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万見
- PDB-1oll: Extracellular region of the human receptor NKp46 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1oll
タイトルExtracellular region of the human receptor NKp46
要素NK RECEPTOR
キーワードIMMUNE SYSTEM/RECEPTOR / NK CELL TRIGGERING RECEPTOR / IMMUNE SYSTEM / IG DOMAIN / CYTOTOXICITY / C2-TYPE IG-LIKE DOMAINS / IMMUNE SYSTEM-RECEPTOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / immune response-regulating signaling pathway / natural killer cell activation / SWI/SNF complex / cellular defense response / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / signal transduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Natural cytotoxicity triggering receptor 1 / Natural cytotoxicity triggering receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Ponassi, M. / Cantoni, C. / Biassoni, R. / Conte, R. / Spallarossa, A. / Pesce, A. / Moretta, A. / Moretta, L. / Bolognesi, M. / Bordo, D.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2003
タイトル: Structure of the Human Nk Cell Triggering Receptor Nkp46 Ectodomain
著者: Ponassi, M. / Cantoni, C. / Biassoni, R. / Conte, R. / Spallarossa, A. / Pesce, A. / Moretta, A. / Moretta, L. / Bolognesi, M. / Bordo, D.
履歴
登録2003年8月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年3月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.52023年12月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.62024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NK RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3852
ポリマ－21,3231
非ポリマー621
水2,450136
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)85.477, 85.477, 59.909
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 NK RECEPTOR / ISOFORM BNKP46 CELL RECEPTOR


分子量: 21323.410 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN, RESIDUES 25-212 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: VR1012-NKP46 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: O76016, UniProt: O76036*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化温度: 277 K / pH: 7.8
詳細: 15% PEG 8000, 100 MM HEPES PH 7.8, 20% ETHANEDIOL, AT 277 K
結晶化
*PLUS
温度: 277 K / pH: 7.8 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
1100 mMHEPES1reservoirpH7.8
215 %PEG80001reservoir
320 %(v/v)ethanediol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8431
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8431 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→40 Å / Num. obs: 18944 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 22.9
反射 シェル解像度: 1.93→1.96 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.765 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最高解像度: 1.93 Å / 最低解像度: 40 Å / % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.075
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.765 / Mean I/σ(I) obs: 2.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1G0X

1g0x


解像度: 1.93→40 Å / SU B: 3.796 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.154
詳細: SOME ATOMS HAVE BEEN REFINED WITH AN OCCUPANCY OF 0.00 DUE TO POOR ELECTRON DENSITY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 968 5 %RANDOM
Rwork0.195 ---
obs0.198 18944 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 37.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.05 Å20.53 Å20 Å2
2--1.05 Å20 Å2
3----1.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1501 0 4 136 1641
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONangle_d
X-RAY DIFFRACTIONangle_deg0.952

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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