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万見
- PDB-1op9: Complex of human lysozyme with camelid VHH HL6 antibody fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1op9
タイトルComplex of human lysozyme with camelid VHH HL6 antibody fragment
要素
  • HL6 camel VHH fragment
  • Lysozyme C
キーワードHYDROLASE / antigen-antibody complex / immunoglobulin / amyloid fibril formation inhibition
機能・相同性
機能・相同性情報


antimicrobial humoral response / Antimicrobial peptides / specific granule lumen / azurophil granule lumen / lysozyme / lysozyme activity / tertiary granule lumen / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...antimicrobial humoral response / Antimicrobial peptides / specific granule lumen / azurophil granule lumen / lysozyme / lysozyme activity / tertiary granule lumen / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / inflammatory response / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily ...Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Dumoulin, M. / Last, A.M. / Desmyter, A. / Decanniere, K. / Canet, D. / Larsson, G. / Spencer, A. / Archer, D.B. / Sasse, J. / Muyldermans, S. ...Dumoulin, M. / Last, A.M. / Desmyter, A. / Decanniere, K. / Canet, D. / Larsson, G. / Spencer, A. / Archer, D.B. / Sasse, J. / Muyldermans, S. / Wyns, L. / Redfield, C. / Matagne, A. / Robinson, C.V. / Dobson, C.M.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2003
タイトル: A camelid antibody fragment inhibits the formation of amyloid fibrils by human lysozyme
著者: Dumoulin, M. / Last, A.M. / Desmyter, A. / Decanniere, K. / Canet, D. / Larsson, G. / Spencer, A. / Archer, D.B. / Sasse, J. / Muyldermans, S. / Wyns, L. / Redfield, C. / Matagne, A. / ...著者: Dumoulin, M. / Last, A.M. / Desmyter, A. / Decanniere, K. / Canet, D. / Larsson, G. / Spencer, A. / Archer, D.B. / Sasse, J. / Muyldermans, S. / Wyns, L. / Redfield, C. / Matagne, A. / Robinson, C.V. / Dobson, C.M.
履歴
登録2003年3月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE No dbref was given for protein molecule A since this immunoglobulin heavy chain has ...SEQUENCE No dbref was given for protein molecule A since this immunoglobulin heavy chain has variable region see GB entry GI:7263678

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HL6 camel VHH fragment
B: Lysozyme C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7602
ポリマ－27,7602
非ポリマー00
水3,729207
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.611, 48.226, 66.605
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.98, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 HL6 camel VHH fragment


分子量: 13039.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C


分子量: 14720.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LYZ OR LZM / 発現宿主: Aspergillus niger (黒麹菌) / 参照: UniProt: P61626, lysozyme
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 20 % W/V PEG4000, 0.2M imidazole malate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
10.2 mMprotein1drop
220 %(w/v)PEG40001reservoir
30.2 Mimidazole-malate1reservoirpH6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年3月1日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→30 Å / Num. all: 20351 / Num. obs: 20015 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 17.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 1.86→1.93 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.229 / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / Num. unique all: 1857 / % possible all: 89

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: antibody: 1jto lysozyme: 133l

1jto

133l


解像度: 1.86→31 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.238 1055 random
Rwork0.196 --
all0.197 20351 -
obs0.197 19296 -
原子変位パラメータBiso mean: 16.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1958 0 0 207 2165
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.023
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.02

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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