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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ovm | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Indolepyruvate decarboxylase from Enterobacter cloacae | ||||||
![]() | Indole-3-pyruvate decarboxylase | ||||||
![]() | LYASE / thiamine diphosphate / indole-3-acetic acid / indolepyruvate / tdp dependent enzyme / decarboxylase | ||||||
機能・相同性 | ![]() auxin biosynthetic process / indolepyruvate decarboxylase / indolepyruvate decarboxylase activity / thiamine pyrophosphate binding / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Schutz, A. / Sandalova, T. / Ricagno, S. / Hubner, G. / Konig, S. / Schneider, G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of thiamindiphosphate-dependent indolepyruvate decarboxylase from Enterobacter cloacae, an enzyme involved in the biosynthesis of the plant hormone indole-3-acetic acid 著者: Schutz, A. / Sandalova, T. / Ricagno, S. / Hubner, G. / Konig, S. / Schneider, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 413.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 337.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 85.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 113.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1zpdS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 60087.289 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: IPDC / プラスミド: pIP362 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-TPP / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.71 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: PEGmme, Na citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年4月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.65→29.56 Å / Num. all: 63376 / Num. obs: 63376 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 44.9 Å2 / Limit h max: 49 / Limit h min: 0 / Limit k max: 57 / Limit k min: 0 / Limit l max: 40 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 2754137.27 / Observed criterion F min: 25.6 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 7.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.65→2.77 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.369 / % possible all: 99.9 |
反射 | *PLUS Num. obs: 63426 / Num. measured all: 315465 / Rmerge(I) obs: 0.087 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.9 % / Rmerge(I) obs: 0.369 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1ZPD 解像度: 2.65→29.56 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 22.125 Å2 / ksol: 0.33713 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 93.33 Å2 / Biso mean: 33.42 Å2 / Biso min: 2.47 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.65→29.56 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.65→2.77 Å / Rfactor Rfree error: 0.014
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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