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- PDB-1ovd: THE K136E MUTANT OF LACTOCOCCUS LACTIS DIHYDROOROTATE DEHYDROGENA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ovd
タイトルTHE K136E MUTANT OF LACTOCOCCUS LACTIS DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE A IN COMPLEX WITH OROTATE
要素DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE A
キーワードOXIDOREDUCTASE / HOMODIMER / ALPHA-BETA BARREL / FLAVOPROTEIN / OROTATE COMPLEX / MUTANT ENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydroorotate dehydrogenase (fumarate) / dihydroorotate dehydrogenase (fumarate) activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dihydroorotate dehydrogenase A, chain A, domain 2 / Dihydroorotate dehydrogenase, class 1 / Dihydroorotate Dehydrogenase A; chain A, domain 2 / Dihydroorotate Dehydrogenase A, chain A, domain 2 / Dihydroorotate dehydrogenase, class 1A / Dihydroorotate dehydrogenase, class 1/ 2 / Dihydroorotate dehydrogenase signature 1. / Dihydroorotate dehydrogenase signature 2. / Dihydroorotate dehydrogenase, conserved site / Dihydroorotate dehydrogenase domain ...Dihydroorotate dehydrogenase A, chain A, domain 2 / Dihydroorotate dehydrogenase, class 1 / Dihydroorotate Dehydrogenase A; chain A, domain 2 / Dihydroorotate Dehydrogenase A, chain A, domain 2 / Dihydroorotate dehydrogenase, class 1A / Dihydroorotate dehydrogenase, class 1/ 2 / Dihydroorotate dehydrogenase signature 1. / Dihydroorotate dehydrogenase signature 2. / Dihydroorotate dehydrogenase, conserved site / Dihydroorotate dehydrogenase domain / Dihydroorotate dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / Roll / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / OROTIC ACID / Dihydroorotate dehydrogenase A (fumarate) / Dihydroorotate dehydrogenase A (fumarate)
類似検索 - 構成要素
生物種Lactococcus lactis (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Norager, S. / Arent, S. / Bjornberg, O. / Ottosen, M. / Lo Leggio, L. / Jensen, K.F. / Larsen, S.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Lactococcus lactis dihydroorotate dehydrogenase A mutants reveal important facets of the enzymatic function.
著者: Norager, S. / Arent, S. / Bjornberg, O. / Ottesen, M. / Lo Leggio, L. / Jensen, K.F. / Larsen, S.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Active Site of Dihydroorotate Dehydrogenase A from Lactococcus Lactis Investigated by Chemical Modification and Mutagenesis
著者: Bjornberg, O. / Rowland, P. / Larsen, S. / Jensen, K.F.
#2: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1998
タイトル: The Crystals Structure of Lactococcus Lactis Dihydroorotate Dehydrogenase A Complexed with the Enzyme Reaction Product Throws Light on its Enzymatic Function
著者: Rowland, P. / Bjornberg, O. / Nielsen, F.S. / Jensen, K.F. / Larsen, S.
#3: ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: The Crystals Structure of the Flavin Containing Enzyme Dihydroorotate Dehydrogenase A from Lactococcus Lactis
著者: Rowland, P. / Nielsen, F.S. / Jensen, K.F. / Larsen, S.
#4: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1996
タイトル: Purification and Characterisation of Dihydroorotate Dehydrogenase A from Lactococcus Lactis, Crystallisation and Preliminary X-Ray Diffraction Studies of the Enzyme
著者: Nielsen, F.S. / Rowland, P. / Larsen, S. / Jensen, K.F.
履歴
登録2003年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE A
B: DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,21813
ポリマ－68,4842
非ポリマー1,73411
水8,773487
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8530 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area21710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.870, 108.290, 65.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.85, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The asymmetric unit contains the biological homodimer

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE A / Dihydroorotate oxidase A / DHOdehase A / DHODase A / DHOD A


分子量: 34242.102 Da / 分子数: 2 / 変異: K136E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lactococcus lactis (乳酸菌) / 遺伝子: PYRDA / プラスミド: PUHE23 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SO6645 / 参照: UniProt: P54321, UniProt: A2RJT9*PLUS, EC: 1.3.3.1

-
非ポリマー , 5種, 498分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#4: 化合物 ChemComp-ORO / OROTIC ACID / オロチン酸


分子量: 156.096 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4N2O4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 487 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 6K, Sodium acetate, Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
11 mg/mlprotein1drop
20.05 Msodium phosphate1droppH7.0
325 mM1reservoirpH6.0Na2HPO4
410 %glycerol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.098 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年9月26日 / 詳細: Bent mirror
放射モノクロメーター: Si(III) single crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.098 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→12 Å / Num. all: 34158 / Num. obs: 33990 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 6.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 2.25→2.29 Å / Rmerge(I) obs: 0.282 / Mean I/σ(I) obs: 4.93 / Num. unique all: 1709 / % possible all: 100
反射
*PLUS
Num. obs: 34158 / % possible obs: 100 % / Num. measured all: 146256
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / Mean I/σ(I) obs: 4.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Lactococcus lactis DHODA PDB ID 1DOR

1dor


解像度: 2.25→12 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 156760.05 / Data cutoff high rms absF: 156760.05 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.202 1553 10 %Random
Rwork0.178 ---
obs-33990 99.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT / Bsol: 42.7672 Å2 / ksol: 0.353933 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 19.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.45 Å22.98 Å20 Å2
2--2.45 Å20 Å2
3----4.89 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.2 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4818 0 116 487 5421
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.85
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.271.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.712
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.342
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.062.5
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.39 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 264 10 %
Rwork0.204 1383 -
obs-5642 99.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.param
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.85

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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