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- PDB-1oo7: DNA.RNA HYBRID DUPLEX CONTAINING A 5-PROPYNE DNA STRAND AND PURIN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1oo7
タイトルDNA.RNA HYBRID DUPLEX CONTAINING A 5-PROPYNE DNA STRAND AND PURINE-RICH RNA STRAND, NMR, 4 STRUCTURES
要素
  • 5'-D(*GP*(5PC)P*(PDU)P*(PDU)P*(5PC)P*(PDU)P*(5PC)P*(PDU)P*(PDU)P*C)-3'
  • 5'-R(*GP*AP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*GP*C)-3'
キーワードDNA-RNA HYBRID / DNA.RNA HYBRID / PURINE/PYRIMIDINE-RICH STRANDS / ANTISENSE / DNA-RNA COMPLEX
機能・相同性DNA / RNA
機能・相同性情報
手法溶液NMR / MULTIPLE STARTING CONFORMATIONS
Model type detailsminimized average
データ登録者Gyi, J.I. / Gao, D. / Conn, G.L. / Trent, J.O. / Brown, T. / Lane, A.N.
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2003
タイトル: The solution structure of a DNA*RNA duplex containing 5-propynyl U and C; comparison with 5-Me modifications
著者: Gyi, J.I. / Gao, D. / Conn, G.L. / Trent, J.O. / Brown, T. / Lane, A.N.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Solution Structures of DNA.RNA Hybrids with Purine-Rich and Pyrimidine-Rich Strands: Comparison with the Homologous DNA and RNA Duplexes
著者: Gyi, J.I. / Lane, A.N. / Conn, G.L. / Brown, T.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Comparison of the Thermodynamic Stabilities and Solution Conformations of DNA.RNA Hybrids Containing Purine-Rich and Pyrimidine-Rich Strands with DNA and RNA Duplexes
著者: Gyi, J.I. / Conn, G.L. / Lane, A.N. / Brown, T.
履歴
登録2003年3月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02021年7月28日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_poly / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.mon_nstd_flag / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(*GP*AP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*GP*C)-3'
B: 5'-D(*GP*(5PC)P*(PDU)P*(PDU)P*(5PC)P*(PDU)P*(5PC)P*(PDU)P*(PDU)P*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,4832
ポリマ－6,4832
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)4 / 4all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(*GP*AP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*GP*C)-3'


分子量: 3287.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*GP*(5PC)P*(PDU)P*(PDU)P*(5PC)P*(PDU)P*(5PC)P*(PDU)P*(PDU)P*C)-3'


分子量: 3196.194 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121COSY
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED FROM 2D HOMONUCLEAR NMR EXPERIMENTS USING UNLABELLED SAMPLE

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試料調製

詳細溶媒系: 100% D2O OR 90% H2O, 10% D2O
試料状態イオン強度: 100 mM KCL / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UNITYVarianUNITY5001
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Amber7CORNELL, W.D., ET AL.精密化
Felix95Biosym解析
NUCFITLane, A.N.データ解析
pfitConte, M.R., Bauer, C.J., Lane, A.N.データ解析
精密化手法: MULTIPLE STARTING CONFORMATIONS / ソフトェア番号: 1
詳細: DISTANCE CONSTRAINTS FOR GLYCOSIDIC TORSION ANGLES, PENTOSE PSEUDOROTATIONAL PHASE ANGLES/AMPLITUDES AND FRACTION OF SOUTH STATE SUGARS CALCULATED FROM NOE BUILD-UP CURVES AND COUPLING ...詳細: DISTANCE CONSTRAINTS FOR GLYCOSIDIC TORSION ANGLES, PENTOSE PSEUDOROTATIONAL PHASE ANGLES/AMPLITUDES AND FRACTION OF SOUTH STATE SUGARS CALCULATED FROM NOE BUILD-UP CURVES AND COUPLING CONSTANTS BY A LEAST-SQUARES/GRID SEARCH METHOD IMPLEMENTED IN NUCFIT AND PFIT (A.N. LANE, NIMR, UK). TEN DIFFERENT SETS OF UNIQUE RESTRAINTS GENERATED 10 STRUCTURES, THE AVERAGE OF WHICH SATISFIED THE EXPERIMENTALLY DERIVED FRACTION OF SOUTH STATE SUGARS BETTER THAN STRUCTURES GENERATED FROM A SINGLE SET OF RESTRAINTS. INTERNUCLEOTIDE DISTANCE CONSTRAINTS CALCULATED FROM NOE-BUILD-UP CURVES. STRUCTURES CALCULATED BY SIMULATED ANNEALING/RMD PROTOCOL WITHIN DISCOVER 95.0 USING AN AMBER FORCE FIELD AND A DISTANCE DIELECTRIC CONSTANT.
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 4 / 登録したコンフォーマーの数: 4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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