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万見
- PDB-1ov9: Crystal structure of the N-terminal dimerisation domain of VicH, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ov9
タイトルCrystal structure of the N-terminal dimerisation domain of VicH, the H-NS protein from Vibrio cholerae
要素VicH protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / dimer / helix / coiled-coil
機能・相同性
機能・相同性情報


bent DNA binding / nucleoid / DNA-binding transcription repressor activity / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / protein-DNA complex / structural constituent of chromatin / transcription cis-regulatory region binding / protein dimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
H-NS histone-like proteins / Histone-like protein H-NS / Histone-like protein H-NS, N-terminal / : / H-NS histone-like proteins, N-terminal domain / Histone-like protein H-NS, C-terminal domain superfamily / Histone-like protein H-NS, C-terminal domain / H-NS histone C-terminal domain / Domain in histone-like proteins of HNS family / Helix Hairpins ...H-NS histone-like proteins / Histone-like protein H-NS / Histone-like protein H-NS, N-terminal / : / H-NS histone-like proteins, N-terminal domain / Histone-like protein H-NS, C-terminal domain superfamily / Histone-like protein H-NS, C-terminal domain / H-NS histone C-terminal domain / Domain in histone-like proteins of HNS family / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Cerdan, R. / Bloch, V. / Arold, S.T.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: The Crystal Structure of the N-terminal dimerisation domain of VicH, the H-NS-like protein of Vibrio Cholerae
著者: Cerdan, R. / Bloch, V. / Yang, Y. / Bertin, P. / Dumas, C. / Rimsky, S. / Kochoyan, M. / Arold, S.T.
履歴
登録2003年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VicH protein
B: VicH protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5032
ポリマ－11,5032
非ポリマー00
水84747
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3180 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area5940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.085, 49.192, 101.389
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-100-

HOH

21B-141-

HOH

詳細the biological assembly is the dimer of the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質・ペプチド VicH protein


分子量: 5751.499 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal Domain (residues 1-50) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: vich / プラスミド: pET22b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9KSX6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.02 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: sodium chloride, PEG 3350, potassium iodide, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mMTris-HCl1droppH7.5
2300 mM1dropNaCl
320 mg/mlprotein1drop
40.2 M1reservoirKI
520 %PEG33501reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50.69 Å / Num. all: 3894 / Num. obs: 3894 / % possible obs: 88.8 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique all: 569 / Rsym value: 0.57 / % possible all: 90.8
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / % possible obs: 90.8 % / Num. measured all: 11950 / Rmerge(I) obs: 0.085
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 90.8 % / Rmerge(I) obs: 0.57

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
EPMR位相決定
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1NI8

1ni8


解像度: 2.3→50 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: Maximum likelihood / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 482 11 %Random
Rwork0.233 ---
all0.258 3894 --
obs0.258 3894 88.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 50 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数752 0 0 47 799
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.451.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.7472
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.9282
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.7472.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.39 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 60 -
Rwork0.317 --
obs-441 90.7 %
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_angle_d / Dev ideal: 1.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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