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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ope | ||||||
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タイトル | Deletion mutant of SUCCINYL-COA:3-KETOACID COA TRANSFERASE FROM PIG HEART | ||||||
![]() | Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / ALPHA/BETA PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() Utilization of Ketone Bodies / 3-oxoacid CoA-transferase / cellular ketone body metabolic process / succinyl-CoA:3-oxo-acid CoA-transferase activity / ketone body catabolic process / Mitochondrial protein degradation / protein homodimerization activity / mitochondrion 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Coros, A.M. / Swenson, L. / Wolodko, W.T. / Fraser, M.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the CoA transferase from pig heart to 1.7 A resolution. 著者: Coros, A.M. / Swenson, L. / Wolodko, W.T. / Fraser, M.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 187.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 148.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 442.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 457.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 36 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 50.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a tetramer, generated by the two-fold axis: -x, y, -1-z. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 51563.152 Da / 分子数: 2 / 変異: 288-293 deletions / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-HG / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.7 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 2000, sodium/potassium phosphate, sodium azide , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年9月18日 |
放射 | モノクロメーター: GE 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→100 Å / Num. all: 36137 / Num. obs: 30903 / % possible obs: 85.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3.7 / Biso Wilson estimate: 22.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 18 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.086 / Mean I/σ(I) obs: 11.1 / % possible all: 86.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1OOY 解像度: 2.5→38.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 25.9358 Å2 / ksol: 0.334069 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→38.13 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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