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- PDB-1osp: CRYSTAL STRUCTURE OF OUTER SURFACE PROTEIN A OF BORRELIA BURGDORF... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1osp
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF OUTER SURFACE PROTEIN A OF BORRELIA BURGDORFERI COMPLEXED WITH A MURINE MONOCLONAL ANTIBODY FAB
要素
  • (FAB 184.1) x 2
  • OUTER SURFACE PROTEIN A
キーワードCOMPLEX (IMMUNOGLOBULIN/LIPOPROTEIN) / COMPLEX (IMMUNOGLOBULIN-LIPOPROTEIN) / OUTER SURFACE PROTEIN A COMPLEXED WITH FAB184.1 / BORRELIA BURGDORFERI STRAIN B31 / COMPLEX (IMMUNOGLOBULIN-LIPOPROTEIN) complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Initial triggering of complement / Classical antibody-mediated complement activation / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Regulation of Complement cascade / phagocytosis, recognition / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity ...Initial triggering of complement / Classical antibody-mediated complement activation / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Regulation of Complement cascade / phagocytosis, recognition / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / Fc-gamma receptor I complex binding / alpha-beta T cell receptor complex / immunoglobulin complex, circulating / phagocytosis, engulfment / immunoglobulin receptor binding / IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / complement activation, classical pathway / antigen binding / positive regulation of phagocytosis / B cell differentiation / cell outer membrane / positive regulation of immune response / antibacterial humoral response / adaptive immune response / cell surface / : / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
C1 set domains (antibody constant domain-like) / Outer Surface Protein A; domain 3 - #1 / Outer surface lipoprotein, Borrelia / Outer surface lipoprotein domain superfamily / Borrelia lipoprotein / Outer Surface Protein A; domain 3 / : / Lipocalin / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site ...C1 set domains (antibody constant domain-like) / Outer Surface Protein A; domain 3 - #1 / Outer surface lipoprotein, Borrelia / Outer surface lipoprotein domain superfamily / Borrelia lipoprotein / Outer Surface Protein A; domain 3 / : / Lipocalin / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin kappa constant / Immunoglobulin heavy constant gamma 2B / Outer surface protein A / Outer surface protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Borrelia burgdorferi (バクテリア)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Li, H. / Lawson, C.L.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1997
タイトル: Crystal structure of Lyme disease antigen outer surface protein A complexed with an Fab.
著者: Li, H. / Dunn, J.J. / Luft, B.J. / Lawson, C.L.
履歴
登録1996年11月23日処理サイト: BNL
改定 1.01997年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: FAB 184.1
H: FAB 184.1
O: OUTER SURFACE PROTEIN A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,8253
ポリマ－74,8253
非ポリマー00
水5,909328
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.100, 91.700, 100.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 FAB 184.1


分子量: 23694.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01837*PLUS
#2: 抗体 FAB 184.1


分子量: 23449.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01867
#3: タンパク質 OUTER SURFACE PROTEIN A / OSPA


分子量: 27682.195 Da / 分子数: 1 / Mutation: CHAIN O, S84C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Borrelia burgdorferi (バクテリア)
株: B31 / プラスミド: PET9C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14013, UniProt: P0CL66*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 8.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
150 mMTris-HCl1reservoir
24-10 %(w/v)PEG33001reservoir
380 mM1reservoirMgCl2

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.95 / 波長: 0.95, 1.1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年10月27日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.951
21.11
反射Num. obs: 58870 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.048
反射
*PLUS
最高解像度: 1.95 Å / Num. measured all: 254719
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.95 Å / 最低解像度: 2.05 Å / % possible obs: 88.3 % / Rmerge(I) obs: 0.216

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 1.95→6 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
Rfree0.295 -
Rwork0.229 -
obs0.229 54404
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5209 0 0 328 5537
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.614
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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