PDB-1on4: Solution structure of soluble domain of Sco1 from Bacillus Subtilis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1on4

タイトル

Solution structure of soluble domain of Sco1 from Bacillus Subtilis

要素

Sco1

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / COX assembly protein / copper protein / Sco1 from B. subtilis / thioredoxin-like fold / YPMQ / Structural Proteomics in Europe / SPINE / Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics coupled to simulated annealing, restrained energy minimization

データ登録者

Balatri, E. / Banci, L. / Bertini, I. / Cantini, F. / Ciofi-Baffoni, S. / Structural Proteomics in Europe (SPINE)

引用

ジャーナル: STRUCTURE / 年: 2003
タイトル: Solution Structure of Sco1: A Thioredoxin-like Protein Involved in Cytochrome c Oxidase Assembly
著者: Balatri, E. / Banci, L. / Bertini, I. / Cantini, F. / Ciofi-Baffoni, S.

履歴

登録	2003年2月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2003年11月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1on4.cif.gz	1.8 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1on4.ent.gz	1.5 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1on4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/1on4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/1on4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1rd4-2 3dxd-1 2a9v-1 2a9v-3 4a87-d 1rd4-4 6vcr-d 1oht-d 2nyu-1 1kmq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: CIRMMP02

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Sco1

19.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	30 / 300	target function
代表モデル

#1: タンパク質	Sco1 / Hypothetical protein ypmQ 分子量: 19856.350 Da / 分子数: 1 / 断片: soluble domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: YPMQ / プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)pLysS / 参照: UniProt: P54178

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	CBCANH
1	2	1	CBCA(CO)NH
1	3	1	HNCO
1	4	1	HN(CA)CO
1	5	1	(H)CCH-TOCSY
1	6	4	2D NOESY
1	7	2	3D 15N-separated NOESY
1	8	1	3D 13C-separated NOESY
1	9	2	HNHA
1	10	3	2D NOESY

NMR実験の詳細

Text: HNHB experiments and TOCSY 2D were also acquired

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	13C and 15N labeled sample	100mM potassium phosphate buffer and 2mM DTT, pH 7, containing 10% D2O
2	15N labeled sample	100mM potassium phosphate buffer and 2mM DTT, pH 7, containing 10% D2O
3	unlabeled sample	100mM potassium phosphate buffer and 2mM DTT, pH 7, containing 10% D2O
4	unlabeled sample	100mM potassium phosphate buffer and 2mM DTT, pH 7, contaning 90% D2O

試料状態

イオン強度: 100mM potassium phosphate / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

結晶化

*PLUS

手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	500	1
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	600	2
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	700	3
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	800	4

-
解析

NMR software

名称	バージョン	分類
XwinNMR		collection
XEASY	version 1.3	データ解析
GARANT	2	データ解析
DYANA	1.5	構造決定
CYANA	1	構造決定
Amber	5	精密化
XwinNMR		解析

精密化

手法: torsion angle dynamics coupled to simulated annealing, restrained energy minimization
ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on a total of 3492 NOE-derived distance constraints, 181 dihedral angle restraints and 88 stereospecifically assigned proton pairs

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 300 / 登録したコンフォーマーの数: 30

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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