PDB-1ouw: Crystal structure of Calystegia sepium agglutinin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ouw

タイトル

Crystal structure of Calystegia sepium agglutinin

要素

lectin

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / beta-prism fold / agglutinin / lectin / mannose-binding / jacalin-related

機能・相同性

機能・相同性情報

D-glucose binding / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / D-mannose binding / cell adhesion molecule binding / positive regulation of mitotic nuclear division / carbohydrate binding / protein homodimerization activity / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Calystegia sepium (ヒロハヒルガオ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.37 Å

データ登録者

Bourne, Y. / Roig-Zamboni, V. / Barre, A. / Peumans, W.J. / Astoul, C.H. / van Damme, E.J.M. / Rouge, P.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: The crystal structure of the Calystegia sepium agglutinin reveals a novel quaternary arrangement of lectin subunits with a beta-prism fold
著者: Bourne, Y. / Roig-Zamboni, V. / Barre, A. / Peumans, W.J. / Astoul, C.H. / Van Damme, E.J.M. / Rouge, P.

履歴

登録	2003年3月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2003年11月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2025年3月26日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ouw.cif.gz	137.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ouw.ent.gz	108.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ouw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/1ouw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/1ouw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1c3k 1c3m 1c3n
類似構造データ	2etm-1 2hen-4 5ei2-d 4c4i-d 3mss-2 2wgj-d 4c4f-d 6z4b-1 3zfx-2 6z4d-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: lectin

B: lectin

C: lectin

D: lectin

ヘテロ分子

65 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: lectin

B: lectin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: lectin

D: lectin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	30.562, 51.792, 79.780
Angle α, β, γ (deg.)	104.99, 94.36, 94.85
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	lectin / agglutinin 分子量: 15985.650 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Calystegia sepium (ヒロハヒルガオ) / 参照: UniProt: P93114
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン分子量: 69.085 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#4: 化合物	ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID / D-りんご酸分子量: 134.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₅
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 589 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 1.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 26.44 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 20-30% PEG 4K, 0.2 imidazole/malate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

結晶化

*PLUS

温度: 20 ℃ / pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	10 mM	HEPES	1	drop	pH7.4
2	150 mM		1	drop		NaCl
3	10 mg/ml	protein	1	drop
4	20-30 %	PEG4000	1	reservoir
5	0.2 M	imidazole/malate	1	reservoir	pH6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年10月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.37→25 Å / Num. obs: 92547 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 1.8 % / B_iso Wilson estimate: 14.7 Å² / R_sym value: 0.022 / Net I/σ(I): 19.1
反射	PLUS Num. measured all: 370064 / R_merge(I) obs*: 0.022
反射シェル	PLUS % possible obs: 91.2 % / R_merge(I) obs: 0.168 / Mean I/σ(I) obs*: 3.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.37→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / SU B: 0.948 / SU ML: 0.038 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.058 / ESU R Free: 0.06 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1797	1843	2 %	RANDOM
R_work	0.15256	-	-	-
obs	0.1531	90689	93.97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.992 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.71 Å²	0.49 Å²	-0.12 Å²
2-	-	-0.95 Å²	0.03 Å²
3-	-	-	-0.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.37→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4437	0	74	589	5100

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.021	4627
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3996
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.398	1.946	6260
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.801	3	9308
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.844	5	595
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	686
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	5251
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	961
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.178	0.2	721
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.264	0.2	4787
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.089	0.2	2840
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	352
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.271	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.324	0.2	118
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.186	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.863	1.5	2943
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.549	2	4720
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.071	3	1684
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.117	4.5	1540
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.37→1.405 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.228	129
R_work	0.209	6486

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2909	0.0963	-0.067	0.7175	-0.0163	1.026	-0.0099	-0.0252	0.0187	0.0726	0.0209	-0.017	0.0897	0.0019	-0.0109	0.0133	-0.0003	-0.006	0.063	-0.0007	0.0609	17.101	-2.514	55.247
2	0.2975	-0.2439	-0.0074	0.6904	0.1022	0.7911	0.0344	0.0133	0.0121	-0.1028	-0.0188	-0.0109	-0.089	-0.0168	-0.0155	0.0318	-0.0069	0.0054	0.0494	0.0021	0.061	17.345	13.054	36.574
3	0.4122	-0.0319	-0.1878	0.725	-0.271	1.0271	-0.0084	-0.0343	-0.0339	0.0158	-0.0131	-0.0073	0.0442	0.0388	0.0215	0.001	-0.0063	-0.0053	0.0637	0.002	0.0687	26.857	33.688	16.988
4	0.3795	-0.106	0.141	0.728	-0.2665	0.8003	0.0006	0.029	0.0562	-0.1032	-0.042	0.0115	-0.0742	0.008	0.0414	0.0474	0.004	-0.0121	0.0381	0.0064	0.0528	27.133	51.011	0.175

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 152	1 - 151
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	2 - 153	1 - 152
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	2 - 153	1 - 152
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	2 - 153	1 - 152

精密化

*PLUS

最低解像度: 25 Å / Num. reflection obs: 92538 / R_factor R_free: 0.182 / R_factor R_work: 0.154

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.011
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.4

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関連情報:EMDBヘッダ

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