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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1oqr | ||||||
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タイトル | Crystal structure of C73S mutant of putidaredoxin, a [2Fe-2S] ferredoxin from Pseudomonas putida, at 1.65A resolution | ||||||
![]() | Putidaredoxin | ||||||
![]() | ELECTRON TRANSPORT / electron transfer | ||||||
機能・相同性 | ![]() P450-containing electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sevrioukova, I.F. / Garcia, C. / Li, H. / Bhaskar, B. / Poulos, T.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of putidaredoxin, the [2Fe-2S] component of the P450cam monooxygenase system from Pseudomonas putida 著者: Sevrioukova, I.F. / Garcia, C. / Li, H. / Bhaskar, B. / Poulos, T.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 74.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 55.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11412.846 Da / 分子数: 3 / 変異: C73S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.53 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.9 詳細: lithium sulfate, sodium citrate, dithiothreitol, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年12月18日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Yale mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→50 Å / Num. all: 181573 / Num. obs: 180222 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 19.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 6.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.618 / Mean I/σ(I) obs: 1.88 / Num. unique all: 1996 / Rsym value: 0.618 / % possible all: 97.8 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.67 Å / Num. obs: 39004 / % possible obs: 96.7 % / Rmerge(I) obs: 0.055 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: putidaredoxin C73S/C85S mutant, PDB ID code 1OQQ 解像度: 1.65→27.65 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -3
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 34.0092 Å2 / ksol: 0.400588 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→27.65 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.65→1.71 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.67 Å / % reflection Rfree: 5 % | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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