PDB-1l1k: NMR Identification and Characterization of the Flexible Regions i...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1l1k

タイトル

NMR Identification and Characterization of the Flexible Regions in the 160 KD Molten Globule-like Aggregate of Barstar at Low pH

要素

Barstar

キーワード

PROTEIN BINDING / Barstar / low pH / 160 kD / aggregate

機能・相同性

Barstar (barnase inhibitor) / Barstar (barnase inhibitor) / Barstar-like superfamily / cytoplasm / Barstar

機能・相同性情報

生物種

Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Juneja, J. / Bhavesh, N.S. / Udgaokar, J.B. / Hosur, R.V.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: NMR identification and characterization of the flexible regions in the 160 kDa molten globule-like aggregate of barstar at low pH.
著者: Juneja, J. / Bhavesh, N.S. / Udgaonkar, J.B. / Hosur, R.V.

履歴

登録	2002年2月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2002年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1l1k.cif.gz	66.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1l1k.ent.gz	46.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1l1k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l1/1l1k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l1/1l1k	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1bta
類似構造データ	2rm9-d 1n5c-d 2rmg-d 1ohm-d 2jui-d 4ltf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 54291H, 13C, 15N Chemical Shifts

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Barstar

2.25 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 10	target function
代表モデル

#1: タンパク質・ペプチド	Barstar / RIBONUCLEASE INHIBITOR 分子量: 2254.586 Da / 分子数: 1 / 断片: Flexible region (residues 1-20) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア) 遺伝子: barstar / プラスミド: pMT316 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MM294 / 参照: UniProt: P11540

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実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	3D 15N-separated NOESY
1	3	1	HNN, HN(C)N, 15N HSQC, HNCA, HN(CO)CA, CBCANH, CBCA(CO)NH, HNCO,
1	4	1	2D TOCSY, 2D HSQC-TOCSY
1	6	1	TOCSY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 2D and 3D hetronuclear techniques.

-
試料調製

詳細	内容: 1.2 mM Barstar U-15N, 13C; / 溶媒系: 90 % H2O, 10& D2O; pH 2.7
試料状態	pH: 2.7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian UNITYPLUS / 製造業者: Varian / モデル: UNITYPLUS / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
VNMR	1B	varian	collection
Felix	97	MSI	解析
DYANA	1	ETH	構造決定
DYANA	1	ETH	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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