PDB-1osc: Crystal structure of rat CUTA1 at 2.15 A resolution

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1osc

タイトル

Crystal structure of rat CUTA1 at 2.15 A resolution

要素

similar to divalent cation tolerant protein CUTA

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / CUTA / copper resistance / Structural Proteomics in Europe / SPINE / Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

response to metal ion / intracellular protein localization / copper ion binding / enzyme binding / mitochondrion / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Arnesano, F. / Banci, L. / Benvenuti, M. / Bertini, I. / Calderone, V. / Mangani, S. / Viezzoli, M.S. / Structural Proteomics in Europe (SPINE)

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: The Evolutionarily Conserved Trimeric Structure of CutA1 Proteins Suggests a Role in Signal Transduction
著者: Arnesano, F. / Banci, L. / Benvenuti, M. / Bertini, I. / Calderone, V. / Mangani, S. / Viezzoli, M.S.

履歴

登録	2003年3月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年11月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.4	2023年8月16日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1osc.cif.gz	147.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1osc.ent.gz	117.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1osc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/1osc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/1osc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1naqSC 1kr4 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4e98-d 3ahp-1 3ahp-2 1uku-1 1o5j-1 2zfh-1 3aa9-d 2zom-d 3gsd-1 3gsd-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: CIRMMP04

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: similar to divalent cation tolerant protein CUTA

B: similar to divalent cation tolerant protein CUTA

C: similar to divalent cation tolerant protein CUTA

D: similar to divalent cation tolerant protein CUTA

E: similar to divalent cation tolerant protein CUTA

F: similar to divalent cation tolerant protein CUTA

81.6 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: similar to divalent cation tolerant protein CUTA

B: similar to divalent cation tolerant protein CUTA

C: similar to divalent cation tolerant protein CUTA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: similar to divalent cation tolerant protein CUTA

E: similar to divalent cation tolerant protein CUTA

F: similar to divalent cation tolerant protein CUTA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.387, 88.287, 125.853
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
1	2	D
2	2	E
3	2	F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: 5

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	TYR	TYR	A	A	6 - 110	18 - 122
2	1	TYR	TYR	B	B	6 - 110	18 - 122
3	1	TYR	TYR	C	C	6 - 110	18 - 122
1	2	SER	SER	D	D	4 - 110	16 - 122
2	2	GLY	GLY	E	E	3 - 110	15 - 122
3	2	GLY	GLY	F	F	3 - 110	15 - 122

NCSアンサンブル:

ID
1
2

詳細

The biological functional unit is a trimer; the asymetric unit is made of two trimers

#1: タンパク質	similar to divalent cation tolerant protein CUTA 分子量: 13600.518 Da / 分子数: 6 / 断片: residue 44-169 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: CutA, CutA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6MGD0
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 405 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.04 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: Na Acetate, CuSO4, CaCl2, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

結晶化

*PLUS

温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	10 mg/ml	protein	1	drop
2	0.1 M	sodium acetate	1	reservoir	pH4.6
3	30 %	MPD	1	reservoir
4	5 mM		1	reservoir		CuSO4
5	20 mM		1	reservoir		CaCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9322 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月1日 / 詳細: Diamond (111), Ge(220)
放射	モノクロメーター: Diamond (111), Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9322 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→20 Å / Num. all: 43312 / Num. obs: 43312 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.073 / R_sym value: 0.073 / Net I/σ(I): 5.3
反射シェル	解像度: 2.15→2.2 Å / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / R_sym value: 0.47 / % possible all: 99.9
反射	PLUS 最低解像度: 40 Å / Num. obs: 46060 / % possible obs: 100 % / Num. measured all*: 300781
反射シェル	PLUS % possible obs: 100 % / Num. unique obs: 6646 / Num. measured obs: 32115 / R_merge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs*: 1.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.80	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1NAQ

1naq

解像度: 2.15→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.907 / SU B: 6.271 / SU ML: 0.161 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.236 / ESU R Free: 0.215 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26001	3615	8.3 %	RANDOM
R_work	0.18946	-	-	-
obs	0.1954	39701	100 %	-
all	-	41116	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.19 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.98 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5090	0	0	405	5495

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.034	0.022	5240
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.685	1.954	7160
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	10.004	5	652
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.23	0.2	848
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	3886
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.278	0.2	2629
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.22	0.2	421
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.258	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.359	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.832	1.5	3312
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.294	2	5435
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.863	3	1928
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.774	4.5	1725
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	424	medium positional	0.24	0.5
1	2	B	424	medium positional	0.17	0.5
1	3	C	424	medium positional	0.24	0.5
2	1	D	424	medium positional	0.21	0.5
2	2	E	424	medium positional	0.28	0.5
2	3	F	424	medium positional	0.31	0.5
1	1	A	402	loose positional	0.71	5
1	2	B	402	loose positional	0.78	5
1	3	C	402	loose positional	0.8	5
2	1	D	402	loose positional	0.81	5
2	2	E	402	loose positional	0.91	5
2	3	F	402	loose positional	1	5
1	1	A	424	medium thermal	1.83	2
1	2	B	424	medium thermal	2.41	2
1	3	C	424	medium thermal	2.04	2
2	1	D	424	medium thermal	2.85	2
2	2	E	424	medium thermal	2.3	2
2	3	F	424	medium thermal	2.25	2
1	1	A	402	loose thermal	4.09	10
1	2	B	402	loose thermal	3.64	10
1	3	C	402	loose thermal	3.09	10
2	1	D	402	loose thermal	4.36	10
2	2	E	402	loose thermal	3.61	10
2	3	F	402	loose thermal	4.01	10

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.205 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.3	273
R_work	0.292	2871

ソフトウェア

*PLUS

バージョン: 5.1.24 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

最低解像度: 20 Å / R_factor R_free: 0.26 / R_factor R_work: 0.189

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.03
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	2.6

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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