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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1orr | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of CDP-Tyvelose 2-Epimerase complexed with NAD and CDP | ||||||
![]() | CDP-tyvelose-2-epimerase | ||||||
![]() | ISOMERASE / Rossmann fold / short-chain dehydrogenase/reductase | ||||||
機能・相同性 | ![]() CDP-paratose 2-epimerase / CDP-abequose epimerase activity / lipopolysaccharide biosynthetic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Koropatkin, N.M. / Liu, H. / Holden, H.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: High Resolution X-ray Structure of Tyvelose Epimerase from Salmonella typhi 著者: Koropatkin, N.M. / Liu, H.W. / Holden, H.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 306.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 245.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 67 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 95.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39138.090 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: RFBE OR STY2298 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P14169, 異性化酵素; ラセマーゼ・エピメラーゼ(光学異性の転換); 炭水化物およびその類縁体に作用 #2: 化合物 | ChemComp-NAD / #3: 化合物 | ChemComp-CDP / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.95 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: PEG 8000, succinate, tetramethylammonium chloride, CDP, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2002年12月4日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si-111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9794 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.46→50 Å / Num. all: 225494 / Num. obs: 225494 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 40.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.46→1.51 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 21022 / Rsym value: 0.212 / % possible all: 89.2 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.061 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 89.2 % / 冗長度: 2.8 % / Num. unique obs: 21022 / Rmerge(I) obs: 0.212 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→30 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 203000 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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