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- PDB-5h04: Crystal structure of an ADP-ribosylating toxin BECa of a novel bi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h04
タイトルCrystal structure of an ADP-ribosylating toxin BECa of a novel binary enterotoxin of C. perfringens with NADH
要素Binary enterotoxin of Clostridium perfringens component a
キーワードTOXIN / ADP-ribosyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Binary exotoxin A, clostridial type / Toxin ADP-ribosyltransferase; Chain A, domain 1 / Toxin ADP-ribosyltransferase; Chain A, domain 1 / ADP ribosyltransferase / ADP-ribosyltransferase exoenzyme / Toxin-related mono-ADP-ribosyltransferase (TR mART) core domain profile. / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / Binary enterotoxin of Clostridium perfringens component a
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.825 Å
データ登録者Kawahara, K. / Yonogi, S. / Munetomo, R. / Oki, H. / Yoshida, T. / Ohkubo, T. / Kumeda, Y. / Matsuda, S. / Kodama, T. / Iida, T. / Nakamura, S.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of the ADP-ribosylating component of BEC, the binary enterotoxin of Clostridium perfringens.
著者: Kawahara, K. / Yonogi, S. / Munetomo, R. / Oki, H. / Yoshida, T. / Kumeda, Y. / Matsuda, S. / Kodama, T. / Ohkubo, T. / Iida, T. / Nakamura, S.
履歴
登録2016年10月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月9日Group: Database references
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Binary enterotoxin of Clostridium perfringens component a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1932
ポリマ－47,5271
非ポリマー6651
水9,602533
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1150 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area19590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.337, 102.815, 125.033
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-896-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Binary enterotoxin of Clostridium perfringens component a / BECa


分子量: 47527.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: X5I2D7
#2: 化合物 ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 533 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.8
詳細: 100 mM Tris-HCl, 450 mM Magunesium chloride, 23% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→50 Å / Num. obs: 40199 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 22.71 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/av σ(I): 53.345 / Net I/σ(I): 19.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
1.82-1.857.30.3770.9671100
1.85-1.896.60.3570.959199.8
1.89-1.926.30.2940.9511100
1.92-1.967.20.2750.9841100
1.96-27.30.2240.9841100
2-2.057.40.2050.9831100
2.05-2.17.40.1750.9891100
2.1-2.167.40.1550.9891100
2.16-2.226.20.1450.986199.3
2.22-2.295.80.1290.989199.7
2.29-2.377.40.1170.9921100
2.37-2.477.40.1060.9941100
2.47-2.587.40.0940.9951100
2.58-2.727.40.0870.9951100
2.72-2.897.40.0780.9961100
2.89-3.117.40.0730.9961100
3.11-3.437.40.0620.9971100
3.43-3.926.30.0550.997199.3
3.92-4.947.20.0480.9981100
4.94-506.80.0480.996198.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5H03

5h03


解像度: 1.825→30.651 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2177 1932 4.95 %
Rwork0.1789 --
obs0.1808 39027 95.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 82.95 Å2 / Biso mean: 31.8991 Å2 / Biso min: 12.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.825→30.651 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3349 0 44 533 3926
Biso mean--29.86 38.5 -
残基数----419
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073457
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8274681
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053523
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005594
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.8331294
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.825-1.87070.24221150.21442244235982
1.8707-1.92120.32251270.23322397252488
1.9212-1.97780.25551260.21592485261191
1.9778-2.04160.25981370.19542637277497
2.0416-2.11450.23211380.19862679281798
2.1145-2.19920.23331420.19012693283598
2.1992-2.29920.27081340.21332519265393
2.2992-2.42040.23911410.18742729287099
2.4204-2.5720.25621410.187627362877100
2.572-2.77040.21261440.19927572901100
2.7704-3.0490.24461450.18927622907100
3.049-3.48970.21561450.170427742919100
3.4897-4.39460.18751470.14872795294299
4.3946-30.65570.16251500.15892888303899

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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