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万見
- PDB-1oi1: Crystal Structure of the MBT domains of Human SCML2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1oi1
タイトルCrystal Structure of the MBT domains of Human SCML2
要素SCML2 PROTEIN
キーワードMBT / SCML2
機能・相同性
機能・相同性情報


PcG protein complex / anatomical structure morphogenesis / histone binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Polycomb group protein, RNA binding region / RNA binding Region / : / SLED domain / SLED domain superfamily / SLED domain / Mbt repeat / MBT repeat profile. / Present in Drosophila Scm, l(3)mbt, and vertebrate SCML2 / : ...Polycomb group protein, RNA binding region / RNA binding Region / : / SLED domain / SLED domain superfamily / SLED domain / Mbt repeat / MBT repeat profile. / Present in Drosophila Scm, l(3)mbt, and vertebrate SCML2 / : / mbt repeat / SAM domain (Sterile alpha motif) / SH3 type barrels. - #140 / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Sex comb on midleg-like protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Sathyamurthy, A. / Allen, M.D. / Murzin, A.G. / Bycroft, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Crystal Structure of the Malignant Brain Tumor (Mbt) Repeats in Sex Comb on Midleg-Like 2 (Scml2).
著者: Sathyamurthy, A. / Allen, M.D. / Murzin, A.G. / Bycroft, M.
履歴
登録2003年6月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SCML2 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7572
ポリマ－24,6511
非ポリマー1061
水5,549308
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)118.762, 47.696, 41.493
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.29, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 SCML2 PROTEIN


分子量: 24650.818 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 24-243 MBT DOMAIN / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 解説: CDNA SUBCLONED / プラスミド: PRSETA / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q9UQR0
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 308 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CHAIN A ENGINEERED MUTATION LYS147GLU THIS MUTATION IS NEEDED FOR STABILITY
配列の詳細N-TERMINAL G NEEDED FOR CLONING

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化pH: 8
詳細: 0.1 M TRIS, PH 8.0, 50MM MAGNESIUM CHLORIDE, 15.6% PEG4000 PEG200 (20%) - AS CRYOPROTECTANT
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
112 mg/mlprotein1drop
210 mMTris1droppH7.5
35 mMdithiothreitol1drop
4100 mMTris1reservoirpH8.0
515.6 %PEG40001reservoir
650 mM1reservoirMgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.5417
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5417 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→31.01 Å / Num. obs: 21472 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル解像度: 1.78→1.88 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.243 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / % possible all: 94.7
反射
*PLUS
最高解像度: 1.78 Å / 最低解像度: 31.01 Å / 冗長度: 5.5 % / Num. measured all: 117212 / Rmerge(I) obs: 0.071
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 94.7 % / 冗長度: 5.2 % / Num. unique obs: 3022 / Num. measured obs: 15686 / Rmerge(I) obs: 0.243 / Mean I/σ(I) obs: 6.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE/RESOLVE位相決定
CNS位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.78→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.204 1077 5 %RANDOM
Rwork0.171 ---
obs0.171 20369 97.13 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.31 Å20 Å20 Å2
2--1.748 Å20 Å2
3----2.058 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.78→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1630 0 7 308 1945
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0044
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.304
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.78→1.81 Å / Total num. of bins used: 21 /
Rfactor反射数
Rfree0.26 56
Rwork0.209 915
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2PROTEIN_BREAK.TOP
精密化
*PLUS
Num. reflection all: 21446
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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