ソフトウェア 名称 バージョン 分類 NB CNS1.1 精密化 Show d*TREKデータ削減 SCALEPACKデータスケーリング SOLVE位相決定 RESOLVE位相決定
精密化 構造決定の手法 : 多波長異常分散 / 解像度 : 2.1→37.24 Å / Rfactor Rfree error : 0.004 / Occupancy max : 1 / Occupancy min : 0.54 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / σ(I) : 0 / 立体化学のターゲット値 : Engh & HuberRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.235 4399 10.1 % random Rwork 0.202 - - - all 0.205 45240 - - obs 0.2027 43633 96.4 % -
溶媒の処理 溶媒モデル : CNS bulk solvent model used / Bsol : 51.3685 Å2 / ksol : 0.344505 e/Å3 原子変位パラメータ Biso max : 97.43 Å2 / Biso mean : 41.49 Å2 / Biso min : 14.46 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -8.73 Å2 0 Å2 0 Å2 2- - 12.48 Å2 0 Å2 3- - - -3.74 Å2
Refine analyze Free Obs Luzzati coordinate error 0.29 Å 0.24 Å Luzzati d res low - 50 Å Luzzati sigma a 0.29 Å 0.24 Å Luzzati d res high - 2.1
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 2.1→37.24 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 5807 0 0 627 6434
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal X-RAY DIFFRACTION x_bond_d0.006 X-RAY DIFFRACTION x_angle_deg1.2 X-RAY DIFFRACTION x_torsion_deg21.2 X-RAY DIFFRACTION x_torsion_impr_deg0.85
LS精密化 シェル Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
解像度 (Å)Rfactor Rfree Num. reflection Rfree % reflection Rfree (%)Rfactor Rwork Num. reflection Rwork Rfactor Rfree error Num. reflection all Num. reflection obs % reflection obs (%)2.1-2.2 0.324 504 10 0.28 4530 0.014 5603 5034 89.8 2.2-2.31 0.314 530 10.3 0.261 4633 0.014 5569 5163 92.7 2.31-2.46 0.27 528 10 0.238 4766 0.012 5580 5294 94.9 2.46-2.65 0.263 549 10.2 0.233 4845 0.011 5604 5394 96.3 2.65-2.91 0.259 551 9.9 0.224 5000 0.011 5642 5551 98.4 2.91-3.33 0.252 555 9.9 0.212 5041 0.011 5648 5596 99.1 3.33-4.2 0.202 575 10.1 0.166 5124 0.008 5704 5699 99.9 4.2-37.24 0.202 607 10.3 0.178 5295 0.008 5925 5902 99.6
Xplor file Refine-ID Serial no Param file Topol file X-RAY DIFFRACTION 1 protein_rep.paramprotein.topX-RAY DIFFRACTION 2 carbohydrate.paramcarbohydrate.topX-RAY DIFFRACTION 3 water_rep.paramwater.topX-RAY DIFFRACTION 4 ion.paramion.top
ソフトウェア *PLUS
名称 : CNS / 分類 : refinement精密化 *PLUS
最高解像度 : 2.1 Å / 最低解像度 : 37.4 Å溶媒の処理 *PLUS
原子変位パラメータ *PLUS
拘束条件 *PLUS
Refine-ID タイプ X-RAY DIFFRACTION c_bond_dX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg