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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1olm | ||||||
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タイトル | Supernatant Protein Factor in Complex with RRR-alpha-Tocopherylquinone: A Link between Oxidized Vitamin E and Cholesterol Biosynthesis | ||||||
要素 | (SEC14-LIKE PROTEIN 2) x 2 | ||||||
キーワード | LIPID BINDING PROTEIN / LIPID-BINDING PROTEIN / CHOLESTEROL BIOSYNTHESIS / OXIDIZED VITAMIN E / LIPID-BINDING / TRANSPORT / TRANSCRIPTION REGULATION / ACTIVATOR | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of cholesterol biosynthetic process / vitamin E binding / phospholipid binding / positive regulation of DNA-templated transcription / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Stocker, A. / Baumann, U. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003 タイトル: Supernatant Protein Factor in Complex with Rrr-Alpha-Tocopherylquinone: A Link between Oxidized Vitamin E and Cholesterol Biosynthesis 著者: Stocker, A. / Baumann, U. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1olm.cif.gz | 262.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1olm.ent.gz | 212.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1olm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1olm_validation.pdf.gz | 459.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1olm_full_validation.pdf.gz | 482.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1olm_validation.xml.gz | 26.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1olm_validation.cif.gz | 44.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/1olm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/1olm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46208.152 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET-28 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O76054 #2: タンパク質 | | 分子量: 46236.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET-28 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O76054 #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | CARRIER PROTEIN. BINDS TO SOME HYDROPHOBIC MOLECULES AND PROMOTES THEIR TRANSFER BETWEEN THE ...CARRIER PROTEIN. BINDS TO SOME HYDROPHOBI | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.45 % |
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結晶化 | pH: 8.3 / 詳細: pH 8.30 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.97884 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年9月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97884 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.93→30 Å / Num. obs: 103050 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 14.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.93→1.98 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 71.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER / 解像度: 1.95→19.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 3.572 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.51 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→19.65 Å
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拘束条件 |
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