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万見
- PDB-1oid: 5'-Nucleotidase (E. coli) with an Engineered Disulfide Bridge (S2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1oid
タイトル5'-Nucleotidase (E. coli) with an Engineered Disulfide Bridge (S228C, P513C)
要素PROTEIN USHA
キーワードHYDROLASE / METALLOPROTEIN / DOMAIN MOVEMENT / DISULFIDE ENGINEERING / UDP-SUGAR HYDROLASE / CONFORMATIONAL TRAPPING
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-sugar diphosphatase / UDP-sugar diphosphatase activity / nucleotide catabolic process / : / 5'-nucleotidase / 5'-nucleotidase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
5'-nucleotidase signature 1. / 5'-nucleotidase; domain 2 / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase, conserved site / 5'-nucleotidase signature 2. / 5'-Nucleotidase, C-terminal / 5'-nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase/apyrase / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain superfamily / Metallo-dependent phosphatases ...5'-nucleotidase signature 1. / 5'-nucleotidase; domain 2 / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase, conserved site / 5'-nucleotidase signature 2. / 5'-Nucleotidase, C-terminal / 5'-nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase/apyrase / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain superfamily / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Protein UshA
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Schultz-Heienbrok, R. / Maier, T. / Straeter, N.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2004
タイトル: Trapping a 96 Degree Domain Rotation in Two Distinct Conformations by Engineered Disulfide Bridges
著者: Schultz-Heienbrok, R. / Maier, T. / Straeter, N.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: E. Coli 5'-Nucleotidase Undergoes a Hinge-Bending Domain Rotation Resembling a Ball-and-Socket Motion
著者: Knoefel, T. / Straeter, N.
#2: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: X-Ray Structure of the Escherichia Coli Periplasmic 5'-Nucleotidase Containing a Dimetal Catalytic Site
著者: Knoefel, T. / Straeter, N.
履歴
登録2003年6月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN USHA
B: PROTEIN USHA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,5743
ポリマ－118,5152
非ポリマー591
水13,439746
1
A: PROTEIN USHA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,3162
ポリマ－59,2581
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: PROTEIN USHA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,2581
ポリマ－59,2581
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)80.496, 93.708, 82.901
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.71, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.999, -0.018, 0.04), (-0.037, 0.845, -0.533), (-0.024, -0.534, -0.845)
ベクター: 3.96666, -0.33696, -1.55155)

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN USHA / 5-NUCLEOTIDASE


分子量: 59257.703 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
解説: DISULFIDE CROSSLINK BETWEEN N- AND C-TERMINAL DOMAINS
プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566
参照: UniProt: P07024, 5'-nucleotidase, UDP-sugar diphosphatase
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 746 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUES CHAINS A, B CYS 228 SER, CYS 513 PRO CATALYTIC ACTIVITY: UDP-SUGAR + H(2)O = ...ENGINEERED RESIDUES CHAINS A, B CYS 228 SER, CYS 513 PRO CATALYTIC ACTIVITY: UDP-SUGAR + H(2)O = UMP + SUGAR 1- PHOSPHATE.
Has protein modificationY
配列の詳細ADDITIONAL GLU AND 6X HIS AT C-TERMINUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.3 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: 26% PEG 400, 100 MM CACODYLATE PH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.54179
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年3月15日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 194970 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.78 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.17 Å / 冗長度: 2.35 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 2.08 / % possible all: 90.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
MOLREP位相決定
REFMAC5.1.19精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HP1

1hp1


解像度: 2.1→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 3.927 / SU ML: 0.106 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.192 / ESU R Free: 0.17 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 3557 5.1 %RANDOM
Rwork0.166 ---
obs0.169 66489 98.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.66 Å20 Å20.02 Å2
2---1.47 Å20 Å2
3---0.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8173 0 1 746 8920
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0290.0218350
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.027408
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.171.95311298
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.105317349
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.12951046
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.150.21208
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.029408
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0180.021601
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2330.21813
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2580.28760
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0920.24807
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2320.2648
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2480.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2770.2116
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3550.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3561.55191
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.27728333
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.57633159
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.5664.52965
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.272 246
Rwork0.187 4409
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1713-0.0286-0.07310.26670.06490.2772-0.00510.0015-0.00070.00480.0023-0.0017-0.01310.01590.00280.1693-0.0032-0.0020.1469-0.00280.1538164.1651-186.35373.0726
21.36470.17980.14690.64730.01930.1111-0.14090.00210.1764-0.09980.06680.33540.0727-0.0740.07410.0915-0.0272-0.03140.15630.01920.3159130.9891-194.3594.4345
30.2253-0.07540.0080.2078-0.25360.6798-0.0035-0.0141-0.0096-0.0054-0.0204-0.0064-0.03640.02480.02390.154-0.00480.00680.1650.01360.1363176.2435-196.8023
41.53390.41090.1414.7849-1.25010.024-0.05120.0059-0.11290.2708-0.479-1.1513-0.03830.2130.53030.0157-0.0193-0.07320.26570.2680.4719208.9844-203.1952
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A26 - 340
2X-RAY DIFFRACTION2A360 - 550
3X-RAY DIFFRACTION3B26 - 340
4X-RAY DIFFRACTION4B360 - 550

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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