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- PDB-1orf: The Oligomeric Structure of Human Granzyme A Reveals the Molecula... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1orf
タイトルThe Oligomeric Structure of Human Granzyme A Reveals the Molecular Determinants of Substrate Specificity
要素Granzyme A
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


granzyme A / negative regulation of endodeoxyribonuclease activity / cytotoxic T cell pyroptotic cell death / granzyme-mediated programmed cell death signaling pathway / negative regulation of oxidoreductase activity / negative regulation of DNA binding / pyroptotic inflammatory response / immunological synapse / proteolysis involved in protein catabolic process / protein maturation ...granzyme A / negative regulation of endodeoxyribonuclease activity / cytotoxic T cell pyroptotic cell death / granzyme-mediated programmed cell death signaling pathway / negative regulation of oxidoreductase activity / negative regulation of DNA binding / pyroptotic inflammatory response / immunological synapse / proteolysis involved in protein catabolic process / protein maturation / response to bacterium / killing of cells of another organism / immune response / positive regulation of apoptotic process / serine-type endopeptidase activity / apoptotic process / protein homodimerization activity / extracellular space / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases ...Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-Phe-Pro-Arg-CH2Cl / Chem-0G6 / Granzyme A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Bell, J.K. / Goetz, D.H. / Mahrus, S. / Harris, J.L. / Fletterick, R.J. / Craik, C.S.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2003
タイトル: The oligomeric structure of human granzyme A is a determinant of its extended substrate specificity.
著者: Bell, J.K. / Goetz, D.H. / Mahrus, S. / Harris, J.L. / Fletterick, R.J. / Craik, C.S.
履歴
登録2003年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.32013年2月27日Group: Other
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.62024年3月13日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_entity_src_syn / Item: _entity.details
改定 1.72024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Granzyme A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4203
ポリマ－25,8701
非ポリマー5502
水2,306128
1
A: Granzyme A
ヘテロ分子

A: Granzyme A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,8406
ポリマ－51,7402
非ポリマー1,1004
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area1600 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area20550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.034, 145.022, 39.555
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細The biological assembly is a dimer generated by the two fold axis: -x, y, 1/2-z

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要素

#1: タンパク質 Granzyme A / Cytotoxic T-lymphocyte proteinase 1 / Hanukkah factor / H factor / HF / Granzyme 1 / CTL tryptase / ...Cytotoxic T-lymphocyte proteinase 1 / Hanukkah factor / H factor / HF / Granzyme 1 / CTL tryptase / Fragmentin 1


分子量: 25870.066 Da / 分子数: 1 / 変異: N170E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GZMA / プラスミド: pPicZalphaA / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X33 / 参照: UniProt: P12544, granzyme A
#2: 化合物 ChemComp-0G6 / D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide / PPACK


タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 453.986 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H34ClN6O3 / 詳細: solid phase peptide synthesis / 参照: D-Phe-Pro-Arg-CH2Cl
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細THE INHIBITOR IS COVALENTLY CONNECTED TO ACTIVE_SITE RESIDUES: 1) VIA A HEMIKETAL GROUP TO OG SER A ...THE INHIBITOR IS COVALENTLY CONNECTED TO ACTIVE_SITE RESIDUES: 1) VIA A HEMIKETAL GROUP TO OG SER A 195, 2) VIA A METHYLENE GROUP TO NE2 HIS A 57.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.78 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Tris pH 8.5, PEG 4000, lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 17 ℃ / pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
150 mMMES1droppH6.0
250 mM1dropNaCl
310 mg/mlprotein1drop
42.9 mMD-Phe-Pro-Arg-CMK1drop
50.1 MTris1reservoirpH8.5
60.2 mM1reservoirLi2SO4
713-18 %(v/v)PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年6月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. all: 13319 / Num. obs: 12664 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / % possible all: 94.3
反射
*PLUS
Num. obs: 13373 / % possible obs: 99 % / Num. measured all: 175040 / Rmerge(I) obs: 0.103
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 94 % / Rmerge(I) obs: 0.417 / Mean I/σ(I) obs: 2.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DST

1dst


解像度: 2.4→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 6.903 / SU ML: 0.158 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.295 / ESU R Free: 0.223 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23245 660 5 %RANDOM
Rwork0.19137 ---
all0.19339 13319 --
obs0.19137 12664 99.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.985 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.98 Å20 Å20 Å2
2--2.91 Å20 Å2
3----0.93 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.223 Å0.295 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1774 0 35 128 1937
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0211856
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5431.9712514
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3455234
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2282
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021372
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.2832
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1370.2142
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.40.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1410.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7131.51164
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3921882
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0393691
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4334.5629
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.461 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.331 46
Rwork0.242 873
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.232 / Rfactor Rwork: 0.191
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.544

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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