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- PDB-1ot8: Structure of the Ankyrin Domain of the Drosophila Notch Receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ot8
タイトルStructure of the Ankyrin Domain of the Drosophila Notch Receptor
要素Neurogenic locus Notch protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / Ankyrin Repeat / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


response to symbiont / neuroblast fate specification / epithelial cell type specification, open tracheal system / lamellocyte differentiation / regulation of cardioblast cell fate specification / positive regulation of crystal cell differentiation / negative regulation of compound eye photoreceptor development / R1/R6 cell differentiation / formation of a compartment boundary / compartment boundary maintenance ...response to symbiont / neuroblast fate specification / epithelial cell type specification, open tracheal system / lamellocyte differentiation / regulation of cardioblast cell fate specification / positive regulation of crystal cell differentiation / negative regulation of compound eye photoreceptor development / R1/R6 cell differentiation / formation of a compartment boundary / compartment boundary maintenance / follicle cell of egg chamber migration / muscle cell fate determination / imaginal disc-derived leg joint morphogenesis / eye-antennal disc development / crystal cell differentiation / R7 cell differentiation / R3/R4 cell differentiation / germ-line stem-cell niche homeostasis / oocyte localization involved in germarium-derived egg chamber formation / hemocyte proliferation / negative regulation of lamellocyte differentiation / compound eye retinal cell programmed cell death / myoblast development / imaginal disc-derived male genitalia morphogenesis / germarium-derived egg chamber formation / leg disc morphogenesis / epithelial cell proliferation involved in Malpighian tubule morphogenesis / CSL-Notch-Mastermind transcription factor complex / lateral inhibition / Malpighian tubule tip cell differentiation / eye-antennal disc morphogenesis / second mitotic wave involved in compound eye morphogenesis / imaginal disc-derived wing margin morphogenesis / imaginal disc-derived leg segmentation / sensory organ precursor cell fate determination / female germ-line stem cell population maintenance / ommatidial rotation / wing disc dorsal/ventral pattern formation / defense response to insect / wing disc pattern formation / follicle cell of egg chamber stalk formation / imaginal disc-derived leg morphogenesis / chaeta morphogenesis / dorsal closure / compound eye morphogenesis / follicle cell of egg chamber development / neuroblast development / lymph gland development / larval lymph gland hemopoiesis / cell dedifferentiation / neuroblast fate determination / imaginal disc-derived wing vein specification / dorsal appendage formation / border follicle cell migration / intestinal stem cell homeostasis / compound eye development / chaeta development / foregut morphogenesis / asymmetric cell division / regulation of stem cell division / imaginal disc-derived wing morphogenesis / glial cell fate determination / neuron fate specification / regulation of neuroblast proliferation / retinal cell programmed cell death / glial cell migration / sensory organ development / germ-line stem cell population maintenance / dorsal/ventral axis specification / neuron fate determination / WW domain binding / glial cell differentiation / neuronal stem cell population maintenance / regulation of filopodium assembly / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / peripheral nervous system development / motor neuron axon guidance / nervous system process / regulation of growth / Notch binding / regulation of glycolytic process / embryonic hemopoiesis / histone acetyltransferase binding / muscle cell cellular homeostasis / morphogenesis of an epithelial fold / oogenesis / positive regulation of neuroblast proliferation / negative regulation of Notch signaling pathway / regulation of cell differentiation / mesoderm development / regulation of neurogenesis / endocytic vesicle / neuroblast proliferation / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / cell fate commitment / long-term memory / Notch signaling pathway / regulation of mitotic cell cycle / multivesicular body / determination of adult lifespan
類似検索 - 分子機能
Ankyrin repeats (many copies) / Notch, C-terminal / Domain of unknown function / Notch / Notch, NOD domain / Notch, NODP domain / NOTCH protein / NOTCH protein / NOD / NODP ...Ankyrin repeats (many copies) / Notch, C-terminal / Domain of unknown function / Notch / Notch, NOD domain / Notch, NODP domain / NOTCH protein / NOTCH protein / NOD / NODP / Notch-like domain superfamily / LNR (Lin-12/Notch) repeat profile. / LNR domain / Notch domain / Domain found in Notch and Lin-12 / EGF-like, conserved site / Human growth factor-like EGF / : / Calcium-binding EGF domain / Ankyrin repeat-containing domain / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / Ankyrin repeat / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Neurogenic locus Notch protein
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Zweifel, M.E. / Leahy, D.J. / Hughson, F.M. / Barrick, D.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2003
タイトル: Structure and stability of the ankyrin domain of the Drosophila Notch receptor
著者: Zweifel, M.E. / Leahy, D.J. / Hughson, F.M. / Barrick, D.
履歴
登録2003年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neurogenic locus Notch protein
B: Neurogenic locus Notch protein
C: Neurogenic locus Notch protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,1786
ポリマ－77,1053
非ポリマー733
水8,431468
1
A: Neurogenic locus Notch protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7262
ポリマ－25,7021
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Neurogenic locus Notch protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7262
ポリマ－25,7021
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Neurogenic locus Notch protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7262
ポリマ－25,7021
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.629, 73.629, 341.056
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Neurogenic locus Notch protein


分子量: 25701.574 Da / 分子数: 3 / 断片: Ankyrin Domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: N OR EG:140G11.1 OR EG:163A10.2 OR CG3936 / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P07207
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 468 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.16 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: MPD, Magnesium Acetate, Sodium Cacodylate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
110-15 mg/mlprotein1drop
2150 mM1dropNaCl
325 mMTris-HCl1droppH8.0
415-20 %(v/v)MPD1reservoir
5200 mMmagnesium acetate1reservoir
6100 mMsodium cacodylate1reservoirpH6.5-7.0

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→19.94 Å / Num. all: 62729 / Num. obs: 62729
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 60 Å / % possible obs: 96.9 % / Rmerge(I) obs: 0.048
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 93.2 % / Rmerge(I) obs: 0.138

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.19精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 2.934 / SU ML: 0.083 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.141 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19759 6340 10.1 %RANDOM
Rwork0.17742 ---
obs0.17947 56389 96.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.519 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.01 Å20 Å20 Å2
2---1.01 Å20 Å2
3---2.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4565 0 3 468 5036
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0214626
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4341.9386280
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg1.2665602
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2740
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023564
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2350.22511
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1250.2383
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.310.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1830.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1141.53011
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.90824763
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.65631615
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.654.51517
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.218 452
Rwork0.186 3840
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9704-0.87120.3592.1073-0.36850.7785-0.066-0.0057-0.02440.05190.0510.0031-0.0135-0.05390.01490.1456-0.01770.00830.01390.00060.013327.889176.944627.9919
20.72450.4080.51471.621.12542.3921-0.0128-0.0251-0.01420.01050.0317-0.1897-0.0120.07-0.01890.1246-0.00150.00420.01190.02880.0739.026127.810332.6889
31.54710.8881-0.61833.0388-0.76641.32890.00110.14820.0469-0.42210.0433-0.19220.03660.0049-0.04440.19910.02880.02330.0347-0.00170.082137.432252.387120.5522
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA60 - 23060 - 230
2X-RAY DIFFRACTION2BB60 - 23060 - 230
3X-RAY DIFFRACTION3CC60 - 23060 - 230
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.201 / Rfactor Rwork: 0.18
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.43

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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