PDB-1ohw: 4-AMINOBUTYRATE-AMINOTRANSFERASE inactivated by gamma-vinyl GABA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ohw

タイトル

4-AMINOBUTYRATE-AMINOTRANSFERASE inactivated by gamma-vinyl GABA

要素

4-AMINOBUTYRATE AMINOTRANSFERASE

キーワード

TRANSFERASE / PLP-DEPENDENT ENZYME / AMINOTRANSFERASE / 4- AMINOBUTYRIC ACID / ANTIEPILEPTIC DRUG TARGET / VIGABATRIN PYRIDOXAL PHOSPHATE / NEUROTRANSMITTER DEGRADATION / MITOCHONDRION / TRANSIT PEPTIDE

機能・相同性

機能・相同性情報

4-aminobutyrate transaminase complex / succinate-semialdehyde dehydrogenase binding / Degradation of GABA / (S)-3-amino-2-methylpropionate transaminase activity / (S)-3-amino-2-methylpropionate transaminase / 4-aminobutyrate-2-oxoglutarate transaminase / 4-aminobutyrate:2-oxoglutarate transaminase activity / gamma-aminobutyric acid catabolic process / nervous system process / 2 iron, 2 sulfur cluster binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

SUS SCROFA (ブタ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Storici, P. / Schirmer, T.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Structures of {Gamma}-Aminobutyric Acid (Gaba) Aminotransferase, a Pyridoxal 5'-Phosphate, and [2Fe-2S] Cluster-Containing Enzyme, Complexed with {Gamma}-Ethynyl-Gaba and with the ...
著者: Storici, P. / De Biase, D. / Bossa, F. / Bruno, S. / Mozzarelli, A. / Peneff, C. / Silverman, R. / Schirmer, T.

履歴

登録	2003年6月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2003年10月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2025年4月9日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ohw.cif.gz	368.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ohw.ent.gz	297.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ohw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1ohw_validation.pdf.gz	486.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1ohw_full_validation.pdf.gz	504.1 KB	表示
XML形式データ	1ohw_validation.xml.gz	81.2 KB	表示
CIF形式データ	1ohw_validation.cif.gz	106.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/1ohw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/1ohw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ohvC 1ohyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ohy-1 4zsw-1 1ohv-1 4zsy-2 3dod-d 4y0i-1 4y0i-2 1n95-d 4zsw-2 4gto-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (1) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #36 - 2002年12月シトクロムc (Cytochrome c) 類似性 (1) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

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キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase)
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#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
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複合体I (Complex I)
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ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
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クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
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シトクロムc (Cytochrome c)
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シトクロムp450 (Cytochrome p450)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: 4-AMINOBUTYRATE AMINOTRANSFERASE

B: 4-AMINOBUTYRATE AMINOTRANSFERASE

C: 4-AMINOBUTYRATE AMINOTRANSFERASE

D: 4-AMINOBUTYRATE AMINOTRANSFERASE

ヘテロ分子

215 kDa, 4 ポリマー
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1

A: 4-AMINOBUTYRATE AMINOTRANSFERASE

B: 4-AMINOBUTYRATE AMINOTRANSFERASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
108 kDa, 2 ポリマー
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2

C: 4-AMINOBUTYRATE AMINOTRANSFERASE

D: 4-AMINOBUTYRATE AMINOTRANSFERASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
108 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	69.660, 226.712, 71.366
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.77, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	TYR	TYR	THR	THR	A	A	13 - 20	13 - 20
2	1	TYR	TYR	THR	THR	B	B	13 - 20	13 - 20
3	1	TYR	TYR	THR	THR	C	C	13 - 20	13 - 20
4	1	TYR	TYR	THR	THR	D	D	13 - 20	13 - 20
1	2	VAL	VAL	GLN	GLN	A	A	22 - 33	22 - 33
2	2	VAL	VAL	GLN	GLN	B	B	22 - 33	22 - 33
3	2	VAL	VAL	GLN	GLN	C	C	22 - 33	22 - 33
4	2	VAL	VAL	GLN	GLN	D	D	22 - 33	22 - 33
1	3	GLN	GLN	GLU	GLU	A	A	38 - 51	38 - 51
2	3	GLN	GLN	GLU	GLU	B	B	38 - 51	38 - 51
3	3	GLN	GLN	GLU	GLU	C	C	38 - 51	38 - 51
4	3	GLN	GLN	GLU	GLU	D	D	38 - 51	38 - 51
1	4	ASN	ASN	MET	MET	A	A	55 - 133	55 - 133
2	4	ASN	ASN	MET	MET	B	B	55 - 133	55 - 133
3	4	ASN	ASN	MET	MET	C	C	55 - 133	55 - 133
4	4	ASN	ASN	MET	MET	D	D	55 - 133	55 - 133
1	5	ASN	ASN	TRP	TRP	A	A	140 - 150	140 - 150
2	5	ASN	ASN	TRP	TRP	B	B	140 - 150	140 - 150
3	5	ASN	ASN	TRP	TRP	C	C	140 - 150	140 - 150
4	5	ASN	ASN	TRP	TRP	D	D	140 - 150	140 - 150
1	6	SER	SER	PHE	PHE	A	A	162 - 220	162 - 220
2	6	SER	SER	PHE	PHE	B	B	162 - 220	162 - 220
3	6	SER	SER	PHE	PHE	C	C	162 - 220	162 - 220
4	6	SER	SER	PHE	PHE	D	D	162 - 220	162 - 220
1	7	LYS	LYS	SER	SER	A	A	224 - 328	224 - 328
2	7	LYS	LYS	SER	SER	B	B	224 - 328	224 - 328
3	7	LYS	LYS	SER	SER	C	C	224 - 328	224 - 328
4	7	LYS	LYS	SER	SER	D	D	224 - 328	224 - 328
1	8	GLU	GLU	LEU	LEU	A	A	340 - 450	340 - 450
2	8	GLU	GLU	LEU	LEU	B	B	340 - 450	340 - 450
3	8	GLU	GLU	LEU	LEU	C	C	340 - 450	340 - 450
4	8	GLU	GLU	LEU	LEU	D	D	340 - 450	340 - 450

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.421, 0.9066, -0.0278), (0.9068, 0.42, -0.0365), (-0.0214, -0.0406, -0.9989)	27.1736, -15.6296, 59.5179
2	given	(0.2282, 0.4668, 0.8544), (-0.9628, -0.0224, 0.2693), (0.1449, -0.8841, 0.4443)	0.9494, 61.245, 51.5929
3	given	(0.311, 0.3717, -0.8747), (0.3801, -0.8922, -0.244), (-0.8711, -0.2566, -0.4187)	50.6045, 51.6099, 95.9318

#1: タンパク質	4-AMINOBUTYRATE AMINOTRANSFERASE / MITOCHONDRIAL PRECURSOR / GAMMA-AMINO-N-BUTYRATE TRANSAMINASE / GABA TRANSAMINASE / GABA ...MITOCHONDRIAL PRECURSOR / GAMMA-AMINO-N-BUTYRATE TRANSAMINASE / GABA TRANSAMINASE / GABA AMINOTRANSFERASE / GABA-AT / GABA-T / ABAT / GABAT 分子量: 53368.996 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然詳細: AFTER REACTION WITH 4-AMINO-5-HEXENOIC ACID (GAMMA-VINYL GABA, VIGABATRIN) THE FRAGMENT VIG HAS BEEN GENERATED WHICH IS COVALENTLY ATTACHED VIA A DOUBLE BOND TO C4A OF PLP AND VIA A SINGLE ...詳細: AFTER REACTION WITH 4-AMINO-5-HEXENOIC ACID (GAMMA-VINYL GABA, VIGABATRIN) THE FRAGMENT VIG HAS BEEN GENERATED WHICH IS COVALENTLY ATTACHED VIA A DOUBLE BOND TO C4A OF PLP AND VIA A SINGLE BOND TO NZ OF THE ACTIVE SITE LYS 329 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER 参照: UniProt: P80147, 4-aminobutyrate-2-oxoglutarate transaminase
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#3: 化合物	ChemComp-VIG / 4-AMINO HEXANOIC ACID 分子量: 131.173 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₂
#4: 化合物	ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER 分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₂S₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 716 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	CATALYTIC ACTIVITY: 4-AMINOBUTANOATE + 2-OXOGLUTARATE = SUCCINATE SEMIALDEHYDE + L-GLUTAMATE.
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.79 %

結晶化

pH: 5.7 / 詳細: pH 5.70

結晶化

*PLUS

pH: 5.4 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	10-14 mg/ml	protein	1	drop
2	40 mM	sodium acetate	1	drop	pH5.4
3	16-18 %	PEG4000	1	reservoir
4	0-10 %	glycerol	1	reservoir
5	50 mM	sodium cacodylate	1	reservoir	pH6.0
6	1 mM	dithiothreitol	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 0.984
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 88767 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 2.22 % / R_merge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 6.6779
反射シェル	解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 2.18 % / R_merge(I) obs: 0.16 / Mean I/σ(I) obs: 4.14 / % possible all: 96.7
反射	PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 30 Å / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs*: 0.073

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
CCP4		位相決定

精密化

構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.3→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / SU B: 6.423 / SU ML: 0.155 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.36 / ESU R Free: 0.217 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.215	4412	5 %	RANDOM
R_work	0.188	-	-	-
obs	0.19	84308	95.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.66 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.97 Å²	0 Å²	-1.47 Å²
2-	-	-0.5 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14403	0	104	716	15223

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.021	14872
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	13318
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.157	1.955	20105
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.847	3	30961
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.549	5	1840
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	2160
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	16563
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.018	0.02	3090
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.198	0.2	3085
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.24	0.2	14966
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	7696
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	714
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.404	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.34	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.318	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.243	1.5	9204
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.433	2	14800
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.863	3	5668
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.29	4.5	5305
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 5972 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	tight positional	0.06	0.05
2	B	tight positional	0.06	0.05
3	C	tight positional	0.06	0.05
4	D	tight positional	0.05	0.05
1	A	tight thermal	0.05	0.5
2	B	tight thermal	0.05	0.5
3	C	tight thermal	0.06	0.5
4	D	tight thermal	0.06	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.28	330
R_work	0.226	6174

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6925	-0.132	0.1492	1.0509	-0.1059	0.9614	-0.0238	-0.0044	-0.0312	0.0323	-0.0097	0.1354	0.0395	-0.0511	0.0335	0.0617	0.0429	-0.0009	0.0495	-0.0426	0.0891	5.668	3.534	21.259
2	0.65	0.0972	0.4093	0.8478	0.2733	1.2385	0.0338	-0.0532	-0.0553	0.1866	0.0072	-0.0767	0.214	0.1229	-0.041	0.1737	0.0844	-0.0214	0.0868	-0.0269	0.0831	26.843	-9.498	37.377
3	1.014	-0.3831	0.1474	0.9283	-0.0565	0.8022	0.0606	0.2054	-0.0244	-0.1178	-0.0756	0.09	-0.082	-0.0007	0.015	0.0402	-0.0072	-0.0071	0.0724	-0.0131	0.0548	22.013	61.142	58.271
4	1.1979	-0.3776	0.1086	0.5563	-0.0283	0.6425	0.0199	-0.0459	-0.0845	0.0328	-0.002	-0.0075	0.0365	0.0202	-0.0179	0.0235	-0.015	-0.0005	0.0141	-0.0124	0.0487	34.568	45.313	80.023

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	11 - 471
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	11 - 471
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	11 - 471
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	11 - 471

精密化

*PLUS

最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 30 Å / % reflection R_free: 5 % / R_factor R_free: 0.224 / R_factor R_work: 0.194

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.01
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.2

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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