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万見
- PDB-1ooa: CRYSTAL STRUCTURE OF NF-kB(p50)2 COMPLEXED TO A HIGH-AFFINITY RNA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ooa
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF NF-kB(p50)2 COMPLEXED TO A HIGH-AFFINITY RNA APTAMER
要素
  • Nuclear factor NF-kappa-B p105 subunit
  • RNA aptamer
キーワードTRANSCRIPTION/RNA / protein-RNA complex / transcription factor NF-kB / TRANSCRIPTION-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulated proteolysis of p75NTR / I-kappaB/NF-kappaB complex / negative regulation of vitamin D biosynthetic process / Interleukin-1 processing / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / TRAF6 mediated NF-kB activation / positive regulation of hyaluronan biosynthetic process / NF-kB is activated and signals survival ...Regulated proteolysis of p75NTR / I-kappaB/NF-kappaB complex / negative regulation of vitamin D biosynthetic process / Interleukin-1 processing / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / TRAF6 mediated NF-kB activation / positive regulation of hyaluronan biosynthetic process / NF-kB is activated and signals survival / PKMTs methylate histone lysines / Activation of NF-kappaB in B cells / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / mammary gland involution / FCERI mediated NF-kB activation / CLEC7A (Dectin-1) signaling / Interleukin-1 signaling / antibacterial innate immune response / Downstream TCR signaling / cellular response to interleukin-17 / NF-kappaB p50/p65 complex / CD209 (DC-SIGN) signaling / positive regulation of lipid storage / negative regulation of interleukin-12 production / cellular response to interleukin-6 / cellular response to dsRNA / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / actinin binding / non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of miRNA metabolic process / signal transduction involved in regulation of gene expression / negative regulation of cytokine production / cellular response to cytokine stimulus / cellular response to angiotensin / positive regulation of cholesterol efflux / canonical NF-kappaB signal transduction / lymph node development / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / JNK cascade / response to muscle stretch / Neutrophil degranulation / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / B cell receptor signaling pathway / transcription coregulator activity / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / cellular response to mechanical stimulus / cellular response to virus / cellular response to nicotine / negative regulation of inflammatory response / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / cellular response to tumor necrosis factor / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / MAPK cascade / cellular response to lipopolysaccharide / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / gene expression / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / chromatin binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / mitochondrion / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Nuclear factor NF-kappa-B, p105 subunit / : / NF-kappa-B/Dorsal / Rel homology domain, conserved site / NFkappaB IPT domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain signature. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / Rel homology DNA-binding domain ...Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Nuclear factor NF-kappa-B, p105 subunit / : / NF-kappa-B/Dorsal / Rel homology domain, conserved site / NFkappaB IPT domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain signature. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / Rel homology DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain profile. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain superfamily / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / ig-like, plexins, transcription factors / IPT domain / p53-like transcription factor, DNA-binding / Death-like domain superfamily / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Nuclear factor NF-kappa-B p105 subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Huang, D.B. / Vu, D. / Cassiday, L.A. / Zimmerman, J.M. / Maher III, L.J. / Ghosh, G.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of NF-kappaB (p50)2 complexed to a high-affinity RNA aptamer.
著者: Huang, D.B. / Vu, D. / Cassiday, L.A. / Zimmerman, J.M. / Maher III, L.J. / Ghosh, G.
履歴
登録2003年3月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: RNA aptamer
D: RNA aptamer
A: Nuclear factor NF-kappa-B p105 subunit
B: Nuclear factor NF-kappa-B p105 subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,9634
ポリマ－91,9634
非ポリマー00
水5,296294
1
C: RNA aptamer
A: Nuclear factor NF-kappa-B p105 subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9812
ポリマ－45,9812
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: RNA aptamer
B: Nuclear factor NF-kappa-B p105 subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9812
ポリマ－45,9812
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.753, 151.059, 95.628
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.95, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: RNA鎖 RNA aptamer


分子量: 9326.555 Da / 分子数: 2 / 断片: 29-nt RNA aptamer / 由来タイプ: 合成
詳細: Synthesis of the RNA fragment from the t7 promoter in vitro transcription
#2: タンパク質 Nuclear factor NF-kappa-B p105 subunit / DNA-binding factor KBF1 / EBP- 1 / NF-kappa-B1 p84/NF-kappa-B1 p98 / [Contains: Nuclear factor NF- ...DNA-binding factor KBF1 / EBP- 1 / NF-kappa-B1 p84/NF-kappa-B1 p98 / [Contains: Nuclear factor NF- kappa-B p50 subunit]


分子量: 36654.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: NFKB1 / プラスミド: PET29b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P25799
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.56 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG 8000, ethylene glycol, ammonium sulfate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 800011
2ethylene glycol11
3ammonium sulfate11
結晶化
*PLUS
手法: other
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
114 %PEG80001
25 %1
350 mM1
4100 mMsodium citrate11pH6.0
50.5 %beta-octylglucoside11

-
データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射モノクロメーター: Osmic mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→30 Å / Num. obs: 37890 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 13.7 % / Biso Wilson estimate: 32.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 2.45→2.54 Å / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 99
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / % possible obs: 99 % / Num. measured all: 519385
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99 % / Rmerge(I) obs: 0.496

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NFK

1nfk


解像度: 2.45→28.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high rms absF: 224212.45 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 1990 6 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs0.208 33180 86.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40.7267 Å2 / ksol: 0.301088 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.68 Å20 Å25.09 Å2
2---4.7 Å20 Å2
3---0.02 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.43 Å0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→28.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4914 1234 0 294 6442
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.09
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.6 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 230 6 %
Rwork0.292 3592 -
obs--59.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
バージョン: 1.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Num. reflection obs: 33183 / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0065
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.25
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.09

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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