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万見
- PDB-1omk: The Crystal Structure of d(CACG(5IU)G) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1omk
タイトルThe Crystal Structure of d(CACG(5IU)G)
要素5'-D(*CP*AP*CP*GP*(5IU)P*G)-3'
キーワードDNA / Z-DNA / 5-IODO-2'-DEOXYURIDINE
機能・相同性COBALT HEXAMMINE(III) / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Schuerman, G. / Van Hecke, K. / Van Meervelt, L.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Exploration of the influence of 5-iodo-2'-deoxyuridine incorporation on the structure of d[CACG(IDU)G].
著者: Schuerman, G. / Van Hecke, K. / Van Meervelt, L.
履歴
登録2003年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*CP*AP*CP*GP*(5IU)P*G)-3'
B: 5'-D(*CP*AP*CP*GP*(5IU)P*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,1644
ポリマ－3,8422
非ポリマー3222
水77543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)18.155, 30.034, 41.988
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*AP*CP*GP*(5IU)P*G)-3'


分子量: 1921.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: THE OLIGONUCLEOTIDE WAS SYNTHESIZED BY THE REGA-INSTITUTE KULEUVEN
#2: 化合物 ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 17.43 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: potassium cacodylate, MPD, magnesium chloride, potassium chloride, cobalt hexamine , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.0K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1potassium cacodylate11
2MPD11
3magnesium chloride11
4potassium chloride11
5cobalt hexamine11
6MPD12
7potassium cacodylate12
8magnesium chloride12
9potassium chloride12
結晶化
*PLUS
pH: 6.9 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
17.66 mg/mlprotein1drop
228.7 mMpotassium cacodylate1droppH6.9
324.5 %(v/v)MPD1drop
440 mMpotassium cacodylate1reservoirpH5.5
56 mMcobalt hexammine1reservoir
680 mM1reservoirKCl
720 mM1reservoirMgCl2
810 %(v/v)MPD1reservoir
91

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→20 Å / Num. all: 6103 / Num. obs: 5988 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 22.9 % / Biso Wilson estimate: 22.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062
反射 シェル解像度: 1.3→1.35 Å / Rmerge(I) obs: 0.165 / Num. unique all: 903 / % possible all: 98.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 137352
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.8 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
SHELXL精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NDB ENTRY ZDFB51

解像度: 1.3→20 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 4 / 詳細: The iodo atoms are refined anisotropically /
反射数%反射
all5988 -
obs5036 98.2 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 240 14 43 297
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 93 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor all: 0.167
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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