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
31E
41G
51I
61K
12B
22D
32F
42H
52J
62L

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / Refine code: 2

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEUAA2 - 1671 - 166
21LEULEUCC2 - 1671 - 166
31LEULEUEE2 - 1671 - 166
41LEULEUGG2 - 1671 - 166
51LEULEUII2 - 1671 - 166
61LEULEUKK2 - 1671 - 166
12GLNGLNBB1087 - 12141 - 128
22GLNGLNDD1087 - 12141 - 128
32GLNGLNFF1087 - 12141 - 128
42GLNGLNHH1087 - 12141 - 128
52GLNGLNJJ1087 - 12141 - 128
62GLNGLNLL1087 - 12141 - 128

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Ypd1p


分子量: 19056.457 Da / 分子数: 6 / 断片: YPD1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: YPD1 / プラスミド: pUC derivative / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha / 参照: UniProt: Q07688
#2: タンパク質
SLN1 / Osmolarity two-component system protein


分子量: 15092.516 Da / 分子数: 6 / 断片: C-terminal residues 1087-1220 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SLN1 OR YPD2 OR YIL147C / プラスミド: pCYB2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P39928, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 含窒素基に移すもの
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.96 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.3
詳細: ammonium sulfate, sodium acetate, BeCl2, NaF, MnCl2, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Choobakc, L., (2003) Acta Cryst., D59, 927.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110-12 mg/mlprotein1drop
22-3 Mammonium sulfate1reservoir
350 mMsodium acetate1reservoirpH5.3

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: osmic confocal mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 104211 / Num. obs: 104211 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 30.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / % possible all: 72.1
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Num. obs: 104137 / Num. measured all: 539449
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 72.1 % / Rmerge(I) obs: 0.186 / Mean I/σ(I) obs: 6.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QSP

1qsp


解像度: 2.1→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.912 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 9.925 / SU ML: 0.271 / Isotropic thermal model: overall / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.284 / ESU R Free: 0.208 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25828 5221 5 %RANDOM
Rwork0.23621 ---
all0.236 104211 --
obs0.23733 98990 95.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.428 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.26 Å2-0.13 Å20 Å2
2---0.26 Å20 Å2
3---0.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13326 0 90 207 13623
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.02213566
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0212530
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7341.97118291
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.944329235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.15731680
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg17.259152604
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.22129
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214836
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.022484
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2470.33312
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2140.312225
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1910.58
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1730.5517
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.120.52
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2410.360
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3170.3166
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2860.517
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8921.58448
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.636213560
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.37935118
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.964.54731
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A919tight positional0.070.05
11B919tight positional0.060.05
12C919tight positional0.070.05
11D919tight positional0.060.05
13E919tight positional0.060.05
11F919tight positional0.060.05
22A2673tight positional0.040.05
21B2673tight positional0.040.05
22C2673tight positional0.040.05
22D2673tight positional0.030.05
22E2673tight positional0.030.05
23F2673tight positional0.040.05
11A1486medium positional0.080.5
11B1486medium positional0.080.5
12C1486medium positional0.080.5
11D1486medium positional0.080.5
13E1486medium positional0.080.5
11F1486medium positional0.070.5
22A1486medium positional0.010.5
21B1486medium positional0.010.5
22C1486medium positional0.010.5
22D1486medium positional0.010.5
22E1486medium positional0.010.5
23F1486medium positional0.010.5
11A919tight thermal0.170.5
11B919tight thermal0.170.5
12C919tight thermal0.170.5
11D919tight thermal0.180.5
13E919tight thermal0.170.5
11F919tight thermal0.180.5
22A2673tight thermal0.650.5
21B2673tight thermal0.630.5
22C2673tight thermal0.630.5
22D2673tight thermal0.660.5
22E2673tight thermal0.630.5
23F2673tight thermal0.660.5
11A1486medium thermal0.682
11B1486medium thermal0.72
12C1486medium thermal0.672
11D1486medium thermal0.732
13E1486medium thermal0.662
11F1486medium thermal0.672
22A1486medium thermal1.692
21B1486medium thermal1.712
22C1486medium thermal1.672
22D1486medium thermal1.752
22E1486medium thermal1.662
23F1486medium thermal1.672
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / Num. reflection Rwork: 5317 / Total num. of bins used: 20
ソフトウェア
*PLUS
バージョン: 5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.258 / Rfactor Rwork: 0.236
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.73

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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