PDB-1osg: Complex between BAFF and a BR3 derived peptide presented in a bet...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1osg

タイトル

Complex between BAFF and a BR3 derived peptide presented in a beta-hairpin scaffold

要素

BR3 derived PEPTIDE
Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B

キーワード

IMMUNE SYSTEM / jelly-roll / beta hairpin / protein-peptide complex

機能・相同性

機能・相同性情報

B cell costimulation / positive regulation of germinal center formation / TNFs bind their physiological receptors / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / transitional one stage B cell differentiation / germinal center formation / tumor necrosis factor receptor binding / skin development / B cell proliferation / B cell homeostasis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Gordon, N.C. / Pan, B. / Hymowitz, S.G. / Yin, J.P. / Kelley, R.F. / Cochran, A.G. / Yan, M. / Dixit, V.M. / Fairbrother, W.J. / Starovasnik, M.A.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: BAFF/BLyS receptor 3 comprises a minimal TNF receptor-like module that encodes a highly focused ligand-binding site
著者: Gordon, N.C. / Pan, B. / Hymowitz, S.G. / Yin, J.P. / Kelley, R.F. / Cochran, A.G. / Yan, M. / Dixit, V.M. / Fairbrother, W.J. / Starovasnik, M.A.

履歴

登録	2003年3月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年5月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年8月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

Remark 999

an appropriate sequence database reference was not available for the BR3 derived PEPTIDE at the ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1osg.cif.gz	198.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1osg.ent.gz	157.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1osg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1osg_validation.pdf.gz	519.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1osg_full_validation.pdf.gz	538.3 KB	表示
XML形式データ	1osg_validation.xml.gz	33.2 KB	表示
CIF形式データ	1osg_validation.cif.gz	45.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/1osg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/1osg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1osxC 1kxgS 1mpv S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3v56-2 3v56-1 4bgl-d 4kdy-d 5b8f-d 6z0k-d 2j4q-2 6wch-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B

B: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B

C: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B

D: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B

E: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B

F: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B

G: BR3 derived PEPTIDE

J: BR3 derived PEPTIDE

H: BR3 derived PEPTIDE

I: BR3 derived PEPTIDE

K: BR3 derived PEPTIDE

L: BR3 derived PEPTIDE

ヘテロ分子

146 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B

B: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B

C: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B

G: BR3 derived PEPTIDE

H: BR3 derived PEPTIDE

I: BR3 derived PEPTIDE

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
73 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B

E: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B

F: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B

J: BR3 derived PEPTIDE

K: BR3 derived PEPTIDE

L: BR3 derived PEPTIDE

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
73 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.633, 121.633, 157.214
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Refine code: 4

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	VAL	VAL	ARG	ARG	A	A	142 - 214	65 - 137
2	1	1	VAL	VAL	ARG	ARG	B	B	142 - 214	65 - 137
3	1	1	VAL	VAL	ARG	ARG	C	C	142 - 214	65 - 137
4	1	1	VAL	VAL	ARG	ARG	D	D	142 - 214	65 - 137
5	1	1	VAL	VAL	ARG	ARG	E	E	142 - 214	65 - 137
6	1	1	VAL	VAL	ARG	ARG	F	F	142 - 214	65 - 137
7	2	1	VAL	VAL	LEU	LEU	A	A	227 - 285	150 - 208
8	2	1	VAL	VAL	LEU	LEU	B	B	227 - 285	150 - 208
9	2	1	VAL	VAL	LEU	LEU	C	C	227 - 285	150 - 208
10	2	1	VAL	VAL	LEU	LEU	D	D	227 - 285	150 - 208
11	2	1	VAL	VAL	LEU	LEU	E	E	227 - 285	150 - 208
12	2	1	VAL	VAL	LEU	LEU	F	F	227 - 285	150 - 208
1	1	2	CYS	CYS	CYS	CYS	G	G	23 - 34	1 - 12
2	1	2	CYS	CYS	CYS	CYS	H	I	23 - 34	1 - 12
3	1	2	CYS	CYS	CYS	CYS	I	J	23 - 34	1 - 12
4	1	2	CYS	CYS	CYS	CYS	J	H	23 - 34	1 - 12
5	1	2	CYS	CYS	CYS	CYS	K	K	23 - 34	1 - 12
6	1	2	CYS	CYS	CYS	CYS	L	L	23 - 34	1 - 12

NCSアンサンブル:

ID
1
2

詳細

The biologically relevant assembly of BAFF is a trimer. The crystallographic asymetric unit contains 2 trimers. / The biologically relevant unit of BR3 is a monomer. Three monomers bind to each ligand trimer

#1: タンパク質	Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B / TNF-and APOL- related leukocyte expressed ligand 1 / TALL-1 / B lymphocyte stimulator / BLyS / B ...TNF-and APOL- related leukocyte expressed ligand 1 / TALL-1 / B lymphocyte stimulator / BLyS / B cell-activating factor / BAFF / Dendritic cell- derived TNF-like molecule 分子量: 22746.762 Da / 分子数: 6 / 断片: TNF domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BAFF / プラスミド: pet15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9Y275
#2: タンパク質・ペプチド	BR3 derived PEPTIDE 分子量: 1569.873 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This peptide was chemically synthesized.
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 3.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.07 %

結晶化

温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 20% PEG 3350, 1.0 M LiCl, 0.1M sodium cacodylate, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

結晶化

*PLUS

pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	9 mg/ml	protein	1	drop
2	50 mM	Tris	1	drop	pH8.0
3	500 mM		1	drop		NaCl
4	0.1 M	sodium cacodylate	1	reservoir	pH6.7
5	19-21 %	PEG3350	1	reservoir
6	0.7-1.1 M		1	reservoir		LiCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年11月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→30 Å / Num. all: 26356 / Num. obs: 26356 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / R_sym value: 0.081 / Net I/σ(I): 10.5
反射シェル	解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 2630 / R_sym value: 0.41 / % possible all: 98.8
反射	PLUS R_merge(I) obs*: 0.081
反射シェル	PLUS % possible obs*: 41 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1KXG with the waters removed

1kxg

解像度: 3→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.836 / SU B: 17.975 / SU ML: 0.348 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -3 / ESU R Free: 0.5 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28633	2536	9.6 %	random
R_work	0.21288	-	-	-
obs	0.21992	23768	99.57 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.339 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.19 Å²	0.1 Å²	0 Å²
2-	-	0.19 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7507	0	4	20	7531

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.021	7686
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	6946
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.357	1.962	10414
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.775	3	16200
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.766	5	924
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	1176
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	8382
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1534
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.197	0.2	1309
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.234	0.2	8004
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.088	0.2	5331
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	146
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.109	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.261	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.023	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.931	2.5	4644
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.678	3	7493
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.042	3.5	3036
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.722	4	2909
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	2017	medium positional	0.48	0.5
1	2	B	2017	medium positional	0.58	0.5
1	3	C	2017	medium positional	0.48	0.5
1	4	D	2017	medium positional	0.57	0.5
1	5	E	2017	medium positional	0.52	0.5
1	6	F	2017	medium positional	0.47	0.5
2	1	G	198	medium positional	0.66	0.5
2	2	H	198	medium positional	0.76	0.5
2	3	I	198	medium positional	0.88	0.5
2	4	J	198	medium positional	0.75	0.5
2	5	K	198	medium positional	0.67	0.5
2	6	L	198	medium positional	0.82	0.5
1	1	A	2017	medium thermal	0.38	2
1	2	B	2017	medium thermal	0.36	2
1	3	C	2017	medium thermal	0.38	2
1	4	D	2017	medium thermal	0.44	2
1	5	E	2017	medium thermal	0.41	2
1	6	F	2017	medium thermal	0.45	2
2	1	G	198	medium thermal	0.29	2
2	2	H	198	medium thermal	0.23	2
2	3	I	198	medium thermal	0.29	2
2	4	J	198	medium thermal	0.25	2
2	5	K	198	medium thermal	0.32	2
2	6	L	198	medium thermal	0.29	2

LS精密化シェル

解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.364	308	-
R_work	0.24	1609	-
obs	-	-	98.8 %

精密化

*PLUS

最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 30 Å / R_factor R_free: 0.286 / R_factor R_work: 0.213

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.012
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.36

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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