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- PDB-1oqw: Full-Length PAK Pilin from Pseudomonas aeruginosa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1oqw
タイトルFull-Length PAK Pilin from Pseudomonas aeruginosa
要素Fimbrial protein
キーワードCELL ADHESION / Type IV pilin / fiber-forming protein / adhesion / Pseudomonas aerugionosa / PAK pilin
機能・相同性
機能・相同性情報


type IV pilus / type IV pilus-dependent motility / cell adhesion / membrane
類似検索 - 分子機能
Glycoprotein, Type 4 Pilin / Glycoprotein, Type 4 Pilin / Fimbrial protein pilin / Pilin (bacterial filament) / : / Prokaryotic N-terminal methylation site. / Prokaryotic N-terminal methylation motif / Prokaryotic N-terminal methylation site / Pilin-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Craig, L. / Arvai, A.S. / Forest, K.T. / Tainer, J.A.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2003
タイトル: Type IV Pilin Structure and Assembly: X-Ray and EM Analyses of Vibrio cholerae Toxin-Coregulated Pilus and Pseudomonas aeruginosa PAK Pilin
著者: Craig, L. / Taylor, R.K. / Pique, M.E. / Adair, B.A. / Arvai, A.S. / Singh, M. / Lloyd, S.J. / Shin, D.S. / Getzoff, E.D. / Yeager, M. / Forest, K.T. / Tainer, J.A.
履歴
登録2003年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fimbrial protein
B: Fimbrial protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0422
ポリマ－30,0422
非ポリマー00
水5,080282
1
A: Fimbrial protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0211
ポリマ－15,0211
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Fimbrial protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0211
ポリマ－15,0211
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)147.015, 44.422, 73.782
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.82, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細thousands of pilin subunits assemble to form a long thin filament ~8 nm in diameter and several microns in length

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要素

#1: タンパク質 Fimbrial protein / Pilin / Strain PAK


分子量: 15021.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: K / 参照: UniProt: P02973
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 15% MPD, 35% PEG 4000, 100 mM sodium citrate, 2.5 mM MnCl2, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
115 mg/mlprotein1drop
215 %MPD1reservoir
335 %PEG40001reservoir
4100 mMsodium citrate1reservoirpH5.6
52.5 mM1reservoirMnCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年6月28日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. all: 29079 / Num. obs: 28468 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3.7 / 冗長度: 3.24 % / Biso Wilson estimate: 33.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.28 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 2875 / % possible all: 83.6
反射
*PLUS
Num. obs: 29308 / Num. measured all: 324152
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 83.6 % / Rmerge(I) obs: 0.329

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DZO.pdb

1dzo


解像度: 2→30 Å / 交差検証法: used throughout refinement / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 1322 -random
Rwork0.223 ---
all0.219 29079 --
obs0.225 27307 93.9 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.86 Å20 Å21.12 Å2
2---1.062 Å20 Å2
3----3.798 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2110 0 0 282 2392
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
LS精密化 シェル解像度: 2→2.3 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.28 42
Rwork0.28 -
obs-772
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_bond_d / Dev ideal: 0.007

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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