PDB-1ohv: 4-AMINOBUTYRATE-AMINOTRANSFERASE FROM PIG

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ohv

タイトル

4-AMINOBUTYRATE-AMINOTRANSFERASE FROM PIG

要素

4-AMINOBUTYRATE AMINOTRANSFERASE

キーワード

TRANSFERASE / PLP-DEPENDENT ENZYME / AMINOTRANSFERASE / 4- AMINOBUTYRIC ACID / ANTIEPILEPTIC DRUG TARGET

機能・相同性

機能・相同性情報

4-aminobutyrate transaminase complex / succinate-semialdehyde dehydrogenase binding / Degradation of GABA / (S)-3-amino-2-methylpropionate:2-oxoglutarate transaminase activity / (S)-3-amino-2-methylpropionate transaminase / 4-aminobutyrate-2-oxoglutarate transaminase / 4-aminobutyrate:2-oxoglutarate transaminase activity / GABA catabolic process / nervous system process / 2 iron, 2 sulfur cluster binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

SUS SCROFA (ブタ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Storici, P. / Schirmer, T.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Structures of {Gamma}-Aminobutyric Acid (Gaba) Aminotransferase, a Pyridoxal 5'-Phosphate, and [2Fe-2S] Cluster-Containing Enzyme, Complexed with {Gamma}-Ethynyl-Gaba and with the ...
著者: Storici, P. / De Biase, D. / Bossa, F. / Bruno, S. / Mozzarelli, A. / Peneff, C. / Silverman, R. / Schirmer, T.

履歴

登録	2003年6月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え	2003年6月3日	ID: 1GTX
改定 1.0	2003年10月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ohv.cif.gz	369.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ohv.ent.gz	301.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ohv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/1ohv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/1ohv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ohwC 1ohyC 1gtx PDB 未公開エントリS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4zsy-2 1ohy-1 4y0h-2 1ohw-2 4y0d-2 4y0i-2 4y0h-1 5kr3-d 4zsy-1 3mbb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (1) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #36 - 2002年12月シトクロムc (Cytochrome c) 類似性 (1) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#117 - 2009年9月
キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase)
類似性 (1)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (1)
#144 - 2011年12月
複合体I (Complex I)
類似性 (1)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#36 - 2002年12月
シトクロムc (Cytochrome c)
類似性 (1)
#82 - 2006年10月
シトクロムp450 (Cytochrome p450)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: 4-AMINOBUTYRATE AMINOTRANSFERASE

B: 4-AMINOBUTYRATE AMINOTRANSFERASE

C: 4-AMINOBUTYRATE AMINOTRANSFERASE

D: 4-AMINOBUTYRATE AMINOTRANSFERASE

ヘテロ分子

215 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 4-AMINOBUTYRATE AMINOTRANSFERASE

B: 4-AMINOBUTYRATE AMINOTRANSFERASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
108 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: 4-AMINOBUTYRATE AMINOTRANSFERASE

D: 4-AMINOBUTYRATE AMINOTRANSFERASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
108 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.597, 225.045, 70.349
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.39, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	13 - 20
2	1	1	1	B	13 - 20
3	1	1	1	C	13 - 20
4	1	1	1	D	13 - 20
1	2	1	1	A	22 - 33
2	2	1	1	B	22 - 33
3	2	1	1	C	22 - 33
4	2	1	1	D	22 - 33
1	3	1	1	A	38 - 51
2	3	1	1	B	38 - 51
3	3	1	1	C	38 - 51
4	3	1	1	D	38 - 51
1	4	1	1	A	55 - 150
2	4	1	1	B	55 - 150
3	4	1	1	C	55 - 150
4	4	1	1	D	55 - 150
1	5	1	1	A	170 - 220
2	5	1	1	B	170 - 220
3	5	1	1	C	170 - 220
4	5	1	1	D	170 - 220
1	6	1	1	A	224 - 250
2	6	1	1	B	224 - 250
3	6	1	1	C	224 - 250
4	6	1	1	D	224 - 250
1	7	1	1	A	260 - 328
2	7	1	1	B	260 - 328
3	7	1	1	C	260 - 328
4	7	1	1	D	260 - 328
1	8	1	1	A	340 - 370
2	8	1	1	B	340 - 370
3	8	1	1	C	340 - 370
4	8	1	1	D	340 - 370
1	9	1	1	A	375 - 450
2	9	1	1	B	375 - 450
3	9	1	1	C	375 - 450
4	9	1	1	D	375 - 450
1	10	1	1	A	500
2	10	1	1	B	500
3	10	1	1	C	500
4	10	1	1	D	500
1	11	1	1	A	800
2	11	1	1	B	800
3	11	1	1	C	800
4	11	1	1	D	800

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.423, 0.9057, -0.0284), (0.9058, 0.4217, -0.0418), (-0.0258, -0.0434, -0.9987)	26.599, -15.2273, 58.9378
2	given	(0.2282, 0.4651, 0.8553), (-0.963, -0.0218, 0.2687), (0.1436, -0.885, 0.4429)	0.8697, 60.9876, 51.1982
3	given	(0.3036, 0.3701, -0.878), (0.3829, -0.8912, -0.2433), (-0.8725, -0.2623, -0.4123)	50.1957, 51.5296, 94.6709

#1: タンパク質	4-AMINOBUTYRATE AMINOTRANSFERASE / GAMMA-AMINO-N-BUTYRATE TRANSAMINASE / GABA TRANSAMINASE / GABA AMINOTRANSFERASE / GABA-AT / GABA-T 分子量: 53368.996 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 29-500 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER 参照: UniProt: P80147, 4-aminobutyrate-2-oxoglutarate transaminase
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION 分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate 分子量: 247.142 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#4: 化合物	ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER 分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₂S₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 633 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.04 %

結晶化

pH: 5.7 / 詳細: pH 5.70

結晶化

*PLUS

pH: 5.4 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	10-14 mg/ml	protein	1	drop
2	40 mM	sodium acetate	1	drop	pH5.4
3	16-18 %	PEG4000	1	reservoir
4	0-10 %	glycerol	1	reservoir
5	50 mM	sodium cacodylate	1	reservoir	pH6.0
6	1 mM	dithiothreitol	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / タイプ: ESRF / 波長: 0.9
検出器	検出器: IMAGE PLATE
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→28.2 Å / Num. obs: 39236 / % possible obs: 90.8 % / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 5.1
反射シェル	解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 2.04 % / R_merge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 3.25 / % possible all: 93
反射	PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. obs: 80297 / % possible obs: 90 % / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs*: 0.085

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
CCP4		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GTX

1gtx
PDB 未公開エントリ

解像度: 2.3→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / SU B: 6.919 / SU ML: 0.168 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.445 / ESU R Free: 0.238 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.221	4018	5 %	RANDOM
R_work	0.188	-	-	-
obs	-	76236	89.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.17 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.77 Å²	0 Å²	-0.71 Å²
2-	-	1.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14363	0	84	633	15080

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.021	14809
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	13258
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.296	1.953	20026
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.743	3	30805
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.704	3	1840
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.888	15	2611
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	2160
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	16539
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	3078
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.231	0.3	3619
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.204	0.3	13593
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.159	0.5	1172
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.143	0.5	7
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.313	0.3	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.3	0.3	81
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.455	0.5	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other	0.275	0.5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.405	1.5	9196
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.82	2	14768
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.312	3	5613
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.31	4.5	5258
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 5698 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	tight positional	0.02	0.05
2	B	tight positional	0.02	0.05
3	C	tight positional	0.02	0.05
4	D	tight positional	0.02	0.05
1	A	tight thermal	0.05	0.5
2	B	tight thermal	0.05	0.5
3	C	tight thermal	0.05	0.5
4	D	tight thermal	0.05	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.258	317
R_work	0.218	5752

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3041	-0.1008	0.1214	0.3643	0.0036	0.3374	-0.0102	-0.0019	-0.031	0.0167	-0.018	0.0663	-0.0005	-0.0024	0.0282	0.0544	0.0199	0.0105	0.0604	-0.0263	0.0793	5.74	3.576	21.325
2	0.2614	-0.0315	0.2054	0.2279	0.098	0.4706	-0.0043	-0.0259	-0.0474	0.0539	0.0063	-0.0239	0.0902	0.0624	-0.002	0.0821	0.0405	0.0042	0.0858	-0.0205	0.0873	26.827	-9.41	37.311
3	0.5432	-0.1497	0.1102	0.468	-0.0439	0.2514	0.0233	0.1309	0.0079	-0.0356	-0.0174	0.0478	-0.0183	0.023	-0.0059	0.0458	-0.0116	-0.0088	0.0842	0.0109	0.0635	22.084	61.148	58.304
4	0.7054	-0.2509	0.1461	0.205	-0.0614	0.2087	0.0156	-0.0504	-0.0391	-0.0028	0.0168	0.0145	0.0148	-0.0163	-0.0324	0.0325	-0.0129	-0.0011	0.0587	0.0015	0.0636	34.542	45.362	79.947

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	11 - 471
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	11 - 471
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	11 - 471
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	11 - 471

精密化

*PLUS

最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 30 Å / % reflection R_free: 5 %

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.009
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.1

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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