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- PDB-1ojd: HUMAN MONOAMINE OXIDASE B IN COMPLEX WITH Lauryldimethylamine-N-o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ojd
タイトルHUMAN MONOAMINE OXIDASE B IN COMPLEX WITH Lauryldimethylamine-N-oxide (LDAO)
要素AMINE OXIDASE [FLAVIN-CONTAINING] B
キーワードOXIDOREDUCTASE / FAD-CONTAINING AMINE OXIDASE / MAOB
機能・相同性
機能・相同性情報


Biogenic amines are oxidatively deaminated to aldehydes by MAOA and MAOB / monoamine oxidase / monoamine oxidase activity / phenylethylamine catabolic process / positive regulation of dopamine metabolic process / negative regulation of serotonin secretion / response to aluminum ion / primary-amine oxidase / primary methylamine oxidase activity / dopamine catabolic process ...Biogenic amines are oxidatively deaminated to aldehydes by MAOA and MAOB / monoamine oxidase / monoamine oxidase activity / phenylethylamine catabolic process / positive regulation of dopamine metabolic process / negative regulation of serotonin secretion / response to aluminum ion / primary-amine oxidase / primary methylamine oxidase activity / dopamine catabolic process / response to selenium ion / mitochondrial envelope / hydrogen peroxide biosynthetic process / response to corticosterone / substantia nigra development / response to toxic substance / flavin adenine dinucleotide binding / response to lipopolysaccharide / response to ethanol / mitochondrial outer membrane / electron transfer activity / response to xenobiotic stimulus / neuronal cell body / dendrite / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor, domain 1 / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor; domain 1 / : / Flavin amine oxidase / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 - #10 / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain ...Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor, domain 1 / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor; domain 1 / : / Flavin amine oxidase / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 - #10 / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Amine oxidase [flavin-containing] B
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Binda, C. / Edmondson, D.E. / Mattevi, A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003
タイトル: Insights Into the Mode of Inhibition of Human Mitochondrial Monoamine Oxidase B from High-Resolution Crystal Structures
著者: Binda, C. / Li, M. / Hubalek, F. / Restelli, N. / Edmondson, D.E. / Mattevi, A.
履歴
登録2003年7月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: AMINE OXIDASE [FLAVIN-CONTAINING] B
B: AMINE OXIDASE [FLAVIN-CONTAINING] B
C: AMINE OXIDASE [FLAVIN-CONTAINING] B
D: AMINE OXIDASE [FLAVIN-CONTAINING] B
E: AMINE OXIDASE [FLAVIN-CONTAINING] B
F: AMINE OXIDASE [FLAVIN-CONTAINING] B
G: AMINE OXIDASE [FLAVIN-CONTAINING] B
H: AMINE OXIDASE [FLAVIN-CONTAINING] B
I: AMINE OXIDASE [FLAVIN-CONTAINING] B
L: AMINE OXIDASE [FLAVIN-CONTAINING] B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)598,52730
ポリマ－588,37710
非ポリマー10,15020
水00
1
A: AMINE OXIDASE [FLAVIN-CONTAINING] B
B: AMINE OXIDASE [FLAVIN-CONTAINING] B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,7056
ポリマ－117,6752
非ポリマー2,0304
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
C: AMINE OXIDASE [FLAVIN-CONTAINING] B
D: AMINE OXIDASE [FLAVIN-CONTAINING] B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,7056
ポリマ－117,6752
非ポリマー2,0304
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
E: AMINE OXIDASE [FLAVIN-CONTAINING] B
F: AMINE OXIDASE [FLAVIN-CONTAINING] B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,7056
ポリマ－117,6752
非ポリマー2,0304
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
G: AMINE OXIDASE [FLAVIN-CONTAINING] B
H: AMINE OXIDASE [FLAVIN-CONTAINING] B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,7056
ポリマ－117,6752
非ポリマー2,0304
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
5
I: AMINE OXIDASE [FLAVIN-CONTAINING] B
L: AMINE OXIDASE [FLAVIN-CONTAINING] B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,7056
ポリマ－117,6752
非ポリマー2,0304
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)108.405, 132.431, 154.838
Angle α, β, γ (deg.)90.14, 90.45, 114.02
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.98619, -0.07844, 0.14584), (-0.07081, -0.59637, -0.79958), (0.1497, -0.79887, 0.58258)0.42503, -6.89186, -3.41873
2given(0.99489, 0.00721, 0.1007), (0.01354, -0.99796, -0.06231), (0.10005, 0.06336, -0.99296)-7.99658, 30.27496, 90.06601
3given(-0.96758, -0.15855, 0.19661), (0.0485, 0.64731, 0.76068), (-0.24787, 0.74555, -0.61864)-7.90396, 37.35556, 92.98945
4given(-0.02234, -0.39684, 0.91762), (-0.40219, -0.83673, -0.37165), (0.91528, -0.37736, -0.14091)74.33958, 10.70917, 40.91425
5given(0.18776, -0.49866, 0.84622), (0.40343, 0.82467, 0.39644), (-0.89554, 0.26695, 0.35602)73.89708, 17.59059, 44.38742
6given(0.33959, 0.41194, -0.84557), (-0.46187, 0.85617, 0.23162), (0.81936, 0.31189, 0.48101)-13.83994, 78.36705, 4.11747
7given(-0.48765, 0.39828, -0.7769), (0.43345, -0.662, -0.61145), (-0.75784, -0.63492, 0.15019)-13.62854, 71.46387, 0.79099
8given(-0.61241, 0.30915, -0.72758), (-0.38109, 0.69091, 0.61434), (0.69262, 0.6535, -0.30531)32.62793, 79.47947, 91.5071
9given(0.4699, 0.4369, -0.76702), (0.40775, -0.8781, -0.25037), (-0.7829, -0.1951, -0.59076)32.68354, 72.37494, 88.56023

-
要素

#1: タンパク質
AMINE OXIDASE [FLAVIN-CONTAINING] B / MONOAMINE OXIDASE / MAO-B


分子量: 58837.730 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: PICHIA PASTORIS (菌類) / 参照: UniProt: P27338, monoamine oxidase
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド


分子量: 229.402 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
構成要素の詳細FUNCTION: CATALYZES THE OXIDATIVE DEAMINATION OF AMINES CATALYTIC ACTIVITY: RCH2NH2 + H2O + O2 = ...FUNCTION: CATALYZES THE OXIDATIVE DEAMINATION OF AMINES CATALYTIC ACTIVITY: RCH2NH2 + H2O + O2 = RCHO + NH3 + H2O2
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.50
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
112 %(w/v)PEG40001reservoir
270 mMlithium sulfate1reservoir
3100 mMADA1reservoirpH6.5
42 mg/mlprotein1drop
58.5 mMZwittergent3-121drop
625 mMpotassium phosphate1droppH7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→40 Å / Num. obs: 140447 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 3.9
反射 シェル解像度: 3.1→3.27 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.201 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 97.8
反射
*PLUS
最高解像度: 3.1 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.088
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.8 % / Rmerge(I) obs: 0.201

-
解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GOS

1gos


解像度: 3.1→40 Å / SU B: 20.461 / SU ML: 0.366 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.443
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26041 1408 1 %RANDOM
Rwork0.25221 ---
obs0.25232 139001 98.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 40.203 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.5 Å2-1.09 Å2-1.55 Å2
2---4.36 Å2-1.55 Å2
3----2.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数39529 0 690 0 40219
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.26 / Rfactor Rwork: 0.252
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONangle_d
X-RAY DIFFRACTIONangle_deg1.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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