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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1oq1 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Protein of Unknown Function with Galectin-like Fold from Bacillus subtilis | ||||||
要素 | Protein yesU | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Singleton / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | Protein of unknown function DUF1961 / Domain of unknown function (DUF1961) / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta / ACETIC ACID / Uncharacterized protein YesU 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, Y. / Lezondra, L. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of the Bacillus subtilis Hypothetical Protein APC1120 著者: Kim, Y. / Lezondra, L. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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Remark 300 | BIOMOLECULE: 1, 2, 3, 4 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF ...BIOMOLECULE: 1, 2, 3, 4 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 CHAINS. THE BIOLOGICAL MOLECULE MAY BE A DIMER OR TETRAMER. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1oq1.cif.gz | 207.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1oq1.ent.gz | 173.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1oq1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1oq1_validation.pdf.gz | 474.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1oq1_full_validation.pdf.gz | 483.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1oq1_validation.xml.gz | 44.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1oq1_validation.cif.gz | 66.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/1oq1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/1oq1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25888.197 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O31524 #2: 化合物 | ChemComp-ACY / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: Ammonium Acetate, BisTris, PEG10000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97945 Å |
検出器 | タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月6日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97945 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→46.21 Å / Num. all: 88537 / Num. obs: 88537 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 8.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.23 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 51.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→46.21 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 403841.08 / Data cutoff high rms absF: 403841.08 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.0314 Å2 / ksol: 0.385499 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→46.21 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.78 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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