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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ox4 | ||||||
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タイトル | TOWARDS UNDERSTANDING THE MECHANISM OF THE COMPLEX CYCLIZATION REACTION CATALYZED BY IMIDAZOLE GLYCEROPHOSPHATE SYNTHASE | ||||||
要素 | (Imidazole glycerol phosphate synthase ...) x 2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / LYASE / COMPLEX CYCLIZATION / IMIDAZOLE GLYCEROPHOSPHATE SYNTHASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 imidazole glycerol-phosphate synthase / oxo-acid-lyase activity / imidazoleglycerol-phosphate synthase activity / glutaminase / L-histidine biosynthetic process / glutaminase activity / glutamine metabolic process / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Chaudhuri, B.N. / Smith, J.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003 タイトル: Towards Understanding the Mechanism of the Complex Cyclization Reaction Catalyzed by Imidazole Glycerophosphate Synthase: Crystal Structures of a Ternary Complex and the Free Enzyme 著者: Chaudhuri, B.N. / Lange, C. / Myers, R.S. / Davisson, V.J. / Smith, J.L. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003 タイトル: Substrate-induced changes in the ammonia channel for imidazole glycerol phosphate synthase. 著者: Myers, R.S. / Jensen, J.R. / Deras, I.L. / Smith, J.L. / Davisson, V.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ox4.cif.gz | 222.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ox4.ent.gz | 175.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ox4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ox4_validation.pdf.gz | 472.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ox4_full_validation.pdf.gz | 488.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ox4_validation.xml.gz | 40.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ox4_validation.cif.gz | 56.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/1ox4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/1ox4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.8351, 0.1588, -0.5266), ベクター: |
-要素
-Imidazole glycerol phosphate synthase ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 61422.164 Da / 分子数: 1 / 断片: AMIDOTRANSFERASE AND CYCLASE DOMAINS / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: HIS7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P33734, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの, 付加脱離酵素(リアーゼ); C-Cリアーゼ; オキソ酸の付加脱離 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 61565.297 Da / 分子数: 1 / 断片: AMIDOTRANSFERASE AND CYCLASE DOMAINS / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: modified CYS 83 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: HIS7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P33734, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの, 付加脱離酵素(リアーゼ); C-Cリアーゼ; オキソ酸の付加脱離 |
-非ポリマー , 4種, 198分子
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.2 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: ammonium sulfate, PEG MME 5000, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Chaudhuri, B.N., (2001) Structure, 9, 987. / PH range low: 7 / PH range high: 6.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1 |
検出器 | 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→100 Å / Num. obs: 45173 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 40.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 16.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 99.8 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / % possible obs: 99.8 % |
-解析
ソフトウェア | 名称: CNS / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1JVN 解像度: 2.5→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 37.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINED | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / Rfactor Rfree: 0.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.26 |