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- PDB-1owf: Crystal structure of a mutant IHF (BetaE44A) complexed with the n... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1owf
タイトルCrystal structure of a mutant IHF (BetaE44A) complexed with the native H' Site
要素
  • (Integration Host Factor ...) x 2
  • 5'-D(*GP*CP*TP*TP*AP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*GP*CP*AP*CP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*GP*CP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*GP*CP*AP*TP*T)-3'
  • Phage lambda H' site
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / protein-DNA recognition / indirect readout / IHF / DNA bending / minor groove / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


IHF-DNA complex / DNA-binding transcription activator activity / protein-DNA complex / structural constituent of chromatin / regulation of translation / chromosome / DNA recombination / transcription cis-regulatory region binding / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription ...IHF-DNA complex / DNA-binding transcription activator activity / protein-DNA complex / structural constituent of chromatin / regulation of translation / chromosome / DNA recombination / transcription cis-regulatory region binding / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Integration host factor, alpha subunit / Integration host factor, beta subunit / HU Protein; Chain A / IHF-like DNA-binding proteins / Histone-like DNA-binding protein, conserved site / Bacterial histone-like DNA-binding proteins signature. / Histone-like DNA-binding protein / Bacterial DNA-binding protein / bacterial (prokaryotic) histone like domain / Integration host factor (IHF)-like DNA-binding domain superfamily ...Integration host factor, alpha subunit / Integration host factor, beta subunit / HU Protein; Chain A / IHF-like DNA-binding proteins / Histone-like DNA-binding protein, conserved site / Bacterial histone-like DNA-binding proteins signature. / Histone-like DNA-binding protein / Bacterial DNA-binding protein / bacterial (prokaryotic) histone like domain / Integration host factor (IHF)-like DNA-binding domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Integration host factor subunit alpha / Integration host factor subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Lynch, T.W. / Read, E.K. / Mattis, A.N. / Gardner, J.F. / Rice, P.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Integration Host Factor: putting a twist on protein-DNA recognition
著者: Lynch, T.W. / Read, E.K. / Mattis, A.N. / Gardner, J.F. / Rice, P.A.
履歴
登録2003年3月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Phage lambda H' site
D: 5'-D(*GP*GP*CP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*GP*CP*AP*TP*T)-3'
E: 5'-D(*GP*CP*TP*TP*AP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*GP*CP*AP*CP*C)-3'
A: Integration Host Factor Alpha-subunit
B: Integration Host Factor beta-subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4755
ポリマ－43,4755
非ポリマー00
水2,756153
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.660, 58.832, 181.314
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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DNA鎖 , 3種, 3分子 CDE

#1: DNA鎖 Phage lambda H' site


分子量: 10801.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*GP*GP*CP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*GP*CP*AP*TP*T)-3'


分子量: 4611.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*TP*TP*AP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*GP*CP*AP*CP*C)-3'


分子量: 6074.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
Integration Host Factor ... , 2種, 2分子 AB

#4: タンパク質 Integration Host Factor Alpha-subunit / IHF-alpha


分子量: 11373.952 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A6X7
#5: タンパク質 Integration Host Factor beta-subunit / IHF-beta


分子量: 10613.142 Da / 分子数: 1 / Mutation: E44A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A6Y1

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非ポリマー , 1種, 153分子

#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.24 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG5000-MME, glycerol, Tris-HCl, magnesium chloride, sodium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG5000-MME11
2glycerol11
3Tris-HCl11
4magnesium chloride11
5sodium chloride11
6PEG5000-MME12
7magnesium chloride12
8sodium chloride12
結晶化
*PLUS
温度: 19 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
16.7 mg/mlprotein1drop
210 mMHEPES1droppH7.0
30.1 M1dropNaCl
40.1 mMEDTA1drop
58 %glycerol1drop
615 %glycerol1reservoir
725 %PEG5000 MME1reservoir
850 mMTris-HCl1reservoirpH7.5
910 mM1reservoirMgCl2
1050 mM1reservoirNaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月27日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→100 Å / Num. obs: 26109 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 7 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.95→42.78 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1278009.76 / Data cutoff high rms absF: 1278009.76 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 1252 4.8 %RANDOM
Rwork0.232 ---
obs0.232 26109 67.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.9462 Å2 / ksol: 0.340265 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 51.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.2 Å20 Å20 Å2
2--21.35 Å20 Å2
3----24.55 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.39 Å0.42 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→42.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1518 1426 0 153 3097
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.06
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.481.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.372
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.613
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.225
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.052 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.403 60 4.6 %
Rwork0.355 1248 -
obs--20.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP_NOPUCKERS2.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAM
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.275 / Rfactor Rwork: 0.236
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg19.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.06

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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