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万見
- PDB-1omh: Conjugative Relaxase TrwC in complex with OriT Dna. Metal-free st... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1omh
タイトルConjugative Relaxase TrwC in complex with OriT Dna. Metal-free structure.
要素
  • DNA OLIGONUCLEOTIDE
  • trwC protein
キーワードTRANSFERASE/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / BACTERIAL CONJUGATION / RELAXASE / DNA REPLICATION / TRANSFERASE-DNA COMPLEX
機能・相同性Conjugative relaxase, N-terminal / TrwC relaxase / TrwC relaxase / AAA domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / metal ion binding / DNA / DNA (> 10) / TrwC
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Guasch, A. / Lucas, M. / Moncalian, G. / Cabezas, M. / Perez-Luque, R. / Gomis-Ruth, F.X. / de la Cruz, F. / Coll, M.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2003
タイトル: Recognition and processing of the origin of transfer DNA by conjugative relaxase TrwC.
著者: Guasch, A. / Lucas, M. / Moncalian, G. / Cabezas, M. / Perez-Luque, R. / Gomis-Ruth, F.X. / de la Cruz, F. / Coll, M.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Two active-site tyrosyl residues of protein TrwC act sequentially at the origin of transfer during plasmid R388 conjugation
著者: Grandoso, G. / Avila, P. / Cayon, A. / Hernando, M.A. / Llosa, M. / de la Cruz, F.
#2: ジャーナル: MOL.MICROBIOL. / 年: 2002
タイトル: Bacterial conjugation: a two-step mechanism for DNA transport.
著者: Llosa, M. / Gomis-Ruth, F.X. / Coll, M. / de la Cruz, F.
履歴
登録2003年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.42024年10月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA OLIGONUCLEOTIDE
A: trwC protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0865
ポリマ－40,7972
非ポリマー2883
水4,612256
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.830, 90.830, 203.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: DNA鎖 DNA OLIGONUCLEOTIDE


分子量: 7714.970 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA FORMING A CRUCIFORM ARM
#2: タンパク質 trwC protein


分子量: 33082.414 Da / 分子数: 1 / Fragment: N-terminal relaxase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q47673
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.3 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 25% PEGMM 2000, 0.2 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M SODIUM ACETATE, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1(NH4)2(SO4)11
2(Na)(C2H3O2)11
3PEG11
4(Na)(C2H3O2)12
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
16 mg/mlprotein1drop
225 %(w/v)PEG2000 MME1reservoir
30.2 Mammonium sulfate1reservoir
40.1 Msodium acetate1reservoirpH4.6

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11101
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID14-410.9795, 0.9798, 0.9796
シンクロトロンESRF ID14-420.9333
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月8日
放射モノクロメーター: diamond / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
20.97981
30.97961
40.93331
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 64999 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 29.69 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.146
反射 シェル解像度: 1.95→50 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MLPHARE位相決定
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
SnB位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.95→50 Å / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2797 1851 random
Rwork0.2465 --
all0.2487 37090 -
obs0.2487 37051 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2226 512 15 256 3009
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.69249
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005652

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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