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万見
- PDB-1ohu: Structure of Caenorhabditis elegans CED-9 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ohu
タイトルStructure of Caenorhabditis elegans CED-9
要素APOPTOSIS REGULATOR CED-9
キーワードAPOPTOSIS / CED-9 / BCL-2 FAMILY
機能・相同性
機能・相同性情報


BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / RAS processing / positive regulation of synapse pruning / positive regulation of mitochondrial fusion / apoptotic process involved in development / actin filament depolymerization / negative regulation of execution phase of apoptosis / negative regulation of programmed cell death / regulation of synapse organization / organelle membrane ...BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / RAS processing / positive regulation of synapse pruning / positive regulation of mitochondrial fusion / apoptotic process involved in development / actin filament depolymerization / negative regulation of execution phase of apoptosis / negative regulation of programmed cell death / regulation of synapse organization / organelle membrane / negative regulation of protein-containing complex assembly / mitophagy / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / endomembrane system / GTPase activator activity / protein sequestering activity / release of cytochrome c from mitochondria / protein processing / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / presynapse / channel activity / perikaryon / defense response to Gram-negative bacterium / mitochondrial outer membrane / positive regulation of apoptotic process / neuronal cell body / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / mitochondrion / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions ...Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Apoptosis regulator ced-9
類似検索 - 構成要素
生物種CAENORHABDITIS ELEGANS (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Jeong, J.-S. / Ha, N.-C. / Oh, B.-H.
引用ジャーナル: Cell Death Differ. / 年: 2003
タイトル: Unique Structural Features of a Bcl-2 Family Protein Ced-9 and Biophysical Characterization of Ced-9/Egl-1 Interactions
著者: Woo, J.-S. / Jung, J.-S. / Ha, N.-C. / Shin, J. / Kim, K.-H. / Lee, W. / Oh, B.-H.
履歴
登録2003年5月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: APOPTOSIS REGULATOR CED-9
B: APOPTOSIS REGULATOR CED-9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6262
ポリマ－41,6262
非ポリマー00
水1,09961
1
A: APOPTOSIS REGULATOR CED-9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8131
ポリマ－20,8131
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: APOPTOSIS REGULATOR CED-9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8131
ポリマ－20,8131
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)46.790, 92.050, 47.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.78, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 APOPTOSIS REGULATOR CED-9 / CED-9 / CELL DEATH PROTEIN 9


分子量: 20813.158 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CAENORHABDITIS ELEGANS (センチュウ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P41958
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED MUTATIONS: CHAINS A, B CYS107SER, CYS135SER, CYS164SER
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.4 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 10% PEG 8K ,0.1M HEPES PH7.5, pH 7.50
結晶化
*PLUS
温度: 285 K / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 %PEG80001reservoir
20.1 MHEPES1reservoirpH7.5
310 mg/mlprotein1drop
420 mMsodium phosphate1drop
550 mM1dropNaCl
62 mMbeta-mercaptoethanol1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 6B / 波長: 0.97921
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→30 Å / Num. obs: 21636 / % possible obs: 84.1 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 17.7
反射
*PLUS
最高解像度: 2.03 Å / 最低解像度: 30 Å / Rmerge(I) obs: 0.042
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 54.2 % / Rmerge(I) obs: 0.201 / Mean I/σ(I) obs: 2.3

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解析

ソフトウェア名称: CNS / バージョン: 1.1 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.03→30 Å / σ(F): 1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 1055 5 %RANDOM
Rwork0.212 ---
obs0.212 21636 84.1 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2657 0 0 61 2718
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.089
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0061
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.0895

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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