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- PDB-1k91: Solution Structure of Calreticulin P-domain subdomain (residues 2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k91
タイトルSolution Structure of Calreticulin P-domain subdomain (residues 221-256)
要素CALRETICULINカルレティキュリン
キーワードMETAL TRANSPORT / HAIRPIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Calnexin/calreticulin cycle / Scavenging by Class A Receptors / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / cytolytic granule / positive regulation of dendritic cell chemotaxis / cortical granule / negative regulation of trophoblast cell migration / negative regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / complement component C1q complex binding ...Calnexin/calreticulin cycle / Scavenging by Class A Receptors / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / cytolytic granule / positive regulation of dendritic cell chemotaxis / cortical granule / negative regulation of trophoblast cell migration / negative regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / complement component C1q complex binding / cellular response to electrical stimulus / endoplasmic reticulum quality control compartment / regulation of meiotic nuclear division / response to glycoside / sarcoplasmic reticulum lumen / hormone binding / nuclear export signal receptor activity / negative regulation of intracellular steroid hormone receptor signaling pathway / : / molecular sequestering activity / cardiac muscle cell differentiation / cortical actin cytoskeleton organization / nuclear androgen receptor binding / cellular response to organic substance / response to testosterone / cellular response to lithium ion / 小胞体 / protein localization to nucleus / negative regulation of neuron differentiation / positive regulation of cell cycle / positive regulation of phagocytosis / : / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / protein export from nucleus / positive regulation of endothelial cell migration / acrosomal vesicle / 筋小胞体 / response to organic substance / peptide binding / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / MHC class I peptide loading complex / cellular response to virus / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / 細胞老化 / unfolded protein binding / integrin binding / フォールディング / response to estradiol / 核膜 / 精子形成 / carbohydrate binding / collagen-containing extracellular matrix / negative regulation of translation / protein stabilization / リボソーム / response to xenobiotic stimulus / iron ion binding / external side of plasma membrane / 小胞体 / mRNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / calcium ion binding / positive regulation of cell population proliferation / endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / 細胞膜 / 小胞体 / protein-containing complex / extracellular space / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
カルレティキュリン / Calreticulin family repeated motif signature. / Calreticulin/calnexin / Calreticulin/calnexin, P domain superfamily / Calreticulin/calnexin, conserved site / Calreticulin family / Calreticulin family signature 1. / Calreticulin family signature 2. / Endoplasmic reticulum targeting sequence. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
カルレティキュリン
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics simulated annealing
データ登録者Ellgaard, L. / Bettendorff, P. / Braun, D. / Herrmann, T. / Fiorito, F. / Guntert, P. / Helenius, A. / Wuthrich, K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: NMR Structures of 36 and 73-residue Fragments of the Calreticulin P-domain
著者: Ellgaard, L. / Bettendorff, P. / Braun, D. / Herrmann, T. / Fiorito, F. / Jelesarov, I. / Guntert, P. / Helenius, A. / Wuthrich, K.
履歴
登録2001年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CALRETICULIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,3091
ポリマ－4,3091
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド CALRETICULIN / カルレティキュリン / CRP55 / CALREGULIN / HACBP / ERP60 / CALBP / CALCIUM-BINDING PROTEIN 3 / CABP3


分子量: 4308.620 Da / 分子数: 1 / 断片: P-DOMAIN, RESIDUES 221-256 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18418

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111DQF-COSY
1212D NOESY
131E-COSY
1412D TOCSY

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試料調製

詳細内容: 5.3 mM CALRETICULIN P-DOMAIN SUBDOMAIN; 25 mM NaCl; 50 mM Sodium Phosphate Buffer;90% H20 10% D2O
溶媒系: 90% H20 10% D2O
試料状態イオン強度: 25 mM NaCl / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 280 K
結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX8001
Bruker DRXBrukerDRX7502
Bruker DRXBrukerDRX6003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6Brukercollection
DYANA1.82Guentert構造決定
DYANA1.82Guentert精密化
精密化手法: torsion angle dynamics simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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