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- PDB-1ohm: Sakacin P variant that is structurally stabilized by an inserted ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ohm
タイトルSakacin P variant that is structurally stabilized by an inserted C-terminal disulfide bridge.
要素BACTERIOCIN SAKACIN P
キーワードANTIBIOTIC / PEDIOCIN-LIKE BACTERIOCINS / ANTIMICROBIAL PEPTIDES / SAKACIN ANTIBIOTIC / BACTERIOCIN
機能・相同性Bacteriocin, class IIa / Bacteriocin, class IIa, conserved site / Bacteriocin class IIa domain superfamily / Class II bacteriocin / Bacteriocin class IIa family signature. / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / extracellular region / Bacteriocin sakacin-P
機能・相同性情報
生物種LACTOBACILLUS SAKE (バクテリア)
手法溶液NMR / MOLECULAR DYNAMICS, SIMULATED ANNEALING
データ登録者Uteng, M. / Hauge, H.H. / Markwick, P.R. / Fimland, G. / Mantzilas, D. / Nissen-Meyer, J. / Muhle-Goll, C.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: Three-Dimensional Structure in Lipid Micelles of the Pediocin-Like Antimicrobial Peptide Sakacin P and a Sakacin P Variant that is Structurally Stabilized by an Inserted C-Terminal Disulfide Bridge
著者: Uteng, M. / Hauge, H.H. / Markwick, P.R. / Fimland, G. / Mantzilas, D. / Nissen-Meyer, J. / Muhle-Goll, C.
履歴
登録2003年5月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BACTERIOCIN SAKACIN P


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,5341
ポリマ－4,5341
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 50LEAST RESTRAIN VIOLATION AND OVERALL ENERGY
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質・ペプチド BACTERIOCIN SAKACIN P / SAKACIN 674


分子量: 4534.000 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
詳細: SAKACIN P VARIANT THAT IS STRUCTURALLY STABILIZED BY AN INSERTED C-TERMINAL DISULFIDE BRIDGE.
由来: (組換発現) LACTOBACILLUS SAKE (バクテリア) / 株: LB790 / Variant: LB790/PGF10 / プラスミド: PGF10 / 発現宿主: LACTOBACILLUS SAKE (バクテリア) / 株 (発現宿主): LB790 / Variant (発現宿主): LB790/PGF10 / 参照: UniProt: P35618
構成要素の詳細ENGINEERED MUTATION IN CHAIN A: CYS 42 TO ASN 42 SAKACIN P VARIANT THAT IS STRUCTURALLY STABILIZED ...ENGINEERED MUTATION IN CHAIN A: CYS 42 TO ASN 42 SAKACIN P VARIANT THAT IS STRUCTURALLY STABILIZED BY AN INSERTED C-TERMINAL DISULFIDE BRIDGE.
Has protein modificationY
配列の詳細THE SEQUENCE IS DESCRIBED IN J. BACTERIOL. 182, 2643-2648

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: NOESY TOCSY
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURES WERE DETERMINED USING A COMBINATION OF 1H NMR SPECTROSCOPIC METHODS FOLLOWED BY DISTANCE GEOMETRY/SIMULATED ANNEALING CALCULATIONS.

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試料調製

詳細内容: 250 MM DPC/10% D2O/ 0.1% TFA/1MM PEPTIDE
試料状態pH: 2.8 / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Amber6CASE, D.A., PEARLMAN, D.A., CALDWELL, III, J.C., ET AL.精密化
ARIA構造決定
Amber構造決定
精密化手法: MOLECULAR DYNAMICS, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: AMBER 6, SAN FRANCISCO, UNIVERSITY OF CALIFORNIA, 1999.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAIN VIOLATION AND OVERALL ENERGY
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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