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- PDB-1orq: X-ray structure of a voltage-dependent potassium channel in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1orq
タイトルX-ray structure of a voltage-dependent potassium channel in complex with an Fab
要素
  • 6E1 Fab heavy chain
  • 6E1 Fab light chain
  • potassium channel
キーワードMEMBRANE PROTEIN / potassium channel / voltage-dependent / KvAP / Fab complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of B cell activation / phagocytosis, recognition / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / early endosome to late endosome transport / positive regulation of type IIa hypersensitivity / regulation of proteolysis / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / monoatomic ion channel complex / phagocytosis, engulfment ...positive regulation of B cell activation / phagocytosis, recognition / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / early endosome to late endosome transport / positive regulation of type IIa hypersensitivity / regulation of proteolysis / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / monoatomic ion channel complex / phagocytosis, engulfment / endosome to lysosome transport / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / antigen processing and presentation / positive regulation of endocytosis / voltage-gated potassium channel activity / immunoglobulin mediated immune response / complement activation, classical pathway / positive regulation of phagocytosis / antigen binding / multivesicular body / B cell differentiation / response to bacterium / positive regulation of immune response / antibacterial humoral response / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #70 / : / : / Ion transport domain / Ion transport protein / Helix Hairpins / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set ...Helix Hairpins - #70 / : / : / Ion transport domain / Ion transport protein / Helix Hairpins / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / Immunoglobulin kappa constant / Immunoglobulin heavy constant gamma 2A / Voltage-gated potassium channel
類似検索 - 構成要素
生物種Aeropyrum pernix (古細菌)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Jiang, Y. / Lee, A. / Chen, J. / Ruta, V. / Cadene, M. / Chait, B.T. / MacKinnon, R.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2003
タイトル: X-ray structure of a voltage-dependent K+ channel
著者: Jiang, Y. / Lee, A. / Chen, J. / Ruta, V. / Cadene, M. / Chait, B.T. / MacKinnon, R.
履歴
登録2003年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6E1 Fab light chain
B: 6E1 Fab heavy chain
C: potassium channel
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,60316
ポリマ－71,5813
非ポリマー1,02113
水1086
1
A: 6E1 Fab light chain
B: 6E1 Fab heavy chain
C: potassium channel
ヘテロ分子

A: 6E1 Fab light chain
B: 6E1 Fab heavy chain
C: potassium channel
ヘテロ分子

A: 6E1 Fab light chain
B: 6E1 Fab heavy chain
C: potassium channel
ヘテロ分子

A: 6E1 Fab light chain
B: 6E1 Fab heavy chain
C: potassium channel
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)290,41164
ポリマ－286,32512
非ポリマー4,08652
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,-y,z1
crystal symmetry operation3_645-y+1,x-1,z1
crystal symmetry operation4_665y+1,-x+1,z1
Buried area41530 Å2
ΔGint-456 kcal/mol
Surface area117430 Å2
手法PISA, PQS
2
A: 6E1 Fab light chain
B: 6E1 Fab heavy chain
C: potassium channel
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)580,822128
ポリマ－572,65024
非ポリマー8,172104
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,-y,z1
crystal symmetry operation3_645-y+1,x-1,z1
crystal symmetry operation4_665y+1,-x+1,z1
crystal symmetry operation5_755-x+2,y,-z1
crystal symmetry operation6_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation7_645y+1,x-1,-z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z1
Buried area86560 Å2
ΔGint-962 kcal/mol
Surface area231790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)189.439, 189.439, 150.479
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-216-

CD

21C-1-

K

31C-2-

K

41C-3-

K

51C-4-

K

61C-5-

K

71C-6-

K

詳細The channel functions as tetramer. The remainder of the biological assembly is generated by the four fold axis: -x -y z, -y x z, y -x z.

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質 potassium channel


分子量: 24271.910 Da / 分子数: 1 / Fragment: KvAP / Mutation: Y46C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aeropyrum pernix (古細菌) / プラスミド: pQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9YDF8

-
抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: 抗体 6E1 Fab light chain


分子量: 23527.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: mouse hybridoma / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01837
#2: 抗体 6E1 Fab heavy chain


分子量: 23781.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: mouse hybridoma / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01865

-
非ポリマー , 3種, 19分子

#4: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#5: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: PEG400, Cadmium chloride, Sodium acetate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
130 mMbeta-octylglucoside1drop
220 mMTris1drop
3100 mM1dropKCl
410 mg/mlprotein1drop
516-20 %PEG4001reservoiror PEGmme350
6150-200 mM1reservoirCdCl2
7100 mMsodium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.937 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.937 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→30 Å / Num. all: 22626 / Num. obs: 22476 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 22501 / Rsym value: 0.424 / % possible all: 95.2
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Rmerge(I) obs: 0.08
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.2 % / Rmerge(I) obs: 0.424 / Mean I/σ(I) obs: 2.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb code 1BAF

1baf


解像度: 3.2→29.95 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.298 1150 5.1 %RANDOM
Rwork0.253 ---
all0.253 22826 --
obs0.253 22476 98.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 26.7975 Å2 / ksol: 0.252452 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 73.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.81 Å20 Å20 Å2
2---2.81 Å20 Å2
3---5.63 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.49 Å / Luzzati sigma a free: 0.89 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→29.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5040 0 13 6 5059
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.87
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.383 176 5 %
Rwork0.339 3329 -
obs--93.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAM
ソフトウェア
*PLUS
バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5.1 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 73.4 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.87
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.383 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.339

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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