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万見
- PDB-1oi8: 5'-Nucleotidase (E. coli) with an Engineered Disulfide Bridge (P9... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1oi8
タイトル5'-Nucleotidase (E. coli) with an Engineered Disulfide Bridge (P90C, L424C)
要素PROTEIN USHA
キーワードHYDROLASE / METALLOPROTEIN / DOMAIN MOVEMENT / DISULFIDE ENGINEERING / UDP-SUGAR HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-sugar diphosphatase / UDP-sugar diphosphatase activity / nucleotide catabolic process / 5'-nucleotidase / 5'-nucleotidase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
5'-nucleotidase; domain 2 / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain / 5'-nucleotidase signature 1. / 5'-Nucleotidase, conserved site / 5'-nucleotidase signature 2. / 5'-Nucleotidase, C-terminal / 5'-nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase/apyrase / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain superfamily / Metallo-dependent phosphatases ...5'-nucleotidase; domain 2 / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain / 5'-nucleotidase signature 1. / 5'-Nucleotidase, conserved site / 5'-nucleotidase signature 2. / 5'-Nucleotidase, C-terminal / 5'-nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase/apyrase / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain superfamily / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBONATE ION / : / Protein UshA
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Schultz-Heienbrok, R. / Maier, T. / Straeter, N.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2004
タイトル: Trapping a 96 Degree Domain Rotation in Two Distinct Conformations by Engineered Disulfide Bridges
著者: Schultz-Heienbrok, R. / Maier, T. / Straeter, N.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: E. Coli 5'-Nucleotidase Undergoes a Hinge-Bending Domain Rotation Resembling a Ball-and-Socket Motion
著者: Knoefel, T. / Straeter, N.
#2: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: X-Ray Structure of the Escherichia Coli Periplasmic 5'-Nucleotidase Containing a Dimetal Catalytic Site
著者: Knoefel, T. / Straeter, N.
履歴
登録2003年6月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN USHA
B: PROTEIN USHA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,99510
ポリマ－118,4632
非ポリマー5328
水16,502916
1
A: PROTEIN USHA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,4985
ポリマ－59,2321
非ポリマー2664
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: PROTEIN USHA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,4985
ポリマ－59,2321
非ポリマー2664
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)97.689, 97.689, 312.051
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.99757, 0.06973, 0.00119), (-0.06973, 0.9971, 0.0305), (0.00094, -0.03051, 0.99953)
ベクター: -51.37434, 51.03961, 0.65184)

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN USHA / 5-NUCLEOTIDASE


分子量: 59231.625 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
解説: DISULFIDE CROSSLINK BETWEEN N- AND C-TERMINAL DOMAINS
プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566
参照: UniProt: P07024, 5'-nucleotidase, UDP-sugar diphosphatase
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CO3 / CARBONATE ION


分子量: 60.009 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 916 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUES CHAINS A, B PRO 90 CYS, LEU 424 CYS
Has protein modificationY
配列の詳細ADDITIONAL GLU AND 6X HIS AT C-TERMINUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.4 %
結晶化pH: 8
詳細: 1.8 M LI2SO4, 100MM TRIS, 1MM MNCL, 10 MM BETAINE, 10% 2-METHYL-2,4-PENTANDIOLE, pH 8.00

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8453
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年11月15日 / 詳細: MIRRORS, TRIANGULAR MONOCHROMATOR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8453 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 89316 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.267 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / % possible all: 95.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
BEAST位相決定
REFMAC5.1.19精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HO5

1ho5


解像度: 2.1→19.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 3.674 / SU ML: 0.098 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DENSITY AROUND WATER MOLECULES 921 AND 922 COULD ALSO BE EXPLAINED BY OTHER REAGENTS PRESENT IN THE CRYSTALLISATION BUFFER.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.205 4255 5 %RANDOM
Rwork0.156 ---
obs0.159 80645 95.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å20 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8194 0 22 916 9132
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0218386
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.027410
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7431.95311346
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.922317356
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.58151048
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.21208
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.029448
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0120.021608
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.21736
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2520.28845
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.24922
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2010.2744
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1810.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2910.2135
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2390.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.971.55208
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.75428350
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.93333178
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7094.52996
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.246 312
Rwork0.191 5849
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2277-0.19340.00780.34050.10050.12070.04110.05530.0113-0.0047-0.0335-0.02310.01370.0029-0.00760.04240.0384-0.00530.0694-0.00240.040863.328816.993920.2982
20.1204-0.09180.00420.37560.14640.14620.02350.06460.0168-0.0556-0.0646-0.0069-0.05660.01980.0410.04340.0057-0.0110.0640.02830.066755.726947.944625.2279
30.2526-0.12550.17220.196-0.02070.45050.0110.01290.0091-0.0177-0.0143-0.00840.07420.05420.00320.06570.05750.00980.05020.0080.038113.308263.51420.3524
4-0.0666-0.04910.03770.28950.13010.4461-0.00450.0311-0.0152-0.0513-0.02450.0021-0.11630.07910.0290.0542-0.0202-0.00770.06860.01820.05617.387996.17324.4382
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A26 - 340
2X-RAY DIFFRACTION2A360 - 550
3X-RAY DIFFRACTION3B26 - 340
4X-RAY DIFFRACTION4B360 - 550

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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