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- PDB-1oh6: THE CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI MUTS BINDING TO DNA WITH AN A:A ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1oh6
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI MUTS BINDING TO DNA WITH AN A:A MISMATCH
要素
  • 5'-D(*AP*GP*CP*TP*GP*CP*CP*AP*AP*GP *CP*AP*CP*CP*AP*GP*TP*GP*TP*CP*AP*GP*CP*GP*TP* CP*CP*TP*AP*T)-3'
  • 5'-D(*AP*TP*AP*GP*GP*AP*CP*GP*CP*TP *GP*AP*CP*AP*CP*TP*GP*GP*TP*GP*CP*AP*TP*GP*GP* CP*AP*GP*CP*T)-3'
  • DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTS
キーワードDNA BINDING / MISMATCH RECOGNITION
機能・相同性
機能・相同性情報


adenine/cytosine mispair binding / MutS complex / mismatch repair complex / regulation of DNA recombination / mismatched DNA binding / DNA binding, bending / ATP-dependent DNA damage sensor activity / mismatch repair / ADP binding / damaged DNA binding ...adenine/cytosine mispair binding / MutS complex / mismatch repair complex / regulation of DNA recombination / mismatched DNA binding / DNA binding, bending / ATP-dependent DNA damage sensor activity / mismatch repair / ADP binding / damaged DNA binding / DNA damage response / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
MutS, connector domain / DNA repair protein MutS, domain I / MutS, DNA mismatch repair protein; Chain A, domain 3 / MutS, DNA mismatch repair protein; Chain A, domain 3 - #10 / DNA mismatch repair protein MutS / DNA mismatch repair protein MutS/MSH / DNA mismatch repair protein MutS-like, N-terminal / DNA mismatch repair protein MutS, connector domain / DNA mismatch repair protein MutS, clamp / DNA mismatch repair protein MutS, N-terminal ...MutS, connector domain / DNA repair protein MutS, domain I / MutS, DNA mismatch repair protein; Chain A, domain 3 / MutS, DNA mismatch repair protein; Chain A, domain 3 - #10 / DNA mismatch repair protein MutS / DNA mismatch repair protein MutS/MSH / DNA mismatch repair protein MutS-like, N-terminal / DNA mismatch repair protein MutS, connector domain / DNA mismatch repair protein MutS, clamp / DNA mismatch repair protein MutS, N-terminal / MutS, connector domain superfamily / MutS domain I / MutS domain II / MutS family domain IV / MutS domain III / DNA mismatch repair MutS family / DNA mismatch repair protein MutS, C-terminal / DNA mismatch repair protein MutS, core / DNA mismatch repair protein MutS, core domain superfamily / MutS domain V / DNA mismatch repair proteins mutS family signature. / DNA-binding domain of DNA mismatch repair MUTS family / ATPase domain of DNA mismatch repair MUTS family / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / Nucleotidyltransferase; domain 5 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA mismatch repair protein MutS
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Natrajan, G. / Lamers, M.H. / Enzlin, J.H. / Winterwerp, H.H.K. / Perrakis, A. / Sixma, T.K.
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2003
タイトル: Structures of E. Coli DNA Mismatch Repair Enzyme Muts in Complex with Different Mismatches: A Common Recognition Mode for Diverse Substrates
著者: Natrajan, G. / Lamers, M.H. / Enzlin, J.H. / Winterwerp, H.H.K. / Perrakis, A. / Sixma, T.K.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 2000
タイトル: The Crystal Structure of DNA Mismatch Repair Protein Muts Binding to a G X T Mismatch
著者: Lamers, M.H. / Perrakis, A. / Enzlin, J.H. / Winterwerp, H.H. / De Wind, N. / Sixma, T.K.
履歴
登録2003年5月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32020年7月29日Group: Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn ...pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id ..._pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTS
B: DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTS
E: 5'-D(*AP*GP*CP*TP*GP*CP*CP*AP*AP*GP *CP*AP*CP*CP*AP*GP*TP*GP*TP*CP*AP*GP*CP*GP*TP* CP*CP*TP*AP*T)-3'
F: 5'-D(*AP*TP*AP*GP*GP*AP*CP*GP*CP*TP *GP*AP*CP*AP*CP*TP*GP*GP*TP*GP*CP*AP*TP*GP*GP* CP*AP*GP*CP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,1186
ポリマ－197,6674
非ポリマー4522
水6,846380
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11250 Å2
ΔGint-77.1 kcal/mol
Surface area69720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.489, 91.810, 260.046
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTS / MUTS / FDV / B2733


分子量: 89604.359 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-800 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: B834 DE3 / Variant: PLYSS / プラスミド: PM800 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 DE3 / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: P23909

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 EF

#2: DNA鎖 5'-D(*AP*GP*CP*TP*GP*CP*CP*AP*AP*GP *CP*AP*CP*CP*AP*GP*TP*GP*TP*CP*AP*GP*CP*GP*TP* CP*CP*TP*AP*T)-3'


分子量: 9168.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: CHEMICALLY SYNTHESIZED / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 5'-D(*AP*TP*AP*GP*GP*AP*CP*GP*CP*TP *GP*AP*CP*AP*CP*TP*GP*GP*TP*GP*CP*AP*TP*GP*GP* CP*AP*GP*CP*T)-3'


分子量: 9288.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: CHEMICALLY SYNTHESIZED / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 382分子

#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 380 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細THIS PROTEIN IS INVOLVED IN THE REPAIR OF MISMATCHES IN DNA. IT CARRIES OUT THE MISMATCH ...THIS PROTEIN IS INVOLVED IN THE REPAIR OF MISMATCHES IN DNA. IT CARRIES OUT THE MISMATCH RECOGNITION STEP. THIS PROTEIN HAS A WEAK ATPASE ACTIVITY. BELONGS TO THE DNA MISMATCH REPAIR MUTS FAMILY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.2 %
解説: STRUCTURE DETERMINED BY RIGID BODY REFINEMENT USING REFMAC5
結晶化pH: 7
詳細: 12-14 % PEG 6000, 150-300 MM NACL 25 MM HEPES PH 7-8, 10 MM MGCL2, 100-150 MICROM ADP
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
111-14 %PEG60001reservoir
2350-750 mM1reservoirNaCl
310 mM1reservoirMgCl2
425 mMHEPES1reservoirpH7.5
514 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.845
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年9月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: TRIANGULAR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.845 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→22 Å / Num. obs: 82874 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.614 / Mean I/σ(I) obs: 1.58 / % possible all: 86.1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 15 Å / Num. obs: 84338 / Num. measured all: 565453 / Rmerge(I) obs: 0.089
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 2.5 Å / % possible obs: 86.1 % / Rmerge(I) obs: 0.614 / Mean I/σ(I) obs: 1.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1E3M

1e3m


解像度: 2.4→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 8.707 / SU ML: 0.195 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.343 / ESU R Free: 0.249 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 1604 1.9 %RANDOM
Rwork0.205 ---
obs0.206 80953 98.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.64 Å20 Å20 Å2
2--4.8 Å20 Å2
3----2.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12171 654 28 380 13233
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.02113143
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0211924
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3622.03917923
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.832327663
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.251536
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.22003
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0214117
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022510
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1970.22669
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2260.213851
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.27892
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1730.2413
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1770.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2380.2131
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1340.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4691.57676
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.904212329
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.43935467
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4164.55594
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.343 112
Rwork0.284 5018
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7950.10570.89372.73270.22073.28910.0667-0.12190.08740.0158-0.03350.0792-0.081-0.1785-0.03310.2794-0.01120.02140.25390.02510.229895.779481.55733.855
22.93190.47790.16092.23980.24931.6570.08930.0607-0.0216-0.1325-0.01030.0926-0.00860.0584-0.0790.160.0296-0.00970.08950.00710.2105121.481682.597518.9591
31.2191-0.3671-0.7421.13520.65761.6860.0281-0.3327-0.18250.15170.0341-0.16210.13230.0408-0.06220.25550.0006-0.04470.25270.06120.2986135.156570.286132.834
44.2913-0.9964-3.21011.83942.91731.565-0.388-0.4297-0.06440.19940.4607-0.22350.42570.3708-0.07260.32230.0716-0.11470.25470.10020.2443142.851663.094432.1293
52.50680.3188-1.07064.0086-0.421211.2369-0.0485-0.067-0.0336-0.00320.1316-0.0726-0.0380.4071-0.08310.35980.03460.00580.2407-0.03040.199492.018175.237176.5774
63.8664-0.8721-2.10011.44671.04073.2324-0.0468-0.70280.24560.27730.15780.13680.00410.1148-0.1110.43160.0105-0.04830.50790.02780.3083126.255782.584254.0428
70.89020.1937-2.111-0.2481-0.02231.87090.27440.01590.36350.2599-0.0060.0398-0.2158-0.2319-0.26840.4754-0.03770.03590.5534-0.04460.3926116.229886.967554.7036
80.6140.17970.58031.27541.32372.61810.0394-0.0436-0.0940.0270.0353-0.10840.0715-0.1041-0.07480.1914-0.01670.03840.11160.0130.351140.454857.54545.4107
92.81070.5048-1.29322.914-2.52025.8665-0.0289-0.1264-0.89420.1563-0.0679-0.32481.00650.18080.09680.39560.0260.01330.1698-0.05870.5797143.873440.36385.6934
108.44911.3687-0.43253.8029-0.84964.3986-0.1772-0.0586-0.48180.06420.2879-0.5193-0.02460.0536-0.11070.23690.1142-0.02240.056-0.02920.373133.658731.9555-5.1934
115.35783.609-3.73325.7269-0.60678.39080.5449-0.65510.58310.7689-0.307-0.2984-1.11171.0626-0.2380.7139-0.1960.05050.5739-0.05530.6043106.076448.305943.3777
122.18640.0243-0.42363.40440.79283.43560.0588-0.0184-0.0999-0.05120.0584-0.33090.20910.3498-0.11720.2601-0.0005-0.01130.20840.02060.2289101.801227.428825.8821
131.6575-0.2483-1.42190.89480.19062.75140.11260.05140.0905-0.0286-0.03110.0235-0.1993-0.1805-0.08160.2850.04830.00290.20430.08580.262487.254140.538913.5125
142.51951.591-3.52562.1857-0.97134.96730.18440.36930.3192-0.09940.11520.2945-0.3254-0.706-0.29960.21390.15130.03330.27060.10870.251685.633343.62463.6558
154.48321.75940.2716.86472.00571.5082-0.0957-0.00620.14950.0107-0.21740.4108-0.1896-0.58810.31310.44010.0185-0.0150.616-0.01560.26971.973.231761.4236
161.9135-1.1641-1.28972.4443.49317.13970.1739-0.11140.12470.1245-0.21810.021-0.1527-0.83790.04420.36110.01770.04410.4080.04160.362170.30743.890933.4099
170.80480.02820.10630.9390.2291-1.09150.0411-0.35210.08230.4301-0.24660.17610.1757-0.32130.20550.4436-0.03070.03250.53260.01470.334573.401944.331143.5947
186.0928-0.3033-0.82940.5528-0.35020.81160.0164-0.0823-0.1511-0.01270.0431-0.0179-0.0037-0.0479-0.05950.22250.02310.01340.04840.0180.2267110.210837.4699-6.941
192.16021.65420.429427.31570.00170.94830.05480.15940.73560.1864-0.1460.8324-0.258-0.15550.09120.24090.00010.06950.1621-0.00650.3475112.131352.2428-16.453
204.05522.23721.3934.75041.25323.8003-0.10380.10240.1906-0.40880.0328-0.2423-0.27750.21410.0710.22530.00240.05340.17730.07320.2493129.175857.3488-16.1961
212.22790.775-1.49322.3863-1.17265.6798-0.0760.00890.06710.26420.22280.51550.1169-0.6324-0.14690.4501-0.06280.01410.46090.0330.336586.4675.378351.0943
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 115
2X-RAY DIFFRACTION2A116 - 265
3X-RAY DIFFRACTION3A266 - 387
4X-RAY DIFFRACTION4A550 - 567
5X-RAY DIFFRACTION5A444 - 503
6X-RAY DIFFRACTION6A388 - 443
7X-RAY DIFFRACTION7A504 - 549
8X-RAY DIFFRACTION8A568 - 741
9X-RAY DIFFRACTION8A1801
10X-RAY DIFFRACTION8A1802
11X-RAY DIFFRACTION9A742 - 765
12X-RAY DIFFRACTION10A766 - 800
13X-RAY DIFFRACTION11B2 - 115
14X-RAY DIFFRACTION12B116 - 265
15X-RAY DIFFRACTION13B266 - 387
16X-RAY DIFFRACTION14B550 - 567
17X-RAY DIFFRACTION15B444 - 503
18X-RAY DIFFRACTION16B388 - 443
19X-RAY DIFFRACTION17B504 - 549
20X-RAY DIFFRACTION18B568 - 741
21X-RAY DIFFRACTION19B742 - 765
22X-RAY DIFFRACTION20B766 - 800
23X-RAY DIFFRACTION21E1 - 16
24X-RAY DIFFRACTION21F15 - 30
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 15 Å / Rfactor Rfree: 0.252
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.362

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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