PDB-1okr: Three-dimensional structure of S.aureus methicillin-resistance re...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1okr

タイトル

Three-dimensional structure of S.aureus methicillin-resistance regulating transcriptional repressor MecI.

要素

METHICILLIN RESISTANCE REGULATORY PROTEIN MECI

キーワード

BACTERIAL ANTIBIOTIC RESISTANCE / MECI PROTEIN / TRANSCRIPTIONAL REGULATORY ELEMENT / DNA-BINDING PROTEIN / WINGED HELIX PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Garcia-Castellanos, R. / Marrero, A. / Mallorqui-Fernandez, G. / Potempa, J. / Coll, M. / Gomis-Ruth, F.X.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Three-Dimensional Structure of Meci: Molecular Basis for Transcriptional Regulation of Staphylococcal Methicillin Resistance
著者: Garcia-Castellanos, R. / Marrero, A. / Mallorqui-Fernandez, G. / Potempa, J. / Coll, M. / Gomis-Ruth, F.X.

履歴

登録	2003年7月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2003年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年7月5日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2019年4月3日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.5	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1okr.cif.gz	64 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1okr.ent.gz	49 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1okr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1okr_validation.pdf.gz	381.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1okr_full_validation.pdf.gz	384.6 KB	表示
XML形式データ	1okr_validation.xml.gz	6.4 KB	表示
CIF形式データ	1okr_validation.cif.gz	9.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/1okr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/1okr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5jls-1 1sd7-d 1sd6-d 2yiz-d 5r69-d 6uyi-d 3slu-1 2d11-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: METHICILLIN RESISTANCE REGULATORY PROTEIN MECI

B: METHICILLIN RESISTANCE REGULATORY PROTEIN MECI

ヘテロ分子

29.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.050, 73.360, 74.680
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.882, -0.283, 0.376), (-0.136, -0.612, -0.779), (0.45, -0.739, 0.501)
ベクター: 27.0601, 83.20142, 34.8589)

#1: タンパク質	METHICILLIN RESISTANCE REGULATORY PROTEIN MECI / MECI 分子量: 14812.003 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌) 株: N315 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P26598, UniProt: P68261*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 60 % 解説: THE DATASETS ARE PART OF A 3-THREE WAVELENGTH MAD EXPERIMENT. THE WAVELENGTH OF THE NATIVE DATASET IS 0.97625 ANG. THE DATASET CONTAINS 14159 UNIQUE REFLECTIONS
結晶化	温度: 277 K / pH: 7.4 / 詳細: 20 MM TRIS-HCL PH 7.4, 0.2 M NACL AT 4 DEGREES.
結晶化	*PLUS 手法: unknown

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625,0.97915,0.97926, 0.96111

検出器

タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97625	1
2	0.97915	1
3	0.97926	1
4	0.96111	1

反射

解像度: 2.4→66.1 Å / Num. obs: 61498 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 5.6

反射シェル

解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.506 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 84.7

反射

*PLUS

最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 66.1 Å / Num. obs: 14159 / Num. measured all: 61498 / R_merge(I) obs: 0.061

反射シェル

*PLUS

% possible obs: 84.7 % / R_merge(I) obs: 0.506 / Mean I/σ(I) obs: 1.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SnB		位相決定
SOLVE		位相決定
REFMAC	5.1.24	精密化

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.4→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.895 / SU B: 9.736 / SU ML: 0.221 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.359 / ESU R Free: 0.295 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ADDITIONAL REFINEMENT WAS PERFORMED USING CNS 1.1.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.298	753	5.3 %	RANDOM
R_work	0.218	-	-	-
obs	0.222	13363	95.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.79 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.79 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.88 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2051	0	13	69	2133

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	2097
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1883
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.561	1.954	2805
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.88	3	4436
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.198	5	240
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.114	0.2	300
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2236
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	406
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.219	0.2	444
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.23	0.2	2054
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.09	0.2	1314
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.097	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.334	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.101	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.499	1.5	1206
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.122	2	1962
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.017	3	891
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.527	4.5	843
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.392	47
R_work	0.352	747

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8845	0.0457	-0.7065	1.4398	-0.2376	2.2944	0.0858	0.0446	0.0395	0.0803	-0.0635	0.0754	-0.4695	-0.2594	-0.0222	0.2283	0.0398	-0.0352	0.2718	0.0246	0.2948	3.4248	35.1611	35.752
2	5.0089	9.1693	5.0683	12.1366	4.0739	7.4213	-0.3795	-0.5339	-0.1125	0.8107	0.1997	0.491	-0.7228	0.2548	0.1797	0.3954	0.0934	-0.0385	0.3654	0.1463	0.1493	4.4004	43.5151	10.9188
3	1.693	-0.8983	0.0905	1.3157	0.2017	0.9079	0.0081	0.0796	0.0312	-0.1788	0.1439	-0.1079	-0.0927	0.1656	-0.152	0.2882	0.0002	0.0549	0.2585	-0.0076	0.2599	27.5011	32.7647	28.3474
4	11.9799	0.8873	-3.9269	11.7276	-10.1368	35.2006	0.1442	-0.1498	0.4468	0.3092	0.695	-0.3942	-0.9931	1.3631	-0.8392	0.2484	-0.0016	0.027	0.3296	0.2802	0.2838	14.3864	49.0605	10.9806
5	-79.5496	32.7986	53.2868	-11.2005	-21.6223	-33.3035	-0.3027	0.5583	2.7754	0.7666	0.7791	-1.2063	-0.2133	0.0105	-0.4765	0.2977	-0.0019	0.0025	0.2976	0.001	0.2942	14.1586	36.1059	26.7793
6	-0.4245	-0.1139	-0.0664	0.3115	-0.2174	0.2419	0.0679	-0.0544	0.0896	-0.1109	0.0422	-0.0253	0.0631	-0.029	-0.1101	0.2588	0.0185	0.0191	0.3369	0.0057	0.2941	16.9942	30.2639	29.2349

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 108
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	109 - 123
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 108
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	109 - 122
5	X-RAY DIFFRACTION	5	W	201 - 202
6	X-RAY DIFFRACTION	6	W	203 - 271

精密化

*PLUS

最低解像度: 50 Å

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.018
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.56

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関連情報:EMDBヘッダ

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