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万見
- PDB-1opo: THE STRUCTURE OF CARNATION MOTTLE VIRUS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1opo
タイトルTHE STRUCTURE OF CARNATION MOTTLE VIRUS
要素Coat protein
キーワードVIRUS / PLANT VIRUS / CARMOVIRUS / VIRUS/VIRAL PROTEIN / TOMATO BUSHY STUNT VIRUS / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


T=3 icosahedral viral capsid / structural molecule activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Carmovirus coat protein / Coat protein, C-terminal, Carmoviral / Carmovirus coat protein / Plant viruses icosahedral capsid proteins 'S' region signature. / Icosahedral viral capsid protein, S domain / Viral coat protein (S domain) / Jelly Rolls - #20 / Viral coat protein subunit / Jelly Rolls / Immunoglobulin-like ...Carmovirus coat protein / Coat protein, C-terminal, Carmoviral / Carmovirus coat protein / Plant viruses icosahedral capsid proteins 'S' region signature. / Icosahedral viral capsid protein, S domain / Viral coat protein (S domain) / Jelly Rolls - #20 / Viral coat protein subunit / Jelly Rolls / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Carnation mottle virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Morgunova, E. / Dauter, Z. / Fry, E. / Stuart, D. / Stel'mashchuk, V. / Mikhailov, A.M. / Wilson, K.S. / Vainshtein, B.K.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 1994
タイトル: The atomic structure of Carnation Mottle Virus capsid protein
著者: Morgunova, E. / Dauter, Z. / Fry, E. / Stuart, D. / Stel'mashchuk, V. / Mikhailov, A.M. / Wilson, K.S. / Vainshtein, B.K.
履歴
登録2003年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,8197
ポリマ－113,4913
非ポリマー3284
水00
1
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,829,135420
ポリマ－6,809,439180
非ポリマー19,696240
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 569 kDa, 15 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)569,09535
ポリマ－567,45315
非ポリマー1,64120
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 683 kDa, 18 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)682,91442
ポリマ－680,94418
非ポリマー1,97024
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
ヘテロ分子
x 5


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 569 kDa, 15 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)569,09535
ポリマ－567,45315
非ポリマー1,64120
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation4
単位格子
Length a, b, c (Å)382.6, 382.6, 382.6
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number197
Space group name H-MI23
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(1), (1), (1)
2generate(0.5, -0.80901699, 0.30901699), (0.80901699, 0.30901699, -0.5), (0.30901699, 0.5, 0.80901699)
3generate(-0.30901699, -0.5, 0.80901699), (0.5, -0.80901699, -0.30901699), (0.80901699, 0.30901699, 0.5)
4generate(-0.30901699, 0.5, 0.80901699), (-0.5, -0.80901699, 0.30901699), (0.80901699, -0.30901699, 0.5)
5generate(0.5, 0.80901699, 0.30901699), (-0.80901699, 0.30901699, 0.5), (0.30901699, -0.5, 0.80901699)

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要素

#1: タンパク質 Coat protein


分子量: 37830.219 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Carnation mottle virus (ウイルス) / 属: Carmovirus / 参照: UniProt: P04383
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.03
詳細: 0.1M Tris-maleic (mal)/NaOH, 25% saturated ammonium sulphate, 1.7-heptandiol or PEG 300 were added to lessen the number of pellets, pH 5.03, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
10.1 MTris-HCl1drop
240-50 mg/mlvirus1drop
310 %satammonium sulfate1drop
40.1 MTris-maleic/NaOH1reservoirpH5.03
525 %satammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.96 Å
検出器タイプ: HENDRIX-LENTFER / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1990年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→6 Å / Num. all: 140483 / Num. obs: 140483 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.082
反射
*PLUS
最高解像度: 3.2 Å / 最低解像度: 6 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
GAP(Oxford)モデル構築
X-PLOR2.1精密化
GAP(OXFORD)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2TBV

2tbv


解像度: 3.2→6 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / StereochEM target val spec case: RANDOM / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
all0.183 140248 -
obs0.183 140248 -
Rfree--Random
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6114 0 16 0 6130
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.021
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg4.15
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.2 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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