PDB-1ohy: 4-AMINOBUTYRATE-AMINOTRANSFERASE inactivated by gamma-ethynyl GABA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ohy

タイトル

4-AMINOBUTYRATE-AMINOTRANSFERASE inactivated by gamma-ethynyl GABA

要素

4-AMINOBUTYRATE AMINOTRANSFERASE

キーワード

TRANSFERASE / PLP-DEPENDENT ENZYME / AMINOTRANSFERASE / 4- AMINOBUTYRIC ACID / ANTIEPILEPTIC DRUG TARGET / VIGABATRIN PYRIDOXAL PHOSPHATE / NEUROTRANSMITTER DEGRADATION / MITOCHONDRION / TRANSIT PEPTIDE

機能・相同性

機能・相同性情報

4-aminobutyrate transaminase complex / succinate-semialdehyde dehydrogenase binding / (S)-3-amino-2-methylpropionate transaminase activity / Degradation of GABA / (S)-3-amino-2-methylpropionate transaminase / 4-aminobutyrate-2-oxoglutarate transaminase / 4-aminobutyrate:2-oxoglutarate transaminase activity / gamma-aminobutyric acid catabolic process / nervous system process / 2 iron, 2 sulfur cluster binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

SUS SCROFA (ブタ)

手法

X線回折 / OTHER / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Storici, P. / Schirmer, T.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Structures of {Gamma}-Aminobutyric Acid (Gaba) Aminotransferase, a Pyridoxal 5'-Phosphate, and [2Fe-2S] Cluster-Containing Enzyme, Complexed with {Gamma}-Ethynyl-Gaba and with the ...
著者: Storici, P. / De Biase, D. / Bossa, F. / Bruno, S. / Mozzarelli, A. / Peneff, C. / Silverman, R. / Schirmer, T.

履歴

登録	2003年6月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2003年10月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2025年4月9日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ohy.cif.gz	343.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ohy.ent.gz	276.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ohy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/1ohy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/1ohy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ohvC 1ohwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4zsw-1 4y0i-1 1ohv-1 1ohw-1 1ohw-2 4zsy-2 4y0d-2 4y0i-2 6b6g-1 1ohv-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (1) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #36 - 2002年12月シトクロムc (Cytochrome c) 類似性 (1) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

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#117 - 2009年9月
キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase)
類似性 (1)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
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複合体I (Complex I)
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ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
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クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
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シトクロムc (Cytochrome c)
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シトクロムp450 (Cytochrome p450)
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#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: 4-AMINOBUTYRATE AMINOTRANSFERASE

B: 4-AMINOBUTYRATE AMINOTRANSFERASE

C: 4-AMINOBUTYRATE AMINOTRANSFERASE

D: 4-AMINOBUTYRATE AMINOTRANSFERASE

ヘテロ分子

215 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 4-AMINOBUTYRATE AMINOTRANSFERASE

B: 4-AMINOBUTYRATE AMINOTRANSFERASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
108 kDa, 2 ポリマー
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2

C: 4-AMINOBUTYRATE AMINOTRANSFERASE

D: 4-AMINOBUTYRATE AMINOTRANSFERASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
108 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	69.020, 225.881, 70.349
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.51, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	TYR	TYR	THR	THR	A	A	13 - 20	13 - 20
2	1	TYR	TYR	THR	THR	B	B	13 - 20	13 - 20
3	1	TYR	TYR	THR	THR	C	C	13 - 20	13 - 20
4	1	TYR	TYR	THR	THR	D	D	13 - 20	13 - 20
1	2	VAL	VAL	GLN	GLN	A	A	22 - 33	22 - 33
2	2	VAL	VAL	GLN	GLN	B	B	22 - 33	22 - 33
3	2	VAL	VAL	GLN	GLN	C	C	22 - 33	22 - 33
4	2	VAL	VAL	GLN	GLN	D	D	22 - 33	22 - 33
1	3	GLN	GLN	GLU	GLU	A	A	38 - 51	38 - 51
2	3	GLN	GLN	GLU	GLU	B	B	38 - 51	38 - 51
3	3	GLN	GLN	GLU	GLU	C	C	38 - 51	38 - 51
4	3	GLN	GLN	GLU	GLU	D	D	38 - 51	38 - 51
1	4	ASN	ASN	MET	MET	A	A	55 - 133	55 - 133
2	4	ASN	ASN	MET	MET	B	B	55 - 133	55 - 133
3	4	ASN	ASN	MET	MET	C	C	55 - 133	55 - 133
4	4	ASN	ASN	MET	MET	D	D	55 - 133	55 - 133
1	5	ASN	ASN	TRP	TRP	A	A	140 - 150	140 - 150
2	5	ASN	ASN	TRP	TRP	B	B	140 - 150	140 - 150
3	5	ASN	ASN	TRP	TRP	C	C	140 - 150	140 - 150
4	5	ASN	ASN	TRP	TRP	D	D	140 - 150	140 - 150
1	6	SER	SER	PHE	PHE	A	A	162 - 220	162 - 220
2	6	SER	SER	PHE	PHE	B	B	162 - 220	162 - 220
3	6	SER	SER	PHE	PHE	C	C	162 - 220	162 - 220
4	6	SER	SER	PHE	PHE	D	D	162 - 220	162 - 220
1	7	PHE	PHE	LEU	LEU	A	A	230 - 450	230 - 450
2	7	PHE	PHE	LEU	LEU	B	B	230 - 450	230 - 450
3	7	PHE	PHE	LEU	LEU	C	C	230 - 450	230 - 450
4	7	PHE	PHE	LEU	LEU	D	D	230 - 450	230 - 450

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.4209, 0.9067, -0.0277), (0.9068, 0.4199, -0.0365), (-0.0215, -0.0405, -0.9989)	27.1663, -15.6312, 59.5189
2	given	(0.2282, 0.4667, 0.8545), (-0.9628, -0.0223, 0.2693), (0.1448, -0.8841, 0.4442)	0.9499, 61.2467, 51.5983
3	given	(0.3109, 0.3716, -0.8748), (0.3802, -0.8922, -0.2439), (-0.8711, -0.2567, -0.4187)	50.6042, 51.6075, 95.9305

#1: タンパク質	4-AMINOBUTYRATE AMINOTRANSFERASE / MITOCHONDRIAL PRECURSOR / GAMMA-AMINO-N-BUTYRATE TRANSAMINASE / GABA TRANSAMINASE / GABA ...MITOCHONDRIAL PRECURSOR / GAMMA-AMINO-N-BUTYRATE TRANSAMINASE / GABA TRANSAMINASE / GABA AMINOTRANSFERASE / GABA-AT / GABA-T / ABAT / GABAT 分子量: 53368.996 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然詳細: AFTER REACTION WITH 4-AMINO-5-HEXYNOIC ACID (GEG)(GAMMA-ETHYNYL GABA) THE FRAGMENT GEG HAS BEEN GENERATED WHICH IS COVALENTLY ATTACHED VIA A DOUBLE BOND TO C4A OF PLP AND VIA A SINGLE BOND TO ...詳細: AFTER REACTION WITH 4-AMINO-5-HEXYNOIC ACID (GEG)(GAMMA-ETHYNYL GABA) THE FRAGMENT GEG HAS BEEN GENERATED WHICH IS COVALENTLY ATTACHED VIA A DOUBLE BOND TO C4A OF PLP AND VIA A SINGLE BOND TO NZ OF THE ACTIVE SITE LYS 329 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER 参照: UniProt: P80147, 4-aminobutyrate-2-oxoglutarate transaminase
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#3: 化合物	ChemComp-GEG / (4E)-4-AMINOHEX-4-ENOIC ACID 分子量: 129.157 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₁NO₂
#4: 化合物	ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER 分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₂S₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 284 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	CATALYTIC ACTIVITY: 4-AMINOBUTANOATE + 2-OXOGLUTARATE = SUCCINATE SEMIALDEHYDE + L-GLUTAMATE.
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 39 %

結晶化

pH: 5.7 / 詳細: pH 5.70

結晶化

*PLUS

pH: 5.4 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	10-14 mg/ml	protein	1	drop
2	40 mM	sodium acetate	1	drop	pH5.4
3	16-18 %	PEG4000	1	reservoir
4	0-10 %	glycerol	1	reservoir
5	50 mM	sodium cacodylate	1	reservoir	pH6.0
6	1 mM	dithiothreitol	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 42804 / % possible obs: 85.7 % / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 6.6199
反射シェル	解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 2.47 % / R_merge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 2.44 / % possible all: 78.9
反射	PLUS 最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. obs: 42802 / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs*: 0.098

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
CCP4		位相決定

精密化

構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.8→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.912 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.884 / SU B: 16.41 / SU ML: 0.307 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.417 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.229	2079	4.9 %	RANDOM
R_work	0.198	-	-	-
obs	-	40293	84.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 9.8 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.46 Å²	0 Å²	-2.12 Å²
2-	-	-0.84 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.96 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14403	0	104	284	14791

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.021	14872
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.018	0.02	13317
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.345	1.956	20115
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.454	3	30948
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.931	5	1841
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	2157
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	16599
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.016	0.02	3090
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.219	0.2	4000
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.268	0.2	16700
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.092	0.2	8616
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.159	0.2	531
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.342	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.357	0.2	80
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.321	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.019	1.5	9210
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.038	2	14808
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.1	3	5662
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.135	4.5	5306
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 6044 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	tight positional	0.02	0.1
2	B	tight positional	0.03	0.1
3	C	tight positional	0.02	0.1
4	D	tight positional	0.03	0.1
1	A	tight thermal	0.04	4
2	B	tight thermal	0.03	4
3	C	tight thermal	0.04	4
4	D	tight thermal	0.04	4

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.341	112
R_work	0.274	2384

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8635	-0.1803	0.093	1.5149	0.1086	1.269	-0.0421	-0.0102	-0.114	0.1182	-0.0253	0.21	0.1229	-0.0972	0.0674	0.1512	0.052	0.0401	0.098	-0.0553	0.1238	5.668	3.534	21.259
2	0.7049	-0.0404	0.3627	1.0393	0.4683	1.423	0.0002	-0.1288	-0.0941	0.3969	0.055	-0.0515	0.3892	0.2786	-0.0552	0.3785	0.1378	-0.0037	0.2046	-0.0316	0.1479	26.843	-9.498	37.377
3	0.9478	-0.1215	0.2397	0.9906	0.0375	1.0154	0.0209	0.1466	0.038	-0.1269	-0.025	0.0867	-0.115	-0.0063	0.0041	0.0506	-0.0208	0.0039	0.0655	0.0135	0.0384	22.013	61.142	58.271
4	1.3599	-0.2349	0.2241	0.4083	-0.0193	0.7492	-0.0028	-0.0661	-0.0486	0.0543	0.0135	0.0212	0.0531	0.0385	-0.0107	0.0139	-0.0036	0.0182	0.0163	0.0001	0.0254	34.568	45.313	80.023

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	11 - 471
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	11 - 471
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	11 - 471
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	11 - 471

精密化

*PLUS

最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 30 Å / % reflection R_free: 5 %

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.012
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.4

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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