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- PDB-1otg: 5-CARBOXYMETHYL-2-HYDROXYMUCONATE ISOMERASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1otg
タイトル5-CARBOXYMETHYL-2-HYDROXYMUCONATE ISOMERASE
要素5-CARBOXYMETHYL-2-HYDROXYMUCONATE ISOMERASE
キーワードISOMERASE / HYDROXYMUCONATE
機能・相同性
機能・相同性情報


5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate Delta-isomerase / 5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate delta-isomerase activity / catabolic process
類似検索 - 分子機能
5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate isomerase / 5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate isomerase / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Tautomerase/MIF superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate Delta-isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Subramanya, H.S. / Roper, D.I. / Dauter, Z. / Dodson, E.J. / Davies, G.J. / Wilson, K.S. / Wigley, D.B.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Enzymatic ketonization of 2-hydroxymuconate: specificity and mechanism investigated by the crystal structures of two isomerases.
著者: Subramanya, H.S. / Roper, D.I. / Dauter, Z. / Dodson, E.J. / Davies, G.J. / Wilson, K.S. / Wigley, D.B.
履歴
登録1995年11月9日処理サイト: BNL
改定 1.01996年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5-CARBOXYMETHYL-2-HYDROXYMUCONATE ISOMERASE
B: 5-CARBOXYMETHYL-2-HYDROXYMUCONATE ISOMERASE
C: 5-CARBOXYMETHYL-2-HYDROXYMUCONATE ISOMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,15910
ポリマ－42,4873
非ポリマー6727
水3,621201
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9900 Å2
ΔGint-169 kcal/mol
Surface area14490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.300, 90.300, 129.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 5-CARBOXYMETHYL-2-HYDROXYMUCONATE ISOMERASE


分子量: 14162.215 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: C / 解説: CHMI PROMOTER / 遺伝子: CHM / プラスミド: PUC19 / 遺伝子 (発現宿主): CHM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q05354, 異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの; ケト基-エノール基の相互変換
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.49 %
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 61 %
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
1100 mMHEPES1drop
21 %PEG2001drop
31 mMdithiothreitol1drop
43 Mammonium sulfate1drop
52.5-2.8 Mammonium sulfate1reservoir
610 mMTris-HCl1reservoir

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1989
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 28779 / % possible obs: 89.4 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.049
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / Rmerge(I) obs: 0.049

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
PROLSQ精密化
X-PLOR精密化
MOSFLMデータ削減
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.1→10 Å /
Rfactor反射数
obs0.179 28526
原子変位パラメータBiso mean: 32.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2991 0 35 201 3227
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0150.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0510.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.060.06
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.911
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.632
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it3.622.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it5.645
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0130.03
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1360.12
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.2060.5
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2250.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.210.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.535
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor21.4615
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor22.9220
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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